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- PDB-5sze: Crystal structure of Aquifex aeolicus Hfq-RNA complex at 1.5A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5sze
タイトルCrystal structure of Aquifex aeolicus Hfq-RNA complex at 1.5A
要素
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*U)-3')
  • RNA-binding protein Hfq
キーワードRNA-binding protein/RNA / Hfq / Aquifex / RNA-binding / RNA-binding protein-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation, ncRNA-mediated / regulation of RNA stability / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / SH3 type barrels. - #100 / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / RNA / RNA-binding protein Hfq
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Stanek, K. / Patterson, J. / Randolph, P.S. / Mura, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-135095 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Crystal structure and RNA-binding properties of an Hfq homolog from the deep-branching Aquificae: conservation of the lateral RNA-binding mode.
著者: Stanek, K.A. / Patterson-West, J. / Randolph, P.S. / Mura, C.
履歴
登録2016年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-binding protein Hfq
C: RNA (5'-R(P*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5144
ポリマ－11,2902
非ポリマー2242
水64936
1
A: RNA-binding protein Hfq
C: RNA (5'-R(P*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子

A: RNA-binding protein Hfq
C: RNA (5'-R(P*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子

A: RNA-binding protein Hfq
C: RNA (5'-R(P*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子

A: RNA-binding protein Hfq
C: RNA (5'-R(P*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子

A: RNA-binding protein Hfq
C: RNA (5'-R(P*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子

A: RNA-binding protein Hfq
C: RNA (5'-R(P*UP*UP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,08624
ポリマ－67,74012
非ポリマー1,34612
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
2
A: RNA-binding protein Hfq
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,33418
ポリマ－56,9886
非ポリマー1,34612
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation5_555y,-x+y,z1
crystal symmetry operation6_555x-y,x,z1
Buried area14650 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area21440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.190, 66.190, 34.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number168
Space group name H-MP6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-211-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 RNA-binding protein Hfq


分子量: 9497.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: hfq, aq_108, aq_108B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66512
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*U)-3')


分子量: 1792.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: sodium cacodylate, PEG 8000, MPD, guanidinium

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9195 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9195 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→34.21 Å / Num. obs: 13177 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 12.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10-2155_1309: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U1S

1u1s


解像度: 1.5→34.21 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.172 662 5.03 %
Rwork0.1441 --
obs0.1457 13171 94.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→34.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数590 43 15 36 684
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005668
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.754904
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.301401
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05107
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004104
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5003-1.61620.20951260.13432466X-RAY DIFFRACTION94
1.6162-1.77880.19711410.12192460X-RAY DIFFRACTION95
1.7788-2.03620.15491570.11982474X-RAY DIFFRACTION95
2.0362-2.56520.16851210.14092569X-RAY DIFFRACTION97
2.5652-34.21890.17061170.15812540X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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