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万見
- PDB-5t44: Crystal structure of Frizzled 7 CRD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t44
タイトルCrystal structure of Frizzled 7 CRD
要素Frizzled-7
キーワードIMMUNE SYSTEM / Cysteine rich domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ectodermal cell fate specification / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / mesenchymal to epithelial transition / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / somatic stem cell division / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / Wnt-protein binding / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping ...negative regulation of ectodermal cell fate specification / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / mesenchymal to epithelial transition / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / somatic stem cell division / Wnt receptor activity / non-canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in wound healing / Wnt-protein binding / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / frizzled binding / PCP/CE pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / negative regulation of cell-substrate adhesion / regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / stem cell population maintenance / canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of phosphorylation / cellular response to retinoic acid / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / Asymmetric localization of PCP proteins / G protein-coupled receptor activity / PDZ domain binding / positive regulation of JNK cascade / neuron differentiation / recycling endosome membrane / T cell differentiation in thymus / positive regulation of MAPK cascade / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Frizzled-7, cysteine-rich Wnt-binding domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily ...Frizzled-7, cysteine-rich Wnt-binding domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9944 Å
データ登録者Mukund, S. / Nile, A.H. / Stanger, K. / Hannous, R.H. / Wang, W.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Unsaturated fatty acyl recognition by Frizzled receptors mediates dimerization upon Wnt ligand binding.
著者: Nile, A.H. / Mukund, S. / Stanger, K. / Wang, W. / Hannoush, R.N.
履歴
登録2016年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 1.22017年5月3日Group: Database references
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Frizzled-7
B: Frizzled-7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7972
ポリマ－32,7972
非ポリマー00
水1,76598
1
A: Frizzled-7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3991
ポリマ－16,3991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area11560 Å2
手法PISA
3
B: Frizzled-7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3991
ポリマ－16,3991
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.056, 62.846, 103.225
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Frizzled-7 / hFz7 / FzE3


分子量: 16398.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FZD7 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O75084
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.31 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 0.1M MES at pH6.9, 12% 1-propanol, 10% PEG 500MME

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9944→36.5 Å / Num. obs: 35844 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 10.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.9944→36.5 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.13 / 位相誤差: 27.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2522 1686 5.1 %
Rwork0.1991 --
obs0.2016 33064 98.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9944→36.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1828 0 0 98 1926
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061886
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9442551
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.515697
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005341
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9944-2.0530.39211340.32122515X-RAY DIFFRACTION94
2.053-2.11930.36381730.27112581X-RAY DIFFRACTION100
2.1193-2.1950.30731470.24332570X-RAY DIFFRACTION97
2.195-2.28290.39051420.33522550X-RAY DIFFRACTION98
2.2829-2.38680.26321420.2022651X-RAY DIFFRACTION100
2.3868-2.51260.22471390.19442646X-RAY DIFFRACTION100
2.5126-2.670.27151310.19652639X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.87610.2261280.19962658X-RAY DIFFRACTION99
2.8761-3.16530.25431640.19242603X-RAY DIFFRACTION100
3.1653-3.6230.23781430.18382637X-RAY DIFFRACTION100
3.623-4.56320.1981220.16222664X-RAY DIFFRACTION99
4.5632-36.53490.22021210.17582664X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3743-0.72630.79760.8147-1.18582.06250.0135-0.08850.0147-0.0696-0.0077-0.00910.1451-0.123800.2995-0.0126-0.03970.212-0.00390.1818-17.0674-5.21336.8019
21.0255-0.1910.58220.7708-0.32821.9011-0.0459-0.12120.00440.10860.12820.03280.0926-0.03620.00010.22590.0220.01190.22820.00060.2318-5.3502-11.438530.8891
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resid 17:133
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and resid 17:133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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