[日本語] English
万見
- PDB-5t1d: Crystal structure of EBV gHgL/gp42/E1D1 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t1d
タイトルCrystal structure of EBV gHgL/gp42/E1D1 complex
要素
  • (Envelope glycoprotein ...) x 2
  • E1D1 IgG2a heavy chain
  • E1D1 IgG2a light chain
  • Glycoprotein 42
キーワードVIRAL PROTEIN / receptor binding / herpesvirus entry / Epstein-Barr Virus / membrane fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endosome membrane / carbohydrate binding / host cell Golgi apparatus / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Viral glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H, domain D-II / SAND domain / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type superfamily / Viral glycoprotein L / Envelope glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal ...Viral glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H, domain D-II / SAND domain / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type superfamily / Viral glycoprotein L / Envelope glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H main domain / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain / Naphthalene 1,2-dioxygenase Alpha Subunit; Chain A, domain 1 / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Immunoglobulins / Roll / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein L / Envelope glycoprotein H / Glycoprotein 42
類似検索 - 構成要素
生物種Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Sathiyamoorthy, K. / Jardetzky, T.S.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI119480 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI076183 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA117794 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis for Epstein-Barr virus host cell tropism mediated by gp42 and gHgL entry glycoproteins.
著者: Sathiyamoorthy, K. / Hu, Y.X. / Mohl, B.S. / Chen, J. / Longnecker, R. / Jardetzky, T.S.
履歴
登録2016年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月4日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein H
B: Envelope glycoprotein L
C: Glycoprotein 42
H: E1D1 IgG2a heavy chain
L: E1D1 IgG2a light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,3777
ポリマ－153,5285
非ポリマー8492
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.510, 166.000, 272.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

-
Envelope glycoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein H / gH


分子量: 72600.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Epstein-Barr virus (strain B95-8) (ヘルペスウイルス)
株: B95-8 / 遺伝子: gH, BXLF2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P03231
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein L / gL


分子量: 12475.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Epstein-Barr virus (strain B95-8) (ヘルペスウイルス)
株: B95-8 / 遺伝子: gL, BKRF2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P03212

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#4: 抗体 E1D1 IgG2a heavy chain


分子量: 22839.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: E1D1 hybridoma
#5: 抗体 E1D1 IgG2a light chain


分子量: 23986.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: E1D1 hybridoma

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 C

#3: タンパク質 Glycoprotein 42 / gp42


分子量: 21626.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Epstein-Barr virus (strain GD1) (ヘルペスウイルス)
株: GD1 / 遺伝子: BZLF2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0C6Z5
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.33 %
解説: Slender rod-shaped crystals, initial crystals in PEG 3350 and different citrates resembles the pattern of a cracked tree bark slab
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris pH 8.0, 0.18 M Potassium Citrate, 12 % PEG 6000
Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryostream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月29日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.901→46.11 Å / Num. obs: 53195 / % possible obs: 99.83 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 77.97 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1232 / Net I/σ(I): 12.21
反射 シェル解像度: 2.901→3.005 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 1.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC1/2: 0.586 / % possible all: 99.05

