PDB-5t1p: Crystal structure of the putative periplasmic solute-binding prot...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t1p

タイトル

Crystal structure of the putative periplasmic solute-binding protein from Campylobacter jejuni

要素

ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

キーワード

HYDROLASE / cell envelope / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

L-ALPHA-GLYCEROPHOSPHORYLETHANOLAMINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / :

機能・相同性情報

生物種

Campylobacter jejuni BJ-CJGB96299 (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Wawrzsak, Z. / Sandoval, J. / Skarina, T. / Grimshaw, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the putative periplasmic solute-binding protein from Campylobacter jejuni
著者: Filippova, E.V. / Wawrzsak, Z. / Sandoval, J. / Skarina, T. / Grimshaw, S. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2016年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5t1p.cif.gz	1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5t1p.ent.gz	876.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t1p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5t1p_validation.pdf.gz	530.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5t1p_full_validation.pdf.gz	547.8 KB	表示
XML形式データ	5t1p_validation.xml.gz	106.5 KB	表示
CIF形式データ	5t1p_validation.cif.gz	153.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/5t1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/5t1p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6f3e-2 5kx8-3 5yv9-d 3pp1-d 4rmz-2 6o94-4 4z9m-7 5t1t-1 6n8g-3 4y73-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-idp01937

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

その他のデータベース

TargetTrack: CSGID-idp01937

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

B: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

C: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

D: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

E: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

F: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

G: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

H: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

ヘテロ分子

312 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

5

E: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

6

F: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

7

G: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

8

H: ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.190, 89.276, 100.394
Angle α, β, γ (deg.)	68.88, 82.52, 70.66
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein 分子量: 38707.344 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni BJ-CJGB96299 (カンピロバクター) 遺伝子: K680_1691 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: A0A0W8LFT3

#1: タンパク質

ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein

分子量: 38707.344 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Campylobacter jejuni BJ-CJGB96299 (カンピロバクター)
遺伝子: K680_1691 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic / 参照: UniProt: A0A0W8LFT3

-
非ポリマー , 5種, 1631分子

#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 化合物	ChemComp-GPE / L-ALPHA-GLYCEROPHOSPHORYLETHANOLAMINE / プラスメニルエタノ-ルアミン分子量: 215.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₄NO₆P
#4: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 25% P3350, 0.1M B-Tris pH 6.5, MgSulphate 1mM

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月14日 / 詳細: beryllium lenses
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. obs: 167225 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 11.8 % / CC_1/2: 0.9 / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 21.8
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 11.5 % / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 9.061 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.175 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22393	8289	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17571	-	-	-
obs	0.17815	155567	95.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.194 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.17 Å²	0.2 Å²	-0.19 Å²
2-	-	0.36 Å²	-0.13 Å²
3-	-	-	-0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20409	0	115	1619	22143

