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- PDB-5t3m: Solution structure of a triple mutant of HwTx-IV - a potent block... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t3m
タイトルSolution structure of a triple mutant of HwTx-IV - a potent blocker of Nav1.7
要素Mu-theraphotoxin-Hs2a
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell presynaptic membrane / ion channel inhibitor activity / sodium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Huwentoxin, conserved site-1 / Huwentoxin-1 family signature. / Huwentoxin-1 family / Ion channel inhibitory toxin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Haplopelma schmidti (クモ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Rahnama, S. / Sharma, G. / Mobli, M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1034958 オーストラリア
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: The structure, dynamics and selectivity profile of a NaV1.7 potency-optimised huwentoxin-IV variant.
著者: Rahnama, S. / Deuis, J.R. / Cardoso, F.C. / Ramanujam, V. / Lewis, R.J. / Rash, L.D. / King, G.F. / Vetter, I. / Mobli, M.
履歴
登録2016年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.52023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.62024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mu-theraphotoxin-Hs2a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0001
ポリマ－4,0001
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area2880 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1lowest energy
詳細Monomer as determined by NMR and mass spectrometry

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Mu-theraphotoxin-Hs2a / Mu-TRTX-Hs2a / Huwentoxin-4 / Huwentoxin-IV / HwTx-IV / Huwentoxin-IVa / HWTX-IVa / Huwentoxin-IVb ...Mu-TRTX-Hs2a / Huwentoxin-4 / Huwentoxin-IV / HwTx-IV / Huwentoxin-IVa / HWTX-IVa / Huwentoxin-IVb / HWTX-IVb / Huwentoxin-IVc / HWTX-IVc


分子量: 3999.777 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 53-87 / 変異: E1G,E4G,Y33W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haplopelma schmidti (クモ) / プラスミド: PLIC-C
詳細 (発現宿主): MBP fusion - periplasmic export sequence
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P83303
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D HBHA(CO)NH
141isotropic13D (H)CCH-TOCSY
151isotropic13D CBCA(CO)NH
1121isotropic13D HN(CA)CB
1111isotropic14D HC(CO)NH
1101isotropic22D 1H-15N HSQC - T1 relaxation
191isotropic22D 1H-15N HSQC - T2 relaxation
181isotropic22D 1H-15N HSQC - NOE
171isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
161isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1131isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 400 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] [m3]-HwTx-IV, 20 mM sodium acetate, 5 % [U-100% 2H] D2O, 95% H2O/5% D2O
詳細: 300 ul sample, added into a susceptibility matched 5 mm NMR cells (Shigemi Inc. Japan), prepared by dissolving 15N/13C-labled m3-HwTx-IV to a final concentration of 400 uM in 20 mM sodium acetate solution, pH 5.
Label: 15N/13C [m3]-HwTx-IV / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
400 uM[m3]-HwTx-IV[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMsodium acetatenatural abundance1
5 %D2O[U-100% 2H]1
試料状態イオン強度: 20 mM / Ionic strength err: 1 / Label: peptide sample / pH: 5 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9001Cryoprobe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7002Cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AnalysisCCPNchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
ROWLAND NMR TOOLKIT3JC Hoch, AS Stern University of Connecticut, Health Centre解析
TALOSnCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2 / 詳細: automated NOE assignments
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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