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.1→46.11 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 1977 4.98 %
Rwork0.2116 --
obs0.2143 39681 90.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→46.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10554 0 56 0 10610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63414823
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7026460
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421693
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041865
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1-3.17750.3738870.30041776X-RAY DIFFRACTION60
3.1775-3.26340.34051070.29031918X-RAY DIFFRACTION66
3.2634-3.35940.29621110.28742189X-RAY DIFFRACTION74
3.3594-3.46780.3041290.26262361X-RAY DIFFRACTION81
3.4678-3.59170.31611350.24282630X-RAY DIFFRACTION89
3.5917-3.73550.29721470.23692866X-RAY DIFFRACTION97
3.7355-3.90540.26671530.22052959X-RAY DIFFRACTION100
3.9054-4.11120.27391570.20752942X-RAY DIFFRACTION100
4.1112-4.36860.26641540.18522955X-RAY DIFFRACTION100
4.3686-4.70550.18281570.16262966X-RAY DIFFRACTION100
4.7055-5.17850.23181600.16612982X-RAY DIFFRACTION100
5.1785-5.92650.29161550.19123003X-RAY DIFFRACTION100
5.9265-7.46170.2551590.22513025X-RAY DIFFRACTION100
7.4617-46.11480.24351660.20113132X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.70761.2941.69544.7356-0.46043.1691-0.0006-0.27530.73720.2458-0.144-0.0584-0.53370.3480.140.2475-0.0973-0.01350.5603-0.28430.8186258.3115219.2246583.7055
22.3553-0.05161.23392.9156-0.70152.4354-0.17920.11030.5802-0.08920.2583-0.164-0.2545-0.14730.03930.2953-0.10420.07560.3066-0.14380.3567232.3644215.557572.1086
33.2835-0.94331.65861.7321-0.76343.22620.13360.27040.2813-0.2170.1644-0.58760.34230.253-0.15760.2186-0.0127-0.01570.2135-0.29780.0517237.8375201.7858572.3379
42.84731.13370.87912.48290.07291.78450.1381-0.14220.316-0.1548-0.00490.00510.11730.0989-0.01120.29710.0234-0.0790.1473-0.0186-0.1101212.3205197.2615562.4824
54.82450.49410.13175.3064-1.37833.83430.3638-0.1548-0.23580.09640.15780.77930.418-0.3707-0.32670.3161-0.0607-0.07990.10880.01450.2831193.2977183.2445561.0652
62.7135-0.22630.30436.3057-1.41524.93680.5779-0.84120.3445-0.24680.05031.2824-0.1634-0.3136-0.48570.3013-0.0579-0.15770.9652-0.57191.0741267.0212222.591592.4005
76.72484.59372.32775.1103-0.43592.88630.0231-0.18550.21830.275-0.44750.1811-0.37460.7170.23750.3756-0.2213-0.06011.0158-0.24981.0308270.5029223.7532582.1274
89.2148-0.22562.64495.5092-3.69781.99990.5239-2.1102-1.87580.30760.55920.88360.6514-1.5813-0.940.5823-0.30550.12231.4523-0.03870.9227276.8099214.8151577.6721
97.6483.01114.02153.98471.2076.5642-0.4175-0.90570.9802-0.08080.10970.2651-0.8313-0.2130.59140.2221-0.14040.01910.8891-0.49120.8157272.6078225.9974590.9327
100.45920.112-0.58247.0902-0.2643.1989-0.1868-0.12720.0864-0.26140.3966-0.06150.0316-0.17680.83630.1836-0.0771-0.0280.4781-0.45120.8408257.5328222.7929581.0439
110.1874-0.6228-0.52354.94644.70994.532-0.56620.45940.573-1.14980.9968-0.2836-0.96710.0154-0.36970.5397-0.0405-0.00070.8136-0.02190.7289259.6979227.9183572.2472
122.4803-2.09420.33851.8374-0.02411.03840.27240.53931.1539-0.19410.186-0.1969-0.07420.0938-0.06030.28390.16990.03821.0970.03620.6053264.0761216.5985573.2057
132.8668-1.06744.00722.4033-2.32635.94340.63651.8275-2.0762-0.4975-0.1459-0.13270.93060.2207-0.54920.44070.1042-0.05721.0442-0.65291.2096270.5066204.9286579.4915
146.74174.67513.78795.9951-1.6798.84980.6198-0.1586-0.7289-0.2440.16390.84150.6813-1.2355-0.68530.3559-0.1297-0.03420.8059-0.08541.2305278.0447210.0165593.4944
153.68080.53613.47442.81411.64665.3146-0.3085-0.89330.6363-0.1645-0.1270.6562-0.7836-0.72990.46410.3024-0.00980.2290.3416-0.06130.3589207.9489212.6684571.1564
160.6651-1.30910.01643.86-1.59251.87580.1109-0.1208-0.41752.2955-0.00230.44820.4428-0.1422-0.04751.0357-0.14910.03150.7035-0.06740.5157229.4309170.5623595.2656
174.48440.37530.30075.59391.82283.7278-0.0701-0.058-0.43811.24670.4902-0.38080.23250.5469-0.33480.84660.0657-0.14040.4818-0.09510.3524233.3295167.2382589.0704
182.8501-1.51740.32072.90120.33590.2033-0.1198-0.87460.18891.12560.2509-0.70.22890.1484-0.06050.71970.0095-0.17180.5715-0.05950.2455235.958175.0878585.476
193.50110.22960.8012.14750.19020.7016-0.1634-1.31910.6750.2354-0.60520.8777-0.2028-0.10720.63140.2552-0.13940.08011.0505-0.39110.7662288.5635228.6863605.6009
204.32070.0195-1.32252.57090.03270.4060.9451-2.4236-1.02960.6034-0.37420.27990.5306-0.019-0.4680.5283-0.3566-0.00031.4478-0.00040.8513288.6735218.5605607.9869
215.1490.0082-2.5325.37462.98635.81550.4282-3.0240.5471-0.0831-0.4538-0.10540.09090.14130.07330.7279-0.2950.04581.6689-0.33920.5264285.6024223.8409613.2476
