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- PDB-5t5a: Crystal Structure of the Twister Sister (TS) Ribozyme at 2.0 Angstrom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t5a
タイトルCrystal Structure of the Twister Sister (TS) Ribozyme at 2.0 Angstrom
要素DNA/RNA (71-MER)
キーワードRNA / RNA junction catalysis
機能・相同性DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10)
機能・相同性情報
生物種metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lilley, D.M.J. / Liu, Y. / Wilson, T.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / : 2017
タイトル: The structure of a nucleolytic ribozyme that employs a catalytic metal ion.
著者: Liu, Y. / Wilson, T.J. / Lilley, D.M.
履歴
登録2016年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Database references
改定 1.22017年4月26日Group: Database references
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA/RNA (71-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,35510
ポリマ-20,1371
非ポリマー2199
2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area9820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.304, 39.304, 228.413
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (71-MER)


分子量: 20136.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) metagenome (メタゲノム)
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / : Mg / 由来: (合成) metagenome (メタゲノム)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.49 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6 / 詳細: magnesium acetate sodium cacodylate MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.91772 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91772 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→37.16 Å / Num. all: 12723 / Num. obs: 268378 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 21.1 % / Rmerge(I) obs: 0.07359 / Net I/σ(I): 28.95
反射 シェル解像度: 2→2.072 Å / Rmerge(I) obs: 0.3758 / Num. unique all: 1014

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX(1.10.1_2155: ???)位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→37.16 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2171 1081 4.81 %
Rwork0.1698 --
obs0.1721 22488 97.37 %
all-12722 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→37.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1320 44 99 1463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131516
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9872379
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.335718
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.09307
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01862
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0002-2.09120.2661140.22062273X-RAY DIFFRACTION83
2.0912-2.20150.24251240.20732682X-RAY DIFFRACTION97
2.2015-2.33940.27931440.21482714X-RAY DIFFRACTION100
2.3394-2.51990.271260.21372777X-RAY DIFFRACTION100
2.5199-2.77350.31270.2192760X-RAY DIFFRACTION100
2.7735-3.17460.23541660.19192697X-RAY DIFFRACTION100
3.1746-3.99890.20351420.1382773X-RAY DIFFRACTION100
3.9989-37.17110.14851380.12582731X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.2382 Å / Origin y: 18.6981 Å / Origin z: 85.0628 Å
111213212223313233
T0.1671 Å2-0.0105 Å2-0.0108 Å2-0.2028 Å2-0.0209 Å2--0.2159 Å2
L1.1081 °2-0.0411 °2-0.2341 °2-0.7671 °2-0.2281 °2--0.236 °2
S-0.0337 Å °0.0553 Å °0.0511 Å °0.0263 Å °0.0414 Å °0.019 Å °-0.0337 Å °-0.0744 Å °-0.0106 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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