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- PDB-5t4w: Crystal structure of a DNA sequence d (CGTGAATTCACG) with DAPI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t4w
タイトルCrystal structure of a DNA sequence d (CGTGAATTCACG) with DAPI
要素DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*CP*G)-3')
キーワードDNA / Ligand / DAPI
機能・相同性6-AMIDINE-2-(4-AMIDINO-PHENYL)INDOLE / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Sbirkova, H. / Schivachev, B.
資金援助Bulgaria, 1件
組織認可番号国
NSFBT0214Bulgaria
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the DNA sequence d(CGTGAATTCACG)2 with DAPI.
著者: Sbirkova-Dimitrova, H.I. / Shivachev, B.
履歴
登録2016年8月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6023
ポリマ－7,3252
非ポリマー2771
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area4300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)24.503, 41.090, 65.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*GP*TP*GP*AP*AP*TP*TP*CP*AP*CP*G)-3')


分子量: 3662.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-DAP / 6-AMIDINE-2-(4-AMIDINO-PHENYL)INDOLE / DAPI


分子量: 277.324 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 60mM NaCaCo, 17mM MgCl2, 2mM Spermine, 50%MPD, 1.5 mM DAPI

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→34.76 Å / Num. obs: 2915 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 2.88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータ収集
PHASER位相決定
CrysalisProデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JU4

5ju4


解像度: 2.3→34.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 9.995 / SU ML: 0.229 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.506 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25839 291 10.1 %RANDOM
Rwork0.21597 ---
obs0.2203 2600 90.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.036 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å2-0 Å2
2---0.07 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→34.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 486 21 2 509
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.011567
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02287
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5591.206869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.8543670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02315
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02135
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1063.905567
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1043.906568
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4415.854870
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.77537.617794
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.77237.627795
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.454 15 -
Rwork0.337 161 -
obs--77.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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