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- PDB-5t3p: Crystal structure of Human Peroxisomal coenzyme A diphosphatase NUDT7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t3p
タイトルCrystal structure of Human Peroxisomal coenzyme A diphosphatase NUDT7
要素Peroxisomal coenzyme A diphosphatase NUDT7
キーワードHYDROLASE / CoA hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


butyryl-CoA catabolic process / propionyl-CoA metabolic process / propionyl-CoA catabolic process / medium-chain fatty-acyl-CoA catabolic process / malonyl-CoA catabolic process / Peroxisomal lipid metabolism / coenzyme A diphosphatase activity / coenzyme A catabolic process / acetyl-CoA catabolic process / succinyl-CoA catabolic process ...butyryl-CoA catabolic process / propionyl-CoA metabolic process / propionyl-CoA catabolic process / medium-chain fatty-acyl-CoA catabolic process / malonyl-CoA catabolic process / Peroxisomal lipid metabolism / coenzyme A diphosphatase activity / coenzyme A catabolic process / acetyl-CoA catabolic process / succinyl-CoA catabolic process / nucleoside diphosphate metabolic process / snoRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / peroxisomal matrix / brown fat cell differentiation / Peroxisomal protein import / peroxisome / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NUDIX hydrolase, NudL, conserved site / Nudix CoA signature. / Coenzyme A pyrophosphatase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisomal coenzyme A diphosphatase NUDT7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者Srikannathasan, V. / Nunez, C.A. / Tallant, C. / Siejka, P. / Mathea, S. / Kopec, J. / Elkins, J.M. / Burgess-Brown, N. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Srikannathasan, V. / Nunez, C.A. / Tallant, C. / Siejka, P. / Mathea, S. / Kopec, J. / Elkins, J.M. / Burgess-Brown, N. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / von Delft, F. / Huber, K.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Human Peroxisomal coenzyme A diphosphatase NUDT7
著者: Srikannathasan, V.
履歴
登録2016年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisomal coenzyme A diphosphatase NUDT7
B: Peroxisomal coenzyme A diphosphatase NUDT7
C: Peroxisomal coenzyme A diphosphatase NUDT7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,75013
ポリマ－80,1293
非ポリマー62110
水5,657314
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5290 Å2
ΔGint27 kcal/mol
Surface area30820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.730, 113.730, 108.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Peroxisomal coenzyme A diphosphatase NUDT7 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 7 / Nudix motif 7


分子量: 26709.787 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT7 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P0C024, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 314 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.18 % / 解説: Hexagonal
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.8M Sodium phosphate monobasic, 0.8M pottassium phosphate dibasic, 0.1M HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→56.87 Å / Num. obs: 52595 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 43.37 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0792 / Net I/σ(I): 16.94
反射 シェル解像度: 2.05→2.123 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 1.382 / Mean I/σ(I) obs: 1.71 / CC1/2: 0.583 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1682精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NQZ

1nqz


解像度: 2.03→56.865 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 2680 5.1 %
Rwork0.1774 49915 -
obs0.1798 52595 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.9 Å2 / Biso mean: 51.3431 Å2 / Biso min: 24.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.03→56.865 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5213 0 40 314 5567
Biso mean--64.95 51.21 -
残基数----660
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095371
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0697292
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05832
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006947
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2141964
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.03-2.06690.33771110.272526332744
2.0669-2.10670.31411540.251825732727
2.1067-2.14970.26981220.225726212743
2.1497-2.19640.27441470.218725822729
2.1964-2.24750.25391590.203625912750
2.2475-2.30370.27961530.209325892742
2.3037-2.3660.26831260.20326122738
2.366-2.43560.27811680.196625552723
2.4356-2.51430.24941290.212726292758
2.5143-2.60410.2711330.204426062739
2.6041-2.70840.2961570.211426442801
2.7084-2.83160.21821320.206825982730
2.8316-2.98090.2751150.2126492764
2.9809-3.16770.23781440.211726412785
3.1677-3.41220.2691260.192226382764
3.4122-3.75550.22031390.166826502789
3.7555-4.29880.19151490.146126442793
4.2988-5.41540.16551610.131426792840
5.4154-56.88730.20591550.160127812936
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 44.6932 Å / Origin y: 56.91 Å / Origin z: 40.8533 Å
111213212223313233
T0.3053 Å20.0277 Å20.0461 Å2-0.265 Å20.01 Å2--0.2443 Å2
L0.6452 °2-0.0008 °20.2351 °2-0.7882 °2-0.1716 °2--0.636 °2
S0.0516 Å °0.0726 Å °-0.0102 Å °-0.2178 Å °-0.0367 Å °-0.0952 Å °0.082 Å °0.0855 Å °-0.0107 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA14 - 232
2X-RAY DIFFRACTION1allB14 - 233
3X-RAY DIFFRACTION1allC14 - 234
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 338
5X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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