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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5szs | |||||||||
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タイトル | Glycan shield and epitope masking of a coronavirus spike protein observed by cryo-electron microscopy | |||||||||
要素 | Spike glycoprotein | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / coronavirus / viral fusion protein / vaccine / NL63 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human coronavirus NL63 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Walls, A.C. / Tortorici, M.A. / Frenz, B. / Snijder, J. / Li, W. / Rey, F.A. / DiMaio, F. / Bosch, B.J. / Veesler, D. | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2016 タイトル: Glycan shield and epitope masking of a coronavirus spike protein observed by cryo-electron microscopy. 著者: Alexandra C Walls / M Alejandra Tortorici / Brandon Frenz / Joost Snijder / Wentao Li / Félix A Rey / Frank DiMaio / Berend-Jan Bosch / David Veesler / 要旨: The threat of a major coronavirus pandemic urges the development of strategies to combat these pathogens. Human coronavirus NL63 (HCoV-NL63) is an α-coronavirus that can cause severe lower- ...The threat of a major coronavirus pandemic urges the development of strategies to combat these pathogens. Human coronavirus NL63 (HCoV-NL63) is an α-coronavirus that can cause severe lower-respiratory-tract infections requiring hospitalization. We report here the 3.4-Å-resolution cryo-EM reconstruction of the HCoV-NL63 coronavirus spike glycoprotein trimer, which mediates entry into host cells and is the main target of neutralizing antibodies during infection. The map resolves the extensive glycan shield obstructing the protein surface and, in combination with mass spectrometry, provides a structural framework to understand the accessibility to antibodies. The structure reveals the complete architecture of the fusion machinery including the triggering loop and the C-terminal domains, which contribute to anchoring the trimer to the viral membrane. Our data further suggest that HCoV-NL63 and other coronaviruses use molecular trickery, based on epitope masking with glycans and activating conformational changes, to evade the immune system of infected hosts. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5szs.cif.gz | 753.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5szs.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5szs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5szs_validation.pdf.gz | 4.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5szs_full_validation.pdf.gz | 4.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5szs_validation.xml.gz | 113.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5szs_validation.cif.gz | 166.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/5szs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/5szs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 146813.984 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human coronavirus NL63 (ウイルス) 遺伝子: S, 2 / 細胞株 (発現宿主): Schneider 2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: Q6Q1S2 |
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-糖 , 8種, 84分子
#2: 多糖 | #3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | #6: 多糖 | #7: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #8: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #9: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human coronavirus NL63 spike glycoprotein ectodomain タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||
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分子量 | 値: 0.45 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Human coronavirus NL63 (ウイルス) | ||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 細胞: Schneider 2 / プラスミド: pMT-BiP-V5-His | ||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||
試料支持 | 詳細: 20 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Protochips C-flat 1.2/1.3 | ||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | サンプリングサイズ: 5 µm / 動画フレーム数/画像: 50 / 利用したフレーム数/画像: 1-50 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 474000 | ||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 79667 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 3.4 Å |