221.15490.28921.1490.89870.67571.29910.4447-1.1608-0.37830.5363-0.48140.00340.4278-1.21260.04740.532-0.20520.0850.9479-0.08240.3465300.6995228.2179610.5204
238.5431.66657.7568.43192.06157.0793-0.09160.7794-1.6756-0.52040.3945-3.3183-0.0121.984-0.00030.6374-0.14740.28280.4451-0.04331.5394340.3105231.5569603.5729
245.9422-2.05040.15534.6331.54942.04640.19980.23070.3589-0.16330.0209-0.8045-0.4618-0.414-0.18650.39310.14320.09960.0346-0.06750.4239320.6474234.8231606.8908
257.4104-0.5486-0.99551.77063.23265.87760.1902-0.53740.7761-0.46430.2166-0.8323-1.04590.9127-0.41560.4537-0.05650.13730.29650.01990.8682328.6977242.2564604.5167
263.2617-0.86781.8251.11190.51853.34850.9516-0.3399-1.05780.01020.36810.27110.9327-0.0815-0.05510.3264-0.1187-0.34330.3479-0.05540.7965305.863209.8574592.1773
276.7835-4.5431-4.92856.252-0.68718.5411.36590.6507-3.49270.2713-0.64160.77650.9356-1.5264-0.84940.5472-0.1082-0.15110.90760.21371.1227288.4805202.5452596.3608
281.69630.39031.09993.17493.16564.33640.3688-0.0616-0.2161-0.5541-0.23170.4745-0.0652-0.52820.06480.1253-0.1494-0.12130.32-0.29710.3417297.3363219.4331593.6838
291.5146-0.6048-0.38071.70240.44450.53240.3849-0.2684-0.75650.0246-0.22970.1190.3617-0.1887-0.20350.3541-0.1348-0.00220.28050.01280.7923294.3396211.5402586.4319
304.37960.44952.02564.17460.01414.84380.5897-0.5993-0.81550.07940.18810.35211.2004-1.2294-0.21830.1885-0.2305-0.20460.5918-0.04920.521298.1661214.2756594.2927
311.91320.24610.15261.308-0.93552.7633-0.2173-0.42230.05110.14530.1869-0.1758-0.2859-0.02440.02730.12190.0652-0.12870.3089-0.31580.5564325.7742225.3611603.5974
326.8355-0.5023.37994.0784-0.10645.87570.0362-0.8124-1.39630.97020.6022-0.04440.4794-0.4119-0.59960.2990.0387-0.05470.2637-0.04410.5731328.4453219.041607.0896
335.5042-1.23083.16134.8984-2.33916.87650.7969-0.54090.10760.06840.29650.8033-0.2065-0.3701-0.96250.2786-0.00720.17340.1515-0.1180.7405320.0654222.9753601.365
344.2306-1.271-2.87334.96562.20262.3542-0.1519-1.086-0.47651.21690.6528-0.38040.55990.9674-0.53760.53970.2883-0.13410.3177-0.01710.7642333.8668221.1168611.9672
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 20 through 82 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 166 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 167 through 334 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 335 through 514 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 515 through 674 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 27 through 47 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 48 through 52 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 53 through 57 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 58 through 77 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 78 through 102 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 103 through 111 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 112 through 117 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 118 through 127 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 128 through 135 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 43 through 79 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 80 through 109 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 110 through 183 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 184 through 219 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'H' and (resid 1 through 39 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 40 through 59 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 60 through 83 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 84 through 125 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'H' and (resid 126 through 136 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'H' and (resid 137 through 182 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'H' and (resid 183 through 213 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'L' and (resid 1 through 22 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'L' and (resid 23 through 37 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'L' and (resid 38 through 53 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'L' and (resid 54 through 80 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'L' and (resid 81 through 105 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'L' and (resid 106 through 134 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'L' and (resid 135 through 160 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'L' and (resid 161 through 178 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'L' and (resid 179 through 217 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る