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	21157
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	20461
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.73	1.956	28688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.924	3	47189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.933	5	2651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.267	25.825	939
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.553	15	3643
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.183	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	3161
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	24027
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4589
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.845	1.286	10561
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.844	1.285	10558
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.405	1.92	13225
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.405	1.92	13226
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.01	1.42	10596
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.008	1.42	10596
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.646	2.067	15464
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.07	16.095	25090
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.07	16.096	25091
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.995→2.047 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	461	-
R_work	0.22	9001	-
obs	-	-	74.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6028	0.0402	-0.7679	1.9835	0.2072	1.2108	-0.1854	0.0168	-0.3619	0.0532	0.0744	-0.0891	0.255	0.1592	0.111	0.169	0.029	0.0158	0.0351	0.025	0.17	66.334	1.0449	33.3618
2	1.9203	-0.0122	-0.279	0.915	0.3146	1.1816	-0.0967	0.0009	0.0474	0.0727	0.0207	0.0444	0.0137	-0.0958	0.076	0.1146	-0.0156	-0.0072	0.0183	0.0139	0.0948	48.8709	13.8256	37.6542
3	2.8999	-0.2965	-0.3091	0.8003	0.2978	1.4342	-0.1243	0.1807	-0.3756	0.0502	0.0262	-0.0275	0.2636	-0.0588	0.0981	0.1845	-0.0447	0.0343	0.0283	-0.0057	0.1794	53.3405	1.6419	31.5358
4	2.5823	1.3215	0.0197	3.0134	0.7519	2.4658	-0.1536	0.0366	-0.0151	-0.0988	0.0555	-0.0462	-0.086	-0.1147	0.0981	0.0563	0.0108	-0.02	0.0191	0.0179	0.102	45.1405	17.2743	35.0754
5	3.0042	0.8644	-0.0882	2.1059	0.6347	2.2742	-0.0441	-0.1017	-0.3149	0.0036	0.1272	-0.2518	0.218	0.6791	-0.0831	0.1421	0.078	0.015	0.2286	0.03	0.131	75.1087	28.58	-12.6548
6	1.6319	-0.0017	-0.0031	0.9505	0.8362	3.1556	-0.0318	-0.0596	0.0445	0.0186	-0.058	0.0329	0.006	-0.1057	0.0898	0.1142	-0.0113	0.0061	0.0241	0.0363	0.1145	58.1484	35.001	-8.7502
7	3.5739	-3.1352	-5.3003	3.326	3.9015	8.8447	-0.2093	0.0177	-0.1334	0.0752	0.0254	0.118	0.4169	-0.0613	0.1839	0.1606	-0.0892	-0.0276	0.0569	0.0469	0.2065	50.8359	16.7479	-13.073
8	1.6186	1.056	1.4212	3.1033	1.8129	4.2197	-0.1297	0.0527	0.2529	-0.1331	-0.0556	-0.0892	-0.6427	-0.1896	0.1853	0.179	0.0432	-0.0212	0.0285	0.0439	0.1922	54.6098	45.289	-9.9901
9	3.2771	0.8663	-0.6322	2.7085	0.1731	1.221	0.1195	-0.3051	0.0541	0.1896	-0.2882	0.2719	0.2134	-0.3099	0.1686	0.1014	-0.0564	0.0107	0.2179	-0.0926	0.0838	64.2416	13.4291	63.6368
10	1.4518	0.054	-0.4186	1.288	1.1596	3.2381	0.0165	0.0677	0.125	-0.0672	-0.0384	-0.1084	0.0368	-0.1003	0.0219	0.0571	0.0313	-0.014	0.0628	0.0065	0.0613	83.1425	17.9175	51.7931
11	3.1343	0.0743	-0.4684	1.4002	0.8283	2.4447	0.0796	-0.3924	-0.0736	0.2139	-0.1777	-0.0081	0.3561	-0.2139	0.0981	0.1112	-0.0298	-0.0251	0.1103	-0.0124	0.0361	77.3024	12.6359	65.2787
12	2.3326	-0.8434	1.7718	2.4745	-0.2883	4.2284	-0.0808	-0.1377	0.0495	0.0896	0.1526	0.0461	-0.1804	0.0249	-0.0718	0.0104	0.0017	0.0035	0.0258	0.0164	0.0619	84.0201	22.5294	53.201
13	3.2689	0.5142	-0.5063	1.323	-0.556	1.486	-0.0435	0.1995	-0.2126	-0.0093	0.0752	0.0438	0.0111	-0.2115	-0.0317	0.0755	-0.0311	0.001	0.0484	0.0075	0.0846	71.995	39.8617	18.9062
14	3.011	0.0477	-0.4137	0.6776	-0.0223	1.2882	-0.0063	0.311	-0.1316	-0.0924	-0.0059	-0.0355	0.0483	0.0292	0.0122	0.1132	-0.0371	0.0076	0.0596	0.0084	0.0886	88.6508	42.682	11.4276
15	7.2289	-4.4407	-6.5767	11.0904	-1.347	9.4543	-0.4565	-0.4252	-0.0457	0.1039	0.3004	-0.1513	0.5254	0.3699	0.1561	0.1168	0.0337	-0.1004	0.2808	-0.0558	0.2195	96.366	31.2758	27.3195
16	4.2661	-1.3803	1.8111	2.822	-0.4889	3.8886	0.0198	0.5287	0.2546	-0.0655	-0.1073	0.0109	-0.3209	0.081	0.0875	0.093	-0.0158	0.0219	0.1189	0.0738	0.1194	92.2616	51.1737	6.7387
17	2.0946	-0.1823	-1.1593	1.1519	0.2537	4.6771	-0.0255	-0.3582	-0.1385	0.0436	-0.0467	-0.0272	0.0452	0.0776	0.0722	0.087	0.0058	0.0091	0.0879	0.0598	0.0718	100.1617	57.0798	49.8833
18	2.2121	-0.7463	-0.1026	1.6732	0.1199	1.9646	0.1442	0.147	-0.0173	-0.0589	-0.0066	-0.0382	-0.0231	0.1965	-0.1376	0.1058	-0.0077	0.0086	0.0361	-0.0019	0.1377	118.8567	45.44	23.7919
