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- PDB-5t5q: Crystal structure of Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:Gluc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t5q
タイトルCrystal structure of Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:Glucose/ribitol dehydrogenase from Brucella melitensis
要素Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:Glucose/ribitol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Brucella melitensis / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:Glucose/ribitol dehydrogenase / BAB2_0029 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
PKS_KR / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:Glucose/ribitol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:Glucose/ribitol dehydrogenase from Brucella melitensis
著者: Abendroth, J. / Phan, J.N. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:Glucose/ribitol dehydrogenase
B: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:Glucose/ribitol dehydrogenase
C: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:Glucose/ribitol dehydrogenase
D: Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:Glucose/ribitol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,99812
ポリマ－104,9164
非ポリマー3,0828
水7,873437
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19580 Å2
ΔGint-183 kcal/mol
Surface area28880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.850, 108.150, 65.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 1:2 and (name N or name...
21(chain B and (resid 1:3 or (resid 4 and (name...
31(chain C and ((resid 1:2 and (name N or name...
41(chain D and ((resid 1:2 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and ((resid 1:2 and (name N or name...A1 - 2
121(chain A and ((resid 1:2 and (name N or name...A1 - 300
131(chain A and ((resid 1:2 and (name N or name...A1 - 300
141(chain A and ((resid 1:2 and (name N or name...A1 - 300
151(chain A and ((resid 1:2 and (name N or name...A1 - 300
211(chain B and (resid 1:3 or (resid 4 and (name...B1 - 3
221(chain B and (resid 1:3 or (resid 4 and (name...B4
231(chain B and (resid 1:3 or (resid 4 and (name...B1 - 300
241(chain B and (resid 1:3 or (resid 4 and (name...B1 - 300
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261(chain B and (resid 1:3 or (resid 4 and (name...B1 - 300
311(chain C and ((resid 1:2 and (name N or name...C1 - 2
321(chain C and ((resid 1:2 and (name N or name...C1 - 300
331(chain C and ((resid 1:2 and (name N or name...C1 - 300
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411(chain D and ((resid 1:2 and (name N or name...D1 - 2
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451(chain D and ((resid 1:2 and (name N or name...D1 - 300

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要素

#1: タンパク質
Short-chain dehydrogenase/reductase SDR:Glucose/ribitol dehydrogenase / BrabA.00010.d


分子量: 26228.975 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella abortus (strain 2308) (ウシ流産菌)
株: 2308 / 遺伝子: BAB2_0029 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q2YL80, 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase
#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 437 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.5 % / Mosaicity: 0.187 °
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen D12: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD; 20mM of each 1,6-hexanediol, 1-butanol, (RS)-1,2- propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3- ...詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen D12: 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD; 20mM of each 1,6-hexanediol, 1-butanol, (RS)-1,2- propanediol, 2-propanol, 1,4-butanediol, 1,3-propanediol; 0.1 M bicine/Trizma base pH 8.5; BrabA.00010.d.A1.PS00356 at 21.7 mg/ml+ 5mM NAD; cryo: direct; tray 272553d12, puck vkb7-2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月15日 / 詳細: RIGAKU VARIMAX
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 63730 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 26.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.95-20.4962.530.808198.7
2-2.060.4113.450.873199.5
2.06-2.120.3244.850.917199
2.12-2.180.276.250.95199.4
2.18-2.250.2148.260.97198.7
2.25-2.330.1999.160.979198.8
2.33-2.420.15911.870.987198.9
2.42-2.520.15812.710.99199.1
2.52-2.630.13214.790.992198.8
2.63-2.760.1116.910.995199
2.76-2.910.08620.90.997199.3
2.91-3.080.06924.890.998199.5
3.08-3.30.05629.860.999199.4
3.3-3.560.04437.760.999199.6
3.56-3.90.03547.950.999199.5
3.9-4.360.03250.060.999199.5
4.36-5.030.02955.840.999199.8
5.03-6.170.03250.330.999199.8
6.17-8.720.02955.060.999199.9
8.72-500.02566.760.999198.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータスケーリング
ARPモデル構築
Cootモデル構築
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2p68

