PDB-5t8t: Crystal Structure of a S-adenosylmethionine Synthase from Neisser...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t8t

タイトル

Crystal Structure of a S-adenosylmethionine Synthase from Neisseria gonorrhoeae with bound AMP and Magnesium

要素

S-adenosylmethionine synthase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / S-adenosylmethionine synthase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a S-adenosylmethionine Synthase from Neisseria gonorrhoeae with bound AMP and Magnesium
著者: Dranow, D.M. / Delker, S.L. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2016年9月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月5日	Group: Data collection
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t8t.cif.gz	306 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t8t.ent.gz	245.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t8t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5t8t_validation.pdf.gz	738.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5t8t_full_validation.pdf.gz	741.9 KB	表示
XML形式データ	5t8t_validation.xml.gz	31 KB	表示
CIF形式データ	5t8t_validation.cif.gz	45.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/5t8t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/5t8t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5t8sS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5t8s-d 7bht-1 6rka-1 7bhr-1 5a19-1 3iml-1 6wkb-d 6rjs-1 7bhs-1 2p02-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-NegoA.00040.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: S-adenosylmethionine synthase

B: S-adenosylmethionine synthase

ヘテロ分子

86.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.580, 116.580, 145.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-524- HOH

#1: タンパク質	S-adenosylmethionine synthase / AdoMet synthase / MAT / Methionine adenosyltransferase 分子量: 43017.488 Da / 分子数: 2 / 断片: NegoA.00040.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain ATCC 700825 / FA 1090) (淋菌) 株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: metK, NGO0106 / プラスミド: NegoA.00040.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5FAC0, methionine adenosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.22 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: NegoA.00040.a.B1.PW37902 at 20.8 mg/ml, mixed 1:1 with an equal volume Morpheus(b9): 10% (w/v) PEG-20000, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.1 M bicine/Trizma base, pH = 8.5, 0.03 M each NaF, NaBr, NaI

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月6日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 58908 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 28.14 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 11.53

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	CC_1/2	% possible all
2.1-2.15		7.3	0.577	3.14	0.911	100
2.15-2.21			0.487	3.78	0.935	99.9
2.21-2.28			0.402	4.67	0.954	99.9
2.28-2.35			0.354	5.43	0.963	99.9
2.35-2.42			0.3	6.38	0.974	100
2.42-2.51			0.266	7.18	0.977	100
2.51-2.6			0.217	8.39	0.984	99.9
2.6-2.71			0.186	9.59	0.988	99.9
2.71-2.83			0.159	10.83	0.99	100
2.83-2.97			0.132	12.75	0.993	99.8
2.97-3.13			0.115	14.51	0.994	99.8
3.13-3.32			0.099	16.38	0.995	99.8
3.32-3.55			0.09	18.42	0.995	99.5
3.55-3.83			0.083	20.13	0.995	99.5
3.83-4.2			0.078	21.7	0.995	99.3
4.2-4.7			0.074	22.61	0.995	99
4.7-5.42			0.067	22.88	0.996	98.9
5.42-6.64			0.061	22.52	0.997	98.3
6.64-9.39			0.05	23.53	0.998	97.5
	9.39		0.048	22.22	0.997	93.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_2499: ???	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5T8S

5t8s

解像度: 2.1→45.502 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.56

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2055	2067	3.51 %
R_work	0.1702	-	-
obs	0.1715	58889	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.09 Å² / B_iso mean: 37.8522 Å² / B_iso min: 13.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→45.502 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5621	0	24	382	6027
B_iso mean	-	-	43.9	40.9	-
残基数	-	-	-	-	754

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5813
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8	7927
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	913
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1037
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.802	3505

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.1489	0.2405	135	0.2181	3751	3886	100
2.1489-2.2026	0.291	142	0.2085	3750	3892	100
2.2026-2.2622	0.2382	112	0.1935	3753	3865	100
2.2622-2.3287	0.2051	148	0.1908	3731	3879	100
2.3287-2.4039	0.2122	146	0.1758	3726	3872	100
2.4039-2.4898	0.2343	140	0.1732	3764	3904	100
2.4898-2.5895	0.2134	132	0.1714	3769	3901	100
2.5895-2.7073	0.2229	136	0.1712	3765	3901	100
2.7073-2.85	0.2157	124	0.175	3792	3916	100
2.85-3.0286	0.1952	131	0.1828	3770	3901	100
3.0286-3.2623	0.2135	130	0.1819	3810	3940	100
3.2623-3.5905	0.1997	132	0.1743	3815	3947	100
3.5905-4.1098	0.1798	154	0.1482	3799	3953	99
4.1098-5.1767	0.178	150	0.1407	3854	4004	99
5.1767-45.5123	0.2121	155	0.1737	3973	4128	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3485	-0.0852	-0.3403	2.0512	-0.8154	3.1206	0.0019	0.03	-0.0729	-0.0293	-0.0438	-0.0003	0.3575	0.1027	0.0466	0.1571	-0.0093	0.0101	0.2331	0.0073	0.2218	37.7784	-23.9143	8.5829
2	1.7088	0.9278	0.1422	1.5033	0.4163	1.4544	0.0023	0.1223	0.2268	-0.1025	0.0686	0.0732	-0.1034	0.0782	-0.0782	0.1507	0.0239	0.0574	0.2633	0.0469	0.2703	45.2907	-5.9878	-2.4666
3	1.2977	0.2288	-0.3987	1.6399	0.2647	2.4334	-0.1096	0.2705	-0.1219	-0.3065	0.1166	-0.236	0.3305	0.4235	0.0224	0.2658	0.0334	0.0632	0.3515	-0.025	0.2477	44.0887	-26.5786	-13.2932
4	1.5879	-0.2432	-0.6245	1.4945	-0.0795	2.1051	0.0255	0.2128	0.0648	-0.0234	-0.0048	0.0725	-0.1105	-0.1374	-0.0585	0.1306	-0.0623	-0.0127	0.1779	0.0232	0.1764	18.9311	-17.8382	0.8988
5	6.3842	2.7053	-0.2403	5.3365	3.9484	7.3003	-0.0602	0.0533	-0.5715	0.3577	-0.0318	0.1923	0.8439	-0.2631	0.0646	0.2539	-0.0722	-0.0095	0.2181	0.0238	0.2367	11.3176	-28.4179	7.7334
6	0.776	-0.0859	-0.3775	1.3885	-0.5093	2.2458	0.0262	0.307	0.1903	-0.215	0.0292	-0.0343	-0.268	-0.0692	-0.0335	0.22	0.0055	-0.0182	0.2892	0.0223	0.2461	19.1918	-15.9448	-8.9251
7	2.2534	0.4948	0.1518	2.1278	0.8701	2.0009	-0.0802	0.3681	-0.3153	-0.1757	0.0929	0.0085	0.4256	0.078	0.0022	0.3382	-0.0612	-0.007	0.2824	-0.0671	0.2688	18.4912	-36.2512	-14.8382
8	0.9805	-0.8551	-0.185	2.1404	-0.3336	3.2992	0.1672	0.3056	0.373	-0.441	-0.0069	-0.1282	-0.4466	-0.1807	-0.1182	0.3247	-0.0188	0.0422	0.3427	0.088	0.324	20.8089	-6.2383	-15.0768

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 104 )	A	2 - 104
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 114 through 244 )	A	114 - 244
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 245 through 389 )	A	245 - 389
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 64 )	B	2 - 64
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 65 through 90 )	B	65 - 90
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 91 through 156 )	B	91 - 156
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 157 through 247 )	B	157 - 247
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 248 through 388 )	B	248 - 388

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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