19	1.6316	-0.4283	-1.116	0.8951	1.0788	2.6399	0.088	-0.0456	0.0219	-0.1216	-0.0288	-0.0397	-0.2298	-0.1005	-0.0592	0.1516	0.0012	0.0242	0.0287	0.0488	0.1364	105.8732	56.9966	32.8941
20	9.2213	-0.5064	-5.234	1.2642	-0.8683	5.0663	0.0901	-0.288	-0.1838	0.2423	-0.0237	-0.0187	-0.2102	0.2397	-0.0664	0.1115	-0.0026	-0.0471	0.0149	0.0077	0.101	123.3895	38.8613	36.4619
21	1.146	0.1105	0.7669	1.7328	1.1618	4.4109	0.0587	0.1253	-0.1327	-0.0005	-0.0911	0.1236	0.1291	-0.114	0.0325	0.0535	-0.0336	0.0142	0.0535	-0.0362	0.0995	59.9139	56.0295	45.824
22	2.8767	0.5561	-0.1706	1.7613	0.2603	3.0364	0.1149	-0.1585	0.0627	0.1204	-0.0331	0.1713	-0.0098	-0.4833	-0.0817	0.0147	-0.0048	0.0238	0.2255	-0.003	0.0518	41.252	62.6879	73.5325
23	1.173	-0.1415	-0.5377	0.6048	0.0567	2.5758	0.0642	0.0694	0.0358	0.0007	0.0288	0.0518	-0.33	-0.244	-0.093	0.0773	-0.0023	0.0254	0.0589	0.0037	0.0769	53.7387	66.636	59.1254
24	11.4279	-3.2222	-3.5496	2.1622	1.7774	2.6631	-0.008	0.0462	-0.5652	-0.1782	-0.0588	0.1001	0.194	-0.3705	0.0668	0.1161	-0.0935	-0.0037	0.1186	0.0267	0.1064	37.995	49.1811	68.1761
25	2.3916	-0.6736	0.738	1.3775	0.4918	3.5041	0.0268	-0.31	0.2045	0.1	-0.1595	-0.0562	0.1146	-0.721	0.1326	0.015	-0.0322	0.0116	0.172	-0.0368	0.0345	78.8623	-3.1654	2.2703
26	3.2806	-1.2691	-0.9719	1.6312	1.6186	3.2822	0.2879	0.4923	0.1025	-0.1829	-0.1662	-0.1476	-0.0544	-0.0964	-0.1217	0.1258	0.0491	0.0298	0.0948	0.0582	0.1132	96.3786	-13.1694	-23.6133
27	3.156	-0.8378	-0.997	1.0452	1.421	2.7963	0.3475	0.2009	0.4807	-0.3015	-0.2816	-0.1155	-0.3775	-0.4419	-0.066	0.1745	0.0706	0.0525	0.0954	0.0615	0.1816	85.422	-1.4141	-13.7974
28	5.4422	-1.9106	-0.422	2.818	0.7234	2.5697	-0.005	0.1591	-0.0974	0.2667	-0.0957	0.0097	0.0753	-0.2024	0.1007	0.0771	-0.0066	-0.007	0.0189	-0.0098	0.0066	92.9476	-15.4427	-16.1847
29	3.5296	-0.5524	0.2363	3.0444	0.1916	2.7615	0.3072	1.3256	-0.4536	-0.1371	-0.3169	0.3325	0.1037	0.0446	0.0096	0.0773	0.0037	-0.0042	0.8427	-0.3265	0.1498	36.4042	-3.5115	-5.7656
30	2.7766	-0.015	0.082	0.7484	0.1423	1.5723	0.0171	0.1844	-0.0439	0.0296	0.0977	0.0514	-0.041	-0.0398	-0.1149	0.0846	-0.0772	0.0191	0.1398	-0.0563	0.12	24.7059	2.2898	18.4596
31	3.5562	-0.7581	-0.9255	0.7258	0.1235	2.7492	-0.0182	0.8155	-0.1715	-0.078	0.001	0.0924	-0.0963	0.0524	0.0173	0.0907	-0.0927	0.0107	0.3517	-0.1213	0.1821	31.1202	2.5701	8.6292
32	3.3129	0.0551	0.0318	0.1467	0.0437	1.6318	0.0175	0.5184	-0.195	0.0136	0.0711	-0.0498	0.0014	0.2074	-0.0886	0.0569	-0.0543	0.0432	0.1982	-0.1126	0.0729	32.2166	0.7317	12.7742

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	22 - 80
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	81 - 236
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	237 - 304
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	305 - 348
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	22 - 97
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	98 - 301
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	302 - 309
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	310 - 347
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	23 - 104
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	105 - 234
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	235 - 302
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	303 - 348
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	20 - 99
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	100 - 301
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	302 - 308
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	309 - 347
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	22 - 132
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	133 - 205
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	206 - 323
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	324 - 347
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	21 - 131
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	132 - 205
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	206 - 322
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	323 - 347
25	X-RAY DIFFRACTION	25	G	22 - 127
26	X-RAY DIFFRACTION	26	G	128 - 205
27	X-RAY DIFFRACTION	27	G	206 - 305
28	X-RAY DIFFRACTION	28	G	306 - 347
29	X-RAY DIFFRACTION	29	H	21 - 102
30	X-RAY DIFFRACTION	30	H	103 - 236
31	X-RAY DIFFRACTION	31	H	237 - 268
32	X-RAY DIFFRACTION	32	H	269 - 347

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

-
非ポリマー , 5種, 1631分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

-非ポリマー , 5種, 1631分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

-
非ポリマー , 5種, 1631分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)