PDB-5szd: Crystal structure of Aquifex aeolicus Hfq at 1.5A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5szd

タイトル

Crystal structure of Aquifex aeolicus Hfq at 1.5A

要素

RNA-binding protein Hfq

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Hfq / Aquifex / RNA-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of translation, ncRNA-mediated / regulation of RNA stability / regulation of DNA-templated transcription / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aquifex aeolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.494 Å

データ登録者

Stanek, K. / Patterson, J. / Randolph, P.S. / Mura, C.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Crystal structure and RNA-binding properties of an Hfq homolog from the deep-branching Aquificae: conservation of the lateral RNA-binding mode.
著者: Stanek, K.A. / Patterson-West, J. / Randolph, P.S. / Mura, C.

履歴

登録	2016年8月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5szd.cif.gz	398 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5szd.ent.gz	331.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5szd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5szd_validation.pdf.gz	568.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5szd_full_validation.pdf.gz	576.4 KB	表示
XML形式データ	5szd_validation.xml.gz	34.4 KB	表示
CIF形式データ	5szd_validation.cif.gz	51.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/5szd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/5szd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5szeC 1u1sS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wv6-1 3efx-2 4y91-1 4j5y-d 2wv6-2 4mmk-2 5eld-d 6hmw-2 5elc-2 5ele-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA-binding protein Hfq

B: RNA-binding protein Hfq

C: RNA-binding protein Hfq

D: RNA-binding protein Hfq

E: RNA-binding protein Hfq

F: RNA-binding protein Hfq

G: RNA-binding protein Hfq

H: RNA-binding protein Hfq

I: RNA-binding protein Hfq

J: RNA-binding protein Hfq

K: RNA-binding protein Hfq

L: RNA-binding protein Hfq

ヘテロ分子

118 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA-binding protein Hfq

B: RNA-binding protein Hfq

C: RNA-binding protein Hfq

D: RNA-binding protein Hfq

E: RNA-binding protein Hfq

F: RNA-binding protein Hfq

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
58.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: RNA-binding protein Hfq

H: RNA-binding protein Hfq

I: RNA-binding protein Hfq

J: RNA-binding protein Hfq

K: RNA-binding protein Hfq

L: RNA-binding protein Hfq

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
59.3 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.460, 66.060, 66.100
Angle α, β, γ (deg.)	60.05, 83.94, 77.17
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	RNA-binding protein Hfq 分子量: 9497.957 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア) 株: VF5 / 遺伝子: hfq, aq_108, aq_108B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O66512

-
非ポリマー , 6種, 457分子

#2: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン分子量: 59.070 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₅N₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.12 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: sodium cacodylate, PEG 8000, MPD, 0.1 M hexamminecobalt(III) chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→57.27 Å / Num. obs: 138120 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 2.2 % / Net I/σ(I): 14

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10-2155_1309: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1U1S

1u1s

解像度: 1.494→46.351 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 15.99

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1696	10625	7.69 %
R_work	0.1323	-	-
obs	0.1351	138105	93.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.494→46.351 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7006	0	267	413	7686

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8068
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.745	10904
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.054	3169
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	1246
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1340

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.494-1.511	0.253	251	0.1803	3290	X-RAY DIFFRACTION	72
1.511-1.5288	0.2012	351	0.1503	4200	X-RAY DIFFRACTION	93
1.5288-1.5474	0.1946	381	0.1364	4266	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5474-1.567	0.1942	325	0.1316	4221	X-RAY DIFFRACTION	94
1.567-1.5876	0.203	348	0.1388	4314	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5876-1.6094	0.2117	356	0.1462	4233	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6094-1.6324	0.2007	351	0.1352	4264	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6324-1.6567	0.1986	331	0.129	4307	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6567-1.6826	0.1753	388	0.1212	4237	X-RAY DIFFRACTION	94
1.6826-1.7102	0.1857	375	0.1206	4224	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7102-1.7397	0.1569	331	0.1147	4333	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7397-1.7713	0.1808	351	0.1163	4249	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7713-1.8054	0.1579	360	0.1117	4288	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8054-1.8423	0.1738	352	0.1117	4354	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8423-1.8823	0.1558	354	0.1086	4278	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8823-1.9261	0.1467	363	0.1097	4276	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9261-1.9743	0.1717	382	0.1104	4260	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9743-2.0276	0.1518	377	0.1187	4281	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0276-2.0873	0.1697	331	0.1189	4345	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0873-2.1547	0.156	353	0.1183	4320	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1547-2.2317	0.1458	381	0.1141	4261	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2317-2.321	0.1634	340	0.1218	4301	X-RAY DIFFRACTION	95
2.321-2.4267	0.1661	348	0.1281	4353	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4267-2.5546	0.1742	364	0.1439	4309	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5546-2.7146	0.1967	389	0.1521	4229	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7146-2.9242	0.1981	360	0.1546	4301	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9242-3.2184	0.1641	341	0.1437	4305	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2184-3.684	0.1633	367	0.136	4342	X-RAY DIFFRACTION	95
3.684-4.6407	0.1338	375	0.1216	4302	X-RAY DIFFRACTION	96
4.6407-46.3734	0.1849	349	0.1653	4237	X-RAY DIFFRACTION	93

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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