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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5t8r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human BAZ2A PHD zinc finger in complex with unmodified H3 10-mer | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / PHD zinc fingers / histone3 / complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() NoRC complex / rDNA heterochromatin / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening ...NoRC complex / rDNA heterochromatin / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / epigenetic regulation of gene expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / nuclear receptor binding / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / lysine-acetylated histone binding / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / heterochromatin formation / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / gene expression / HATs acetylate histones / histone binding / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / nuclear speck / chromatin remodeling / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Amato, A. / Gadd, M.S. / Bortoluzzi, A. / Ciulli, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of molecular recognition of helical histone H3 tail by PHD finger domains. 著者: Bortoluzzi, A. / Amato, A. / Lucas, X. / Blank, M. / Ciulli, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 79.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4qf2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 ABCDEG
#1: タンパク質 | 分子量: 6597.694 Da / 分子数: 4 / 断片: PHD domain, UNP residues 1673-1728 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1150.332 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-11 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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-非ポリマー , 4種, 107分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.2 M Na/K phosphate / PH範囲: 8 - 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月2日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.4→45.62 Å / Num. obs: 10901 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 9.3 | ||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4qf2 解像度: 2.4→45.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 13.647 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.365 / ESU R Free: 0.245 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 500 Å2 / Biso mean: 52.134 Å2 / Biso min: 22.3 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→45.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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