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万見
- PDB-5t3k: Fluorescence detection of RNA-ligand binding and crystal structur... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t3k
タイトルFluorescence detection of RNA-ligand binding and crystal structure determination of ribosomal decoding site RNA using a heavy atom containing fluorescent ribonucleoside
要素
  • RNA (5'-R(*CP*AP*GP*CP*GP*(75B)P*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*C)-3')
  • RNA (5'-R(*GP*GP*UP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*CP*UP*GP*G)-3')
キーワードRNA / bacterial decoding site RNA
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.142 Å
データ登録者Hermann, T. / Boerneke, M.A.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: Structure of the Ribosomal RNA Decoding Site Containing a Selenium-Modified Responsive Fluorescent Ribonucleoside Probe.
著者: Nuthanakanti, A. / Boerneke, M.A. / Hermann, T. / Srivatsan, S.G.
履歴
登録2016年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*CP*UP*GP*G)-3')
B: RNA (5'-R(*CP*AP*GP*CP*GP*(75B)P*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*C)-3')
C: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*CP*UP*GP*G)-3')
D: RNA (5'-R(*CP*AP*GP*CP*GP*(75B)P*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,64214
ポリマ－21,3994
非ポリマー24310
水1,08160
1
A: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*CP*UP*GP*G)-3')
B: RNA (5'-R(*CP*AP*GP*CP*GP*(75B)P*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7976
ポリマ－10,6992
非ポリマー974
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area6120 Å2
手法PISA
2
C: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*CP*UP*GP*G)-3')
D: RNA (5'-R(*CP*AP*GP*CP*GP*(75B)P*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8458
ポリマ－10,6992
非ポリマー1466
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area6240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.553, 86.956, 32.564
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*GP*GP*UP*GP*GP*UP*GP*AP*AP*GP*UP*CP*GP*CP*UP*GP*G)-3')


分子量: 5555.333 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*AP*GP*CP*GP*(75B)P*CP*AP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*CP*C)-3')


分子量: 5144.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.93 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2mM RNA, 2.40-2.55M ammonium sulfate, 10mM magnesium acetate, 40mM2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) buffer, pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2015年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→26.02 Å / Num. obs: 7483 / % possible obs: 77.6 % / 冗長度: 2.9 % / Net I/σ(I): 11.32
反射 シェル解像度: 2.14→2.22 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.25 / % possible all: 46.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2313精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.142→26.02 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2465 726 9.7 %
Rwork0.1974 --
obs0.2028 7483 77.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.142→26.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1408 10 60 1478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071572
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3662444
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.892816
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00968
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1424-2.30770.4037850.3191816X-RAY DIFFRACTION47
2.3077-2.53980.30351490.25971298X-RAY DIFFRACTION76
2.5398-2.90690.3481510.26421538X-RAY DIFFRACTION86
2.9069-3.66080.26591630.19911548X-RAY DIFFRACTION89
3.6608-26.02230.17921780.14551557X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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