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- PDB-5t4n: Crystal Structure of Human Protocadherin-15 EC3-5 D414A Variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t4n
タイトルCrystal Structure of Human Protocadherin-15 EC3-5 D414A Variant
要素Protocadherin-15
キーワードCELL ADHESION / Mechanotransduction / Hearing
機能・相同性
機能・相同性情報


equilibrioception / sensory perception of light stimulus / stereocilium / photoreceptor cell maintenance / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / inner ear development / photoreceptor outer segment / sensory perception of sound ...equilibrioception / sensory perception of light stimulus / stereocilium / photoreceptor cell maintenance / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / inner ear development / photoreceptor outer segment / sensory perception of sound / cell adhesion / calcium ion binding / synapse / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Protocadherin-15 / Extracellular cadherin domain / Extracellular Cadherin domain / : / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like ...Protocadherin-15 / Extracellular cadherin domain / Extracellular Cadherin domain / : / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Powers, R.E. / Gaudet, R. / Sotomayor, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)K99/R00 DC012534 米国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)R01 DC02281 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: A Partial Calcium-Free Linker Confers Flexibility to Inner-Ear Protocadherin-15.
著者: Powers, R.E. / Gaudet, R. / Sotomayor, M.
履歴
登録2016年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年8月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protocadherin-15
B: Protocadherin-15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,11013
ポリマ－81,6732
非ポリマー43611
水4,720262
1
A: Protocadherin-15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0376
ポリマ－40,8371
非ポリマー2005
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protocadherin-15
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0737
ポリマ－40,8371
非ポリマー2366
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.655, 105.655, 193.767
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Protocadherin-15


分子量: 40836.727 Da / 分子数: 2 / 断片: Cadherin domains 3-5, residues 263-616 / 変異: D414A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCDH15, USH1F / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96QU1
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.04 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.1 M Sodium Cacodylate pH 5.8, 150 mM Calcium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.701→46.38 Å / Num. obs: 33423 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1845 / Rsym value: 0.199 / Net I/σ(I): 9.18
反射 シェル解像度: 2.701→2.798 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 3.498 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / CC1/2: 0.171 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1819精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5T4M

5t4m


解像度: 2.701→46.38 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2387 2113 3.34 %
Rwork0.2015 --
obs-33258 95.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.701→46.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5354 0 11 262 5627
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0125556
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7547523
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0362035
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028880
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005997
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7007-2.76350.38621260.36743099X-RAY DIFFRACTION73
2.7635-2.83260.3491330.36043913X-RAY DIFFRACTION91
2.8326-2.90920.36371400.33814120X-RAY DIFFRACTION96
2.9092-2.99470.30691400.32514114X-RAY DIFFRACTION97
2.9947-3.09140.41251440.32754140X-RAY DIFFRACTION97
3.0914-3.20180.26081540.28214162X-RAY DIFFRACTION97
3.2018-3.330.32621370.25354134X-RAY DIFFRACTION97
3.33-3.48150.31691400.23574131X-RAY DIFFRACTION97
3.4815-3.6650.27481440.21424201X-RAY DIFFRACTION97
3.665-3.89450.21381420.18754133X-RAY DIFFRACTION97
3.8945-4.1950.23421600.16094160X-RAY DIFFRACTION97
4.195-4.61680.18281350.14034199X-RAY DIFFRACTION98
4.6168-5.28410.17381310.13184212X-RAY DIFFRACTION98
5.2841-6.65430.16421500.17614185X-RAY DIFFRACTION98
6.6543-46.38750.2221370.18794173X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.7428-0.2443-1.11223.4707-0.10395.1866-0.15460.4754-0.5435-0.03350.3312-0.03160.4609-0.0206-0.17120.68630.0058-0.13560.69730.03610.4918-89.7719-5.0025-8.0205
27.22953.22283.02183.06491.67193.8023-0.31920.10790.0796-0.05460.19580.0768-0.178-0.29330.14150.54830.1116-0.09020.5259-0.1520.5085-45.737917.39839.9159
38.2167-0.06050.78913.6331-0.19782.6321-0.36870.577-0.3518-0.37460.5571-0.93690.06950.9849-0.06440.60890.0664-0.08580.7905-0.28750.9251-3.925831.522927.1659
46.8335-1.8621.25794.6517-0.25375.55580.2356-0.14650.66110.33770.2659-0.4045-0.3390.1815-0.45790.6675-0.05420.140.5135-0.09810.4683-40.749984.675354.3853
50.5139-0.1854-0.00716.23082.90222.27490.16390.0146-0.17870.2443-0.1758-0.12430.1554-0.14340.03230.52330.0586-0.19430.625-0.10070.6781-30.66117.039833.5399
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 241 through 365 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 366 through 491 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 492 through 587 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 240 through 365 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 366 through 595 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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