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- PDB-5t8r: Crystal structure of human BAZ2A PHD zinc finger in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t8r
タイトルCrystal structure of human BAZ2A PHD zinc finger in complex with unmodified H3 10-mer
要素
  • Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
  • Histone H3.1
キーワードTRANSCRIPTION / PHD zinc fingers / histone3 / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NoRC complex / rDNA heterochromatin / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening ...NoRC complex / rDNA heterochromatin / rDNA heterochromatin formation / chromatin silencing complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / DNA methylation-dependent heterochromatin formation / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / Chromatin modifying enzymes / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / epigenetic regulation of gene expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / nuclear receptor binding / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / lysine-acetylated histone binding / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / heterochromatin formation / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / gene expression / HATs acetylate histones / histone binding / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / nuclear speck / chromatin remodeling / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A / WHIM1 domain / WSTF, HB1, Itc1p, MBD9 motif 1 / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / BAZ2A/BAZ2B, bromodomain / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif ...Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A / WHIM1 domain / WSTF, HB1, Itc1p, MBD9 motif 1 / DNA binding domain with preference for A/T rich regions / AT hook, DNA-binding motif / BAZ2A/BAZ2B, bromodomain / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / PHD-finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone-fold / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Histone H3.1 / Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Amato, A. / Gadd, M.S. / Bortoluzzi, A. / Ciulli, A.
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2017
タイトル: Structural basis of molecular recognition of helical histone H3 tail by PHD finger domains.
著者: Bortoluzzi, A. / Amato, A. / Lucas, X. / Blank, M. / Ciulli, A.
履歴
登録2016年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
B: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
C: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
D: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
E: Histone H3.1
G: Histone H3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,49717
ポリマ－28,6916
非ポリマー80511
水1,72996
1
A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
G: Histone H3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9745
ポリマ－7,7482
非ポリマー2263
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8234
ポリマ－6,5981
非ポリマー2263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8214
ポリマ－6,5981
非ポリマー2233
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
E: Histone H3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8794
ポリマ－7,7482
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
C: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
G: Histone H3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7949
ポリマ－14,3463
非ポリマー4496
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area7290 Å2
手法PISA
6
B: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
D: Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A
E: Histone H3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7028
ポリマ－14,3463
非ポリマー3575
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area6970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.607, 72.607, 99.431
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 ABCDEG

#1: タンパク質
Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2A / Transcription termination factor I-interacting protein 5 / Tip5 / hWALp3


分子量: 6597.694 Da / 分子数: 4 / 断片: PHD domain, UNP residues 1673-1728 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAZ2A, KIAA0314, TIP5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UIF9
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3.1 / Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone ...Histone H3/a / Histone H3/b / Histone H3/c / Histone H3/d / Histone H3/f / Histone H3/h / Histone H3/i / Histone H3/j / Histone H3/k / Histone H3/l


分子量: 1150.332 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2-11 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431

-
非ポリマー , 4種, 107分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 2.2 M Na/K phosphate / PH範囲: 8 - 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→45.62 Å / Num. obs: 10901 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.4 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.495.80.7820.7181100
8.98-45.624.50.0570.999195.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.15データスケーリング
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4qf2

4qf2


解像度: 2.4→45.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 13.647 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.365 / ESU R Free: 0.245
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2353 556 5.1 %RANDOM
Rwork0.1851 ---
obs0.1877 10309 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 500 Å2 / Biso mean: 52.134 Å2 / Biso min: 22.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.58 Å2-0 Å2
3----1.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→45.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1740 0 24 96 1860
Biso mean--67.47 54.85 -
残基数----227
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0191815
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.511.9652438
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1233.0153793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.125221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.66323.82781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.33315294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2991513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2266
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021992
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02401
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6093.9902
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6083.895901
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.845.8131117
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 29 -
Rwork0.25 769 -
all-798 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.4857-2.90792.61196.5291-1.81825.52750.15460.3396-0.1716-0.3067-0.2212-0.11340.27710.47850.06660.05070.04250.01840.1140.00170.020512.75932.90319.719
25.3121-0.5201-0.81225.78780.31716.8676-0.0987-0.53230.15460.1420.0829-0.46370.2110.42470.01580.01030.0203-0.01160.0709-0.01490.040139.36524.66145.514
32.30231.5041-1.06366.5595-2.136.0671-0.0126-0.1642-0.00580.20820.0569-0.28710.12190.3274-0.04440.01730.0244-0.01160.0509-0.00690.020611.39238.67634.563
45.74332.3675-3.40964.8077-5.36478.7142-0.26730.33460.0695-0.49560.0795-0.28080.39990.06040.18790.1211-0.03550.05590.0391-0.00250.03933.74823.54230.213
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1676 - 1728
2X-RAY DIFFRACTION2B1676 - 1726
3X-RAY DIFFRACTION3C1676 - 1727
4X-RAY DIFFRACTION4D1676 - 1728

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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