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- PDB-5t8s: Crystal Structure of a S-adenosylmethionine Synthase from Neisser... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t8s
タイトルCrystal Structure of a S-adenosylmethionine Synthase from Neisseria gonorrhoeae with bound S-adenosylmethionine, AMP, Pyrophosphate, Phosphate, and Magnesium
要素S-adenosylmethionine synthase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / S-adenosylmethionine synthase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain ...GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #10 / S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain / S-adenosylmethionine synthase signature 1. / S-adenosylmethionine synthase signature 2. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIPHOSPHATE / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / PYROPHOSPHATE 2- / S-ADENOSYLMETHIONINE / S-adenosylmethionine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a S-adenosylmethionine Synthase from Neisseria gonorrhoeae with bound S-adenosylmethionine, AMP, Pyrophosphate, Phosphate, and Magnesium
著者: Dranow, D.M. / Delker, S.L. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine synthase
B: S-adenosylmethionine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,40711
ポリマ－86,0352
非ポリマー1,3729
水12,394688
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7760 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area24290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.710, 115.710, 146.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-707-

HOH

21A-824-

HOH

31A-852-

HOH

41B-809-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 S-adenosylmethionine synthase / AdoMet synthase / MAT / Methionine adenosyltransferase


分子量: 43017.488 Da / 分子数: 2 / 断片: NegoA.00040.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain ATCC 700825 / FA 1090) (淋菌)
株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: metK, NGO0106 / プラスミド: NegoA.00040.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5FAC0, methionine adenosyltransferase

-
非ポリマー , 7種, 697分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S
#7: 化合物 ChemComp-3PO / TRIPHOSPHATE / 三りん酸


分子量: 257.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H5O10P3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 688 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.76 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: NegoA.00040.a.B1.PW37902 at 20.8 mg/ml, mixed with 2 mM each ATP, 2 mM L-Met, and 2 mM MgCl2, then mixed 1:1 and incubated with an equal volume Morpheus(f12): 12.5% (w/v) PEG-1000, 12.5 % ...詳細: NegoA.00040.a.B1.PW37902 at 20.8 mg/ml, mixed with 2 mM each ATP, 2 mM L-Met, and 2 mM MgCl2, then mixed 1:1 and incubated with an equal volume Morpheus(f12): 12.5% (w/v) PEG-1000, 12.5 % (w/v) PEG-3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.1 M bicine/Trizma base, pH = 8.5, 0.02 M each D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose, N-acetyl-D-glucosamine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月6日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 108870 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 16.94 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 21.47
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2% possible all
1.7-1.7412.40.5684.960.93699.5
1.74-1.790.4855.730.95199.6
1.79-1.840.387.240.97199.6
1.84-1.90.3058.880.97999.5
1.9-1.960.2510.630.98599.7
1.96-2.030.19213.390.99199.6
2.03-2.110.1615.770.99399.8
2.11-2.190.13118.780.99599.7
2.19-2.290.1121.650.99699.8
2.29-2.40.09624.060.99799.9
2.4-2.530.08726.420.99799.9
2.53-2.690.07629.410.99899.9
2.69-2.870.06932.480.998100
2.87-3.10.0636.870.998100
3.1-3.40.05440.680.999100
3.4-3.80.0543.870.999100
3.8-4.390.04846.280.998100
4.39-5.380.04647.240.999100
5.38-7.60.04745.710.999100
7.60.04744.080.99898.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIXdev_2499: ???精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MR-Rosetta位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IML

3iml


解像度: 1.7→37.278 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.18
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1706 1954 1.83 %
Rwork0.1484 --
obs0.1488 106709 97.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 71.04 Å2 / Biso mean: 24.684 Å2 / Biso min: 7.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→37.278 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5715 0 81 691 6487
Biso mean--17.15 34.92 -
残基数----764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8748323
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057950
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061089
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5363687
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7-1.74260.2091320.1757005713793
1.7426-1.78970.18221320.17467098723094
1.7897-1.84230.24421340.16577203733795
1.8423-1.90180.18651390.15967307744697
1.9018-1.96980.19331370.16087344748197
1.9698-2.04860.17991350.14997415755098
2.0486-2.14190.18091390.15137491763098
2.1419-2.25480.19311370.14527498763599
2.2548-2.3960.16341430.14847569771299
2.396-2.5810.16741420.148576177759100
2.581-2.84060.15941430.150676487791100
2.8406-3.25150.16751440.151476967840100
3.2515-4.09570.15671460.135577937939100
4.0957-37.28740.15631510.14218071822299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.88920.41090.29220.63840.15120.694-0.0070.05870.0508-0.04410.00760.0661-0.0839-0.0342-0.02530.0764-0.0025-0.00760.09210.01010.109418.302181.210276.4391
21.90580.49370.41371.31420.45211.23480.09950.2145-0.3626-0.03060.0575-0.07380.16890.0934-0.10220.11760.0159-0.05750.1214-0.03860.206911.962456.880472.1296
31.06160.30070.44070.94420.03631.3131-0.08220.22250.0307-0.17760.08250.0733-0.06-0.0484-0.00550.1169-0.0434-0.02370.16390.01720.118518.915481.204361.8905
40.90710.12030.5911.18740.16251.488-0.11670.2390.1899-0.23770.05980.2784-0.2197-0.25950.070.1598-0.0044-0.06750.24720.04630.20058.952587.211360.1397
51.34410.44520.71320.95020.73151.66950.01030.167-0.07530.10160.0827-0.08940.03060.2249-0.08090.0784-0.02750.01130.1375-0.0220.116541.381978.609176.2504
60.79840.28620.46750.88880.36550.9036-0.00220.3494-0.1768-0.13370.0882-0.04970.14170.2279-0.01860.14410.00390.0190.2602-0.03910.184438.699173.868765.066
70.455-0.3453-0.14360.9915-0.54690.5329-0.17110.44880.1152-0.14370.104-0.0414-0.15960.2526-0.06480.1819-0.14390.0070.32120.03770.12941.272491.127859.3084
81.1143-0.2322-0.56660.413-0.24980.7405-0.26080.49730.355-0.24720.0530.0549-0.44650.0725-0.14540.2661-0.1775-0.01570.34970.10320.167439.503695.853455.7479
90.9859-0.080.24241.30330.22121.40180.05240.3664-0.2556-0.22020.10120.00330.20690.172-0.13630.1773-0.0175-0.0170.2676-0.06470.197332.190267.668761.0674
100.09290.14460.16031.1740.31032.06260.13140.5031-0.4774-0.29720.0921-0.2220.46330.5678-0.15920.30470.0804-0.02570.4551-0.19610.366941.167561.609658.3249
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 156 )A2 - 156
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 157 through 238 )A157 - 238
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 239 through 326 )A239 - 326
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 327 through 389 )A327 - 389
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 2 through 90 )B2 - 90
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 91 through 156 )B91 - 156
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 157 through 176 )B157 - 176
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 177 through 238 )B177 - 238
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 239 through 326 )B239 - 326
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 327 through 389 )B327 - 389

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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