PDB-5t5v: LIPOXYGENASE-1 (SOYBEAN) AT 293K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t5v

タイトル

LIPOXYGENASE-1 (SOYBEAN) AT 293K

要素

Seed linoleate 13S-lipoxygenase-1

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

lipoxygenase (リポキシゲナーゼ) / hydrogen tunneling

機能・相同性

機能・相同性情報

linolenate 9R-lipoxygenase activity / linoleate 13S-lipoxygenase / linoleate 13S-lipoxygenase activity / oxylipin biosynthetic process /

脂質過酸化反応 / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen /

Β酸化 / fatty acid biosynthetic process / iron ion binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Glycine max (ダイズ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Poss, E.M. / Fraser, J.S.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM113432	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	1S10OD020062-01	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM025765	米国

引用

ジャーナル: ACS Cent Sci / 年: 2017
タイトル: Hydrogen-Deuterium Exchange of Lipoxygenase Uncovers a Relationship between Distal, Solvent Exposed Protein Motions and the Thermal Activation Barrier for Catalytic Proton-Coupled Electron Tunneling.
著者: Offenbacher, A.R. / Hu, S. / Poss, E.M. / Carr, C.A.M. / Scouras, A.D. / Prigozhin, D.M. / Iavarone, A.T. / Palla, A. / Alber, T. / Fraser, J.S. / Klinman, J.P.

履歴

登録	2016年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年9月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_audit_support Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t5v.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t5v.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t5v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/5t5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t5/5t5v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tqpC 3pzwS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2iuj-d 3bne-d 1rrh-d 4wha-d 1fgr-d 1fgq-d 3pzw-d 5tqn-1 4wfo-d 1rrl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Seed linoleate 13S-lipoxygenase-1

B: Seed linoleate 13S-lipoxygenase-1

ヘテロ分子

189 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Seed linoleate 13S-lipoxygenase-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Seed linoleate 13S-lipoxygenase-1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.572, 92.754, 100.919
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.76, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Seed linoleate 13S-lipoxygenase-1 / Lipoxygenase-1 / L-1 分子量: 94522.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: LOX1.1, LOX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08170, linoleate 13S-lipoxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION / 鉄分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 996 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.63 % / Mosaicity: 0.09 °
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG-3350, Sodium Acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 300 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.8266 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.8266 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→92.754 Å / Num. obs: 154694 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 18.98 Å² / R_sym value: 0.113 / Net I/σ(I): 8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.8-1.9	4.7	0.886	0.8	1	98.8
1.9-2.01	4.7	0.541	1.4	1	99
2.01-2.15	4.7	0.342	2.2	1	99.2
2.15-2.32	4.7	0.224	3.3	1	99.4
2.32-2.55	4.6	0.162	4.6	1	99.6
2.55-2.85	4.6	0.115	6.4	1	99.7
2.85-3.29	4.6	0.078	8.9	1	99.8
3.29-4.02	4.5	0.051	12.5	1	99.8
4.02-5.69	4.4	0.033	18.1	1	99.5
5.69-92.754	4.7	0.027	18.5	1	100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10PRE_2104	精密化
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
PHASER		位相決定
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3PZW

3pzw

解像度: 1.8→91.38 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.46

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.171	1994	1.29 %
R_work	0.134	-	-
obs	0.135	154489	99.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→91.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13094	0	2	996	14092

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	21600
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.03	30098
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.617	13905
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.058	3432
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	3946

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.845	0.3036	126	0.2774	10698	X-RAY DIFFRACTION	98
1.845-1.8949	0.2649	144	0.2397	10825	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8949-1.9507	0.2652	159	0.2088	10800	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9507-2.0136	0.2019	136	0.1817	10847	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0136-2.0856	0.2089	147	0.1682	10797	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0856-2.1691	0.2078	134	0.1539	10885	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1691-2.2679	0.1439	145	0.1371	10864	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2679-2.3874	0.1763	150	0.124	10893	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3874-2.537	0.1679	143	0.1238	10895	X-RAY DIFFRACTION	99
2.537-2.7329	0.1868	145	0.1264	10946	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7329-3.008	0.1495	145	0.1285	10932	X-RAY DIFFRACTION	100
3.008-3.4432	0.1882	136	0.1213	11012	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4432-4.3381	0.1287	137	0.0949	11011	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3381-91.4926	0.1249	147	0.1095	11090	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1732	0.059	0.0732	0.0697	-0.0206	0.0662	0.0394	0.1646	-0.0625	0.0112	-0.0649	0.1297	0.0519	-0.1142	-0	0.1301	-0.0033	-0.0026	0.1946	-0.0499	0.2593	-18.3208	-44.0896	32.8865
2	0.5796	-0.083	0.0126	0.101	-0.0235	0.1052	0.0144	0.0248	0.012	0.0192	-0.036	0.0888	0.0111	-0.0288	-0.0003	0.1031	0.0015	0.0046	0.1158	-0.0053	0.1844	-11.0658	-41.7022	38.4676
3	0.732	0.2143	-0.0662	0.3058	-0.0153	0.1271	0.0011	-0.002	-0.1111	-0.0167	0.0045	-0.0441	0.004	0.0516	0.0363	0.1061	-0.0146	0.0032	0.1044	0.0042	0.0712	33.3035	-48.0135	38.9033
4	0.953	0.0974	-0.0779	0.3464	0.0746	0.1599	-0.0053	0.0414	0.1455	-0.0373	0.009	0.0394	-0.0252	0.0362	-0.0088	0.0972	-0.0158	-0.0007	0.076	0.0133	0.0807	20.9395	-36.1467	38.3445
5	0.2275	0.0775	0.0793	0.1385	-0.0692	0.0946	0.035	0.1674	-0.0392	-0.0389	-0.0562	0.1254	0.0772	-0.057	0	0.1362	0.0198	-0.01	0.1913	-0.0247	0.2142	-21.472	-41.9154	80.6115
6	0.6125	0.2166	0.1167	0.0894	0.0754	0.0816	0.0496	-0.136	-0.102	0.0379	-0.0271	0.1226	0.0166	-0.0549	-0.0026	0.1294	0.0051	0.0067	0.1355	0.0088	0.1405	-6.8796	-45.1498	93.7743
7	0.7766	-0.1097	-0.0062	0.1777	-0.0179	0.0695	0.0476	-0.0083	-0.1002	-0.0225	-0.0353	-0.0036	0.0018	0.0259	0.0042	0.1362	-0.0044	-0.0071	0.1089	0.0006	0.0749	27.1557	-48.8108	85.1821
8	1.0476	-0.0934	-0.029	0.2752	0.0772	0.1775	0.0451	-0.0484	0.0785	-0.0163	-0.0293	-0.0053	-0.0263	0.0133	0.0107	0.1153	0.0044	0.0005	0.0818	-0.0076	0.0595	21.1412	-37.7225	90.4819

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 6 THROUGH 66 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 67 THROUGH 190 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 191 THROUGH 496 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 497 THROUGH 839 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 5 THROUGH 93 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 94 THROUGH 221 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 222 THROUGH 409 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 410 THROUGH 839 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)