PDB-5t4m: Crystal Structure of Human Protocadherin-15 EC3-5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t4m

タイトル

Crystal Structure of Human Protocadherin-15 EC3-5

要素

Protocadherin-15

キーワード

CELL ADHESION / Mechanotransduction / Hearing / Cadherin

機能・相同性

機能・相同性情報

equilibrioception / sensory perception of light stimulus / stereocilium / photoreceptor cell maintenance / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / inner ear development / photoreceptor outer segment / sensory perception of sound ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

Powers, R.E. / Gaudet, R. / Sotomayor, M.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)	K99/R00 DC012534	米国
National Institutes of Health/National Institute on Deafness and Other Communication Disorders (NIH/NIDCD)	R01 DC02281	米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: A Partial Calcium-Free Linker Confers Flexibility to Inner-Ear Protocadherin-15.
著者: Powers, R.E. / Gaudet, R. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2016年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年2月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年8月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t4m.cif.gz	298.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t4m.ent.gz	243.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t4m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5t4m_validation.pdf.gz	426 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5t4m_full_validation.pdf.gz	426.6 KB	表示
XML形式データ	5t4m_validation.xml.gz	27.4 KB	表示
CIF形式データ	5t4m_validation.cif.gz	39.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/5t4m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/5t4m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5t4nC 2o72S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6cv7-d 5t4n-1 1fnf-d 3f83-d 3lbx-d 4zps-d 6e8f-3 2r1a-2 2r1a-1 4hjc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (8) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protocadherin-15

B: Protocadherin-15

ヘテロ分子

82.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protocadherin-15

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protocadherin-15

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.608, 105.608, 193.672
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Protocadherin-15 分子量: 40880.734 Da / 分子数: 2 / 断片: Cadherin domains 3-5, residues 263-616 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCDH15, USH1F / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96QU1
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.04 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.0, 150 mM Calcium Chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.24→46.36 Å / Num. obs: 57737 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.9 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.04806 / R_sym value: 0.05854 / Net I/σ(I): 8.71
反射シェル	解像度: 2.24→2.32 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 1.407 / Mean I/σ(I) obs: 0.69 / CC_1/2: 0.197 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1760	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2O72

2o72

解像度: 2.24→46.36 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2214	3626	3.36 %
R_work	0.1888	-	-
obs	-	57693	92.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.24→46.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5433	0	11	281	5725

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5637
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.833	7633
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.721	2071
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.036	890
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1016

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2403-2.2698	0.3192	120	0.3377	3187	X-RAY DIFFRACTION	75
2.2698-2.3009	0.3752	128	0.3522	3407	X-RAY DIFFRACTION	78
2.3009-2.3338	0.3338	134	0.341	3759	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3338-2.3686	0.3379	141	0.3379	4085	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3686-2.4056	0.3067	145	0.3275	4170	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4056-2.4451	0.3696	143	0.3201	4121	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4451-2.4872	0.3508	143	0.3142	4093	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4872-2.5325	0.3514	141	0.3119	4144	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5325-2.5812	0.331	144	0.299	4126	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5812-2.6338	0.3477	144	0.2724	4081	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6338-2.6911	0.2874	139	0.2592	4096	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6911-2.7537	0.2712	144	0.2446	3949	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7537-2.8226	0.2471	127	0.2347	3865	X-RAY DIFFRACTION	89
2.8226-2.8989	0.2294	146	0.2222	4111	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8989-2.9841	0.2714	140	0.2247	4185	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9841-3.0804	0.2311	144	0.224	4110	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0804-3.1905	0.2761	146	0.2322	4152	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1905-3.3182	0.2763	136	0.2171	4148	X-RAY DIFFRACTION	95
3.3182-3.4692	0.2434	140	0.2126	4096	X-RAY DIFFRACTION	95
3.4692-3.652	0.2678	139	0.1959	3995	X-RAY DIFFRACTION	91
3.652-3.8807	0.1872	145	0.1817	4051	X-RAY DIFFRACTION	94
3.8807-4.1802	0.2297	158	0.1565	4152	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1802-4.6005	0.1628	141	0.1384	4207	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6005-5.2654	0.179	133	0.1253	4029	X-RAY DIFFRACTION	94
5.2654-6.6308	0.1775	134	0.162	4036	X-RAY DIFFRACTION	93
6.6308-46.3694	0.1691	131	0.1633	4009	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0504	0.9418	-0.8594	7.5393	-0.9747	5.559	0.2713	-0.3299	-0.2034	-0.007	-0.1603	-0.6937	0.2696	0.671	-0.1009	0.5771	-0.0103	-0.0407	0.6039	-0.1149	0.4296	50.3881	75.6885	71.4457
2	5.0941	2.3178	2.8576	1.784	1.1757	2.846	0.324	-0.4178	-0.3901	0.0601	-0.2014	-0.0344	0.2078	-0.3104	-0.0712	0.6511	0.0716	-0.1653	0.45	-0.0303	0.5968	-5.9619	35.7346	46.8045
3	3.2765	-0.6985	-0.7912	8.39	2.3858	6.2331	0.4231	0.3812	-0.0252	-0.3122	0.0631	0.6979	-0.0786	-0.5259	-0.4885	0.4579	0.0465	-0.037	0.6924	0.1801	0.5123	-52.5892	77.4239	9.5942
4	7.2774	-2.989	3.3627	2.4142	-1.4057	3.2568	0.0049	0.2885	0.0506	0.1029	-0.0329	-0.1094	-0.2551	0.0627	0.0285	0.6715	0.0142	-0.1528	0.4895	-0.096	0.587	-15.4674	45.9768	22.2136
5	7.9711	-3.2891	2.6198	9.1345	-1.8071	4.197	0.0833	0.5867	-0.7869	0.2545	-0.1205	-0.2947	0.4612	0.2543	0.014	0.6553	0.0493	-0.2104	0.6401	-0.1663	0.7805	20.9899	20.6921	41.1514

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 241 through 365 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 366 through 587 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 240 through 365 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 366 through 491 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 492 through 595 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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