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- PDB-5t52: LECTIN FROM BAUHINIA FORFICATA IN COMPLEX WITH GALNAC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t52
タイトルLECTIN FROM BAUHINIA FORFICATA IN COMPLEX WITH GALNAC
要素Lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / LEGUME LECTIN / CONCANAVALIN A / GALNAC-SPECIFIC / LIGAND-FREE
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / : / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / Lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Bauhinia forficata (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Lubkowski, J. / Wlodawer, A.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Structural analysis and unique molecular recognition properties of a Bauhinia forficata lectin that inhibits cancer cell growth.
著者: Lubkowski, J. / Durbin, S.V. / Silva, M.C. / Farnsworth, D. / Gildersleeve, J.C. / Oliva, M.L. / Wlodawer, A.
履歴
登録2016年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月8日Group: Database references
改定 1.22017年2月15日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lectin
B: Lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,26314
ポリマ－54,2882
非ポリマー97512
水6,467359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area18820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.890, 58.949, 187.305
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細DIMER AS DETERMINED BY ANALYTICAL ULTRACENTRIFUGATION

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lectin / BfL


分子量: 27143.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bauhinia forficata (マメ科) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P86993

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糖 , 2種, 2分子

#3: 糖 ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 369分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.42 % / 解説: BLOCKS
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PROTEIN CONCENTRATION 5-8 MG/ML IN 0.05 M HEPES BUFFER (pH 7.5) AND 0.15 M NACL, PRECIPITANT: 12% (W/W) PEG8000, 8% (W/V) ETHYLENE GLYCOL, 0.1 M HEPES (pH 7.5), DROPLETS RATIO: 1:1
PH範囲: 7 - 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→50 Å / Num. obs: 55964 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.119 / Χ2: 0.815 / Net I/av σ(I): 11.885 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 232093
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.71-1.742.40.35623850.8150.2370.4310.67386.3
1.74-1.773.10.35427310.8520.2190.4190.71498.4
1.77-1.813.60.3127480.8930.180.3610.73699.4
1.81-1.843.70.29527980.9050.1720.3430.79499.6
1.84-1.883.80.27527510.90.1590.320.84299.7
1.88-1.933.90.24528180.9050.1390.2830.89999.7
1.93-1.973.90.21327880.9150.1220.2460.86899.7
1.97-2.0340.19227600.9310.1080.2210.9199.7
2.03-2.0940.18628080.9280.1040.2140.94899.9
2.09-2.154.10.18327760.9360.10.2090.916100
2.15-2.234.20.16327980.9430.090.1870.871100
2.23-2.324.30.15528190.9530.0840.1780.9199.9
2.32-2.434.40.15128290.9570.0790.1710.832100
2.43-2.554.60.1528270.9630.0760.1690.808100
2.55-2.714.60.14228230.9650.0710.1590.805100
2.71-2.924.70.12528200.9680.0620.140.79999.9
2.92-3.224.60.10928600.9710.0550.1220.83499.8
3.22-3.684.60.09328820.9740.0470.1050.79299.8
3.68-4.644.90.08529090.9820.0410.0950.71199.4
4.64-5050.08130340.9820.0390.0910.63698.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.7→36.666 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 3.186 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1861 1702 3.1 %RANDOM
Rwork0.1525 ---
obs0.1536 53241 97.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.29 Å2 / Biso mean: 14.093 Å2 / Biso min: 5.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---0.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→36.666 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3622 0 58 359 4039
Biso mean--18.24 23.51 -
残基数----458
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0193836
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1021.9295236
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.58137951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2765463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.57223.298191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.01815554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6331527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0214399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02982
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0450.8411838
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0220.8391837
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5541.2562296
LS精密化 シェル解像度: 1.705→1.749 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 100 -
Rwork0.177 3072 -
all-3172 -
obs--77.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.42940.01920.17420.1357-0.00410.4565-0.0027-0.0068-0.01390.0053-0.01070.0021-0.0112-0.0230.01340.03660.0051-0.01180.0051-0.00750.016615.72623.02238.494
20.3708-0.02650.12950.29980.10390.5986-0.01740.03870.0080.0089-0.0168-0.0061-0.0294-0.04190.03420.02740.0102-0.00820.0448-0.01220.0057-0.72222.27911.323
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 229
2X-RAY DIFFRACTION1A301 - 305
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 229
4X-RAY DIFFRACTION2B301 - 305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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