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- PDB-5syd: Circularly permutated azurin (cpAz) based on P. aeruginosa azurin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5syd
タイトルCircularly permutated azurin (cpAz) based on P. aeruginosa azurin sequence
要素Azurin, chimeric construct
キーワードOXIDOREDUCTASE / cupredoxin / engineered / greek-key beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Azurin / : / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Azurin / Azurin
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.397 Å
データ登録者Petrik, I. / Yang, Y. / Howard, R. / Yi, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Circular Permutation of Azurin Results in the same Type 1 Blue Copper with different Reduction Potentials
著者: Yu, Y. / Petrik, I. / Chacon, K.N. / Hosseinzadeh, P. / Blackburn, N. / Yi, L.
履歴
登録2016年8月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Azurin, chimeric construct
B: Azurin, chimeric construct
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4106
ポリマ－28,1562
非ポリマー2544
水97354
1
A: Azurin, chimeric construct
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2694
ポリマ－14,0781
非ポリマー1913
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Azurin, chimeric construct
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1412
ポリマ－14,0781
非ポリマー641
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.436, 115.436, 83.145
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resseq 4:62 or resseq 64:87 or resseq 97:117 or resseq 120:129))
21(chain B and (resseq 4:62 or resseq 64:87 or resseq 97:117 or resseq 120:129))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETLEULEU(chain A and (resseq 4:62 or resseq 64:87 or resseq 97:117 or resseq 120:129))AA4 - 624 - 62
12GLUGLULEULEU(chain A and (resseq 4:62 or resseq 64:87 or resseq 97:117 or resseq 120:129))AA64 - 8764 - 87
13SERSERLYSLYS(chain A and (resseq 4:62 or resseq 64:87 or resseq 97:117 or resseq 120:129))AA97 - 11797 - 117
14LYSLYSPROPRO(chain A and (resseq 4:62 or resseq 64:87 or resseq 97:117 or resseq 120:129))AA120 - 129120 - 129
21METMETLEULEU(chain B and (resseq 4:62 or resseq 64:87 or resseq 97:117 or resseq 120:129))BB4 - 624 - 62
22GLUGLULEULEU(chain B and (resseq 4:62 or resseq 64:87 or resseq 97:117 or resseq 120:129))BB64 - 8764 - 87
23SERSERLYSLYS(chain B and (resseq 4:62 or resseq 64:87 or resseq 97:117 or resseq 120:129))BB97 - 11797 - 117
24LYSLYSPROPRO(chain B and (resseq 4:62 or resseq 64:87 or resseq 97:117 or resseq 120:129))BB120 - 129120 - 129

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要素

#1: タンパク質 Azurin, chimeric construct


分子量: 14077.919 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 63-148; 1-38 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: azu, PA4922 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P00282, UniProt: B3EWN9
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2 uL of 5 mM protein was mixed with equal amount of well buffer (0.1 M Tris, 0.1 M LiNO 3, 0.01 M CUSO 4 with 35% polyethylene glycol 10000), and crystalized using the hanging drop method, ...詳細: 2 uL of 5 mM protein was mixed with equal amount of well buffer (0.1 M Tris, 0.1 M LiNO 3, 0.01 M CUSO 4 with 35% polyethylene glycol 10000), and crystalized using the hanging drop method, with 300 uL well buffer in the crystallization tray.
PH範囲: 7.5-9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.397→50 Å / Num. obs: 25321 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 23.5 % / Biso Wilson estimate: 61.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/av σ(I): 39.44 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.4917.80.674197.9
2.49-2.5919.80.575199.6
2.59-2.721.60.4491100
2.7-2.85220.3331100
2.85-3.0222.10.2351100
3.02-3.2622.10.1711100
3.26-3.58220.1111100
3.58-4.123.50.1021100
4.1-5.1732.10.0971100
5.17-5030.80.071100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Cootモデル構築
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AZU

4azu


解像度: 2.397→42.84 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2512 1289 5.1 %
Rwork0.2235 23992 -
obs0.2249 25281 99.34 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 127.69 Å2 / Biso mean: 73.2389 Å2 / Biso min: 38.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.397→42.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1954 0 4 54 2012
Biso mean--71.18 68.36 -
残基数----260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052072
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.962798
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056310
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1691240
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A996X-RAY DIFFRACTION10.865TORSIONAL
12B996X-RAY DIFFRACTION10.865TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3973-2.49320.44781350.41542509264495
2.4932-2.60670.36351630.346626022765100
2.6067-2.74410.32221450.316326672812100
2.7441-2.9160.31841210.313326532774100
2.916-3.14110.33411500.287726692819100
3.1411-3.45710.28311320.25226922824100
3.4571-3.9570.29051600.234526832843100
3.957-4.98420.19951510.180126832834100
4.9842-42.84650.19591320.172928342966100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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