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- PDB-5t7c: Solution structure of calcium free, myristoylated visinin-like pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t7c
タイトルSolution structure of calcium free, myristoylated visinin-like protein 3
要素Hippocalcin-like protein 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / calmodulin / Hippocalcin / neuronal calcium sensor
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Recoverin family / EF-hand domain pair / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Hippocalcin-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Lim, S. / Ames, J.B.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2016
タイトル: Structure and Calcium Binding Properties of a Neuronal Calcium-Myristoyl Switch Protein, Visinin-Like Protein 3.
著者: Li, C. / Lim, S. / Braunewell, K.H. / Ames, J.B.
履歴
登録2016年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年12月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hippocalcin-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4211
ポリマ－22,4211
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area630 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area14330 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Hippocalcin-like protein 1 / Calcium-binding protein BDR-1 / HLP2 / Visinin-like protein 3 / VILIP-3


分子量: 22421.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Myristoyl group is covalently attached to the N-terminal
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HPCAL1, BDR1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37235

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D 15N NOESY-HSQC
224isotropic13D 13C NOESY-HSQC
132isotropic13D 13C F1-filtered F3-edited HSQC-NOESY
143isotropic12D 1H-1H NOESY
171isotropic12D 1H-15N HSQC
162isotropic12D 1H-13C CT-HSQC
152isotropic13D HNCO
1102isotropic13D HNCA
192isotropic13D CBCA(CO)NH
182isotropic13D HN(CA)CB
1122isotropic13D HBHA(CO)NH
2114isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1141isotropic13D TOCSY-HSQC
2134isotropic13D (HB)CB(CGCD)HD
1162isotropic13D HN(CA)CO

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.5 mM [U-99% 15N] Myristoylated_VILIP-3, 5 mM deuterated Tris-d11, 4 mM deuterated DTT-d11, 0.3 mM deuterated EDTA-d12, 90% H2O/10% D2O15N_sample90% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-99% 15N],[U-99% 13C] Myristoylated_VILIP-3, 5 mM deuterated Tris-d11, 4 mM deuterated DTT-d11, 0.3 mM deuterated EDTA-d12, 90% H2O/10% D2O13C,15N_sample90% H2O/10% D2O
solution40.5 mM [U-99% 15N],[U-99% 13C] Myristoylated_VILIP-3, 5 mM deuterated Tris-d11, 4 mM deuterated DTT-d11, 0.3 mM deuterated EDTA-d12, 100% D2O13C,15N_sample-D2O100% D2O
solution30.5 mM Myristoylated_VILIP-3, 5 mM deuterated Tris-d11, 4 mM deuterated DTT-d11, 0.3 mM deuterated EDTA-d12, 100% D2Ounlabled sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMMyristoylated_VILIP-3[U-99% 15N]1
5 mMTris-d11deuterated1
4 mMDTT-d11deuterated1
0.3 mMEDTA-d12deuterated1
0.5 mMMyristoylated_VILIP-3[U-99% 15N],[U-99% 13C]2
5 mMTris-d11deuterated2
4 mMDTT-d11deuterated2
0.3 mMEDTA-d12deuterated2
0.5 mMMyristoylated_VILIP-3[U-99% 15N],[U-99% 13C]4
5 mMTris-d11deuterated4
4 mMDTT-d11deuterated4
0.3 mMEDTA-d12deuterated4
0.5 mMMyristoylated_VILIP-3natural abundance3
5 mMTris-d11deuterated3
4 mMDTT-d11deuterated3
0.3 mMEDTA-d12deuterated3
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
16.4 mMcondition-H2O7.41 atm310 K
26.4 mMCondition-D2O7.4 pH*1 atm310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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