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- PDB-5t2v: Crystal structure of MSMEG_6753 a putative betaketoacyl-ACP reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t2v
タイトルCrystal structure of MSMEG_6753 a putative betaketoacyl-ACP reductase
要素Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / FabG / mycobacterium / fatty acids
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / quinone binding / fatty acid biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Blaise, M. / Van Wyk, N. / Baneres-Roquet, F. / Guerardel, Y. / Kremer, L.
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2017
タイトル: Binding of NADP(+) triggers an open-to-closed transition in a mycobacterial FabG beta-ketoacyl-ACP reductase.
著者: Blaise, M. / Van Wyk, N. / Baneres-Roquet, F. / Guerardel, Y. / Kremer, L.
履歴
登録2016年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 2.02024年1月17日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI ..._atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6292
ポリマ－25,6041
非ポリマー241
水3,603200
1
A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
ヘテロ分子

A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
ヘテロ分子

A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
ヘテロ分子

A: Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,5158
ポリマ－102,4184
非ポリマー974
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_865-x+3,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_855-x+3,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area12730 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area33840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.930, 75.500, 77.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

MG

21A-453-

HOH

31A-595-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family protein / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR


分子量: 25604.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_6753, MSMEI_6571 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0R723
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Hepes-Na pH 7.5, 30% peg400, 0.2M magnesium chloride hexahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→19.9 Å / Num. obs: 17367 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / Rrim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 11.27
反射 シェル解像度: 1.9→1.968 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / Rrim(I) all: 0.821 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BNU

4bnu


解像度: 1.9→19.9 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1906 1759 10.13 %
Rwork0.1606 --
obs0.1637 17361 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1724 0 1 200 1925
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041752
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6182389
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.187604
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004321
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9001-1.95140.29021370.24031173X-RAY DIFFRACTION100
1.9514-2.00880.27781320.22151182X-RAY DIFFRACTION100
2.0088-2.07360.27981340.2151172X-RAY DIFFRACTION100
2.0736-2.14760.2181310.17871194X-RAY DIFFRACTION100
2.1476-2.23350.2071320.17121196X-RAY DIFFRACTION100
2.2335-2.3350.22741330.1681195X-RAY DIFFRACTION100
2.335-2.45790.23031220.15821197X-RAY DIFFRACTION100
2.4579-2.61160.20891410.16731189X-RAY DIFFRACTION100
2.6116-2.81270.20311380.16011188X-RAY DIFFRACTION100
2.8127-3.09480.16761260.16151211X-RAY DIFFRACTION100
3.0948-3.54050.15731450.13811197X-RAY DIFFRACTION100
3.5405-4.45240.15021440.1381222X-RAY DIFFRACTION100
4.4524-19.93780.17641440.15151286X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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