2p68


解像度: 1.95→50 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2187 2011 3.16 %
Rwork0.1745 --
obs0.1759 63727 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 102.48 Å2 / Biso mean: 37.6008 Å2 / Biso min: 12.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7019 0 212 441 7672
Biso mean--41.32 37.52 -
残基数----962
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077399
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9410089
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0561185
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061369
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4854485
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3927X-RAY DIFFRACTION8.114TORSIONAL
12B3927X-RAY DIFFRACTION8.114TORSIONAL
13C3927X-RAY DIFFRACTION8.114TORSIONAL
14D3927X-RAY DIFFRACTION8.114TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.95-1.99880.30051400.25524385452599
1.9988-2.05280.26831210.25434432455399
2.0528-2.11320.31421680.24694354452299
2.1132-2.18140.30441150.23474448456399
2.1814-2.25940.2811550.22224372452799
2.2594-2.34980.24981300.21064357448799
2.3498-2.45680.23971530.19294380453399
2.4568-2.58630.2721660.19334358452499
2.5863-2.74830.22941480.1864408455699
2.7483-2.96040.19121360.17674408454499
2.9604-3.25820.21471370.17594428456599
3.2582-3.72940.20061340.155844314565100
3.7294-4.69760.18271470.130544784625100
4.6976-41.29990.17491610.141944774638100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.03680.8124-0.00123.1391-0.07992.24130.010.1863-0.2723-0.30620.08510.67030.4938-0.4636-0.04410.3003-0.0768-0.02850.2545-0.08470.4834-11.92350.640776.5691
21.67630.47310.49142.09710.11721.87740.03040.0051-0.1886-0.0534-0.12170.16880.2024-0.03190.10430.19130.0280.05620.0846-0.02180.22753.15376.112785.6097
31.60590.12740.43351.5473-0.62412.00980.0137-0.03750.09510.0039-0.0940.3649-0.0449-0.14920.06510.14910.02990.01370.1351-0.03480.2344-1.582818.802677.6377
43.64070.14950.45162.0351-0.16974.62110.0110.74110.0841-0.95490.08550.30870.2477-0.2887-0.08850.55160.0979-0.10810.41870.03820.26240.179627.443951.9316
50.7320.1995-0.23791.6338-0.24121.20760.09980.48320.1954-0.4471-0.25020.0088-0.2390.16590.11640.37990.08760.01230.3370.11720.25419.96634.283761.9411
63.9067-1.1671-1.07263.91571.20262.49120.08070.5143-0.2107-0.5242-0.1433-0.20140.15420.38170.0590.31610.09470.03510.34420.01330.184210.748919.097164.8394
72.9596-0.4518-0.46112.80010.71971.90130.00910.4225-0.1505-0.4361-0.17790.14420.16510.10690.1420.24910.05980.00160.1915-0.00630.15056.135917.153166.5437
80.53090.22910.00210.4575-0.32220.7140.0057-0.0683-0.01310.2516-0.1991-0.364-0.05190.68720.09920.353-0.044-0.15630.7270.24960.35432.208813.4366101.5936
91.68880.2071.07540.41880.12161.29780.15590.0243-0.24880.1807-0.1849-0.41960.26830.6183-0.12750.37120.116-0.16790.7710.30150.378733.00574.3406105.0643
102.72810.35561.72261.2630.86421.42230.0703-0.0506-0.29710.4744-0.0816-0.43120.07590.6878-0.06910.49990.0768-0.15990.61770.20590.34129.09414.2886108.3608
112.44170.69470.89492.36791.3271.29360.0346-0.3941-0.12450.5568-0.1251-0.09070.09440.40950.11120.5715-0.0141-0.06640.46020.15580.249320.91145.8966112.6826
121.47390.1412-0.12622.0916-0.46581.29990.0354-0.0235-0.25390.2024-0.1778-0.12510.28630.48880.08260.24360.06950.02520.20890.07220.212317.0475.818793.8144
132.57420.62950.18653.14110.60131.80670.03540.0215-0.06520.2841-0.2301-0.14570.03590.42820.16620.21620.00060.00180.19350.08790.131817.036314.266892.6096
142.6224-1.65770.32645.9025-0.16545.43050.2448-0.1599-0.3210.09410.22-0.42530.26330.6217-0.40030.52960.1270.02650.67950.02420.638932.13843.16577.0735
152.0548-0.2859-1.22040.8235-0.6271.54660.0198-0.1169-0.10240.1652-0.3265-0.3866-0.07930.74460.19170.2078-0.0568-0.02570.49330.17640.302527.522418.718787.5424
161.23960.508-0.11680.25520.01310.09270.0637-0.08490.0940.0716-0.0375-0.0504-0.04660.12010.05640.4453-0.6291-0.20830.77340.31260.568935.692837.53690.1962
170.82470.11350.28790.48150.02030.60030.0898-0.16520.35250.2795-0.141-0.1801-0.21260.1630.15930.7135-0.5298-0.22580.77230.21590.723836.065247.459387.753
181.21810.2602-0.08460.5062-0.03070.5142-0.02310.0280.43870.0108-0.3911-0.4984-0.66770.657-0.18430.399-0.26240.0010.54760.33550.467526.771838.902276.4238
191.70060.261-0.23691.2618-0.15051.40380.1926-0.07310.5287-0.0351-0.2569-0.3005-0.64160.453-0.10150.3905-0.1443-0.0290.38040.14260.367522.490436.029985.9355
200.4387-0.5577-0.5045.0639-0.12920.71090.1307-0.06180.4620.1793-0.18810.2383-0.50040.17120.07920.5666-0.1136-00.2365-0.02450.34159.952337.569397.4467
211.43930.119-0.72790.1235-0.03071.0956-0.0333-0.06470.13650.1612-0.2984-0.2668-0.33140.7190.16080.29-0.1474-0.05080.46810.18350.297424.833327.416188.5198
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 81 )A1 - 81
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 82 through 171 )A82 - 171
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 172 through 245 )A172 - 245
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 51 )B1 - 51
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 52 through 171 )B52 - 171
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 172 through 204 )B172 - 204
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 205 through 245 )B205 - 245
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1 through 29 )C1 - 29
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 30 through 51 )C30 - 51
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 52 through 66 )C52 - 66
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 67 through 81 )C67 - 81
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 82 through 150 )C82 - 150
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 151 through 187 )C151 - 187
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 188 through 204 )C188 - 204
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 205 through 245 )C205 - 245
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 1 through 29 )D1 - 29
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 30 through 51 )D30 - 51
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 52 through 171 )D52 - 171
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 172 through 194 )D172 - 194
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 195 through 212 )D195 - 212
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 213 through 245 )D213 - 245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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