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万見
- PDB-5swu: Dehydroquinate dehydratase from A. fumigatus AroM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5swu
タイトルDehydroquinate dehydratase from A. fumigatus AroM
要素Pentafunctional AROM polypeptide
キーワードHYDROLASE / Dehydratase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


3-dehydroquinate synthase / 3-dehydroquinate synthase activity / shikimate kinase / shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate kinase activity / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity ...3-dehydroquinate synthase / 3-dehydroquinate synthase activity / shikimate kinase / shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate kinase activity / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase activity / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pentafunctional AroM protein / Shikimate dehydrogenase, AroM-type / 3-dehydroquinate synthase AroB / 3-dehydroquinate synthase domain / 3-dehydroquinate synthase / 3-dehydroquinate dehydratase, active site / Shikimate kinase, conserved site / Dehydroquinase class I active site. / Shikimate kinase signature. / Shikimate kinase/Threonine synthase-like 1 ...Pentafunctional AroM protein / Shikimate dehydrogenase, AroM-type / 3-dehydroquinate synthase AroB / 3-dehydroquinate synthase domain / 3-dehydroquinate synthase / 3-dehydroquinate dehydratase, active site / Shikimate kinase, conserved site / Dehydroquinase class I active site. / Shikimate kinase signature. / Shikimate kinase/Threonine synthase-like 1 / Shikimate kinase/gluconokinase / Shikimate kinase / 3-dehydroquinate dehydratase type I / Type I 3-dehydroquinase / EPSP synthase signature 1. / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase, conserved site / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / EPSP synthase signature 2. / Enolpyruvate transferase domain / Enolpyruvate transferase domain superfamily / EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase) / RNA 3'-terminal phosphate cyclase/enolpyruvate transferase, alpha/beta / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pentafunctional AROM polypeptide
類似検索 - 構成要素
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Light, S.H. / Minasov, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dehydroquinate dehydratase from A. fumigatus AroM
著者: Light, S.H. / Minasov, G. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2016年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pentafunctional AROM polypeptide
B: Pentafunctional AROM polypeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1182
ポリマ－58,1182
非ポリマー00
水4,288238
1
A: Pentafunctional AROM polypeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0591
ポリマ－29,0591
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Pentafunctional AROM polypeptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0591
ポリマ－29,0591
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.193, 141.397, 46.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Pentafunctional AROM polypeptide


分子量: 29059.248 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1031-1289 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain CEA10 / CBS 144.89 / FGSC A1163) (カビ)
株: CEA10 / CBS 144.89 / FGSC A1163 / 遺伝子: aroM, AFUB_013230 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B0XRM8, 3-dehydroquinate synthase, 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase, shikimate kinase, 3-dehydroquinate dehydratase, shikimate dehydrogenase (NADP+)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.84 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein: 6.1 mg/ml, 0.5 M NaCl, 10 mM Tris pH 8.3, 1 mM BME Crystallization condition: JCSG+ F7 (qiagen), 0.8 M Succinic acid (pH 7)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 31559 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.673 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / CC1/2: 0.812 / % possible all: 72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.1→28.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 15.749 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24669 1585 5 %RANDOM
Rwork0.19125 ---
obs0.19398 29930 94.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.068 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.26 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.01 Å20 Å2
3---5.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→28.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3898 0 0 238 4136
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193976
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023834
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4561.9655378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92838818
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9145500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.0523.889180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.67415688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6481530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2596
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214514
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02900
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4023.5422006
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4013.5422005
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3695.3072504
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3695.3082505
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5513.7561969
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5513.7571970
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.6125.5452875
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.96428.4714572
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.90128.2014489
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.102→2.156 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 86 -
Rwork0.3 1666 -
obs--72.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.30920.2768-0.19620.5333-0.28410.66830.01220.0586-0.1108-0.0079-0.0287-0.05910.0009-0.00760.01650.00140.00260.00370.00870.0080.0645-23.738421.9717-15.265
21.48160.01620.0680.71440.10590.62490.0330.15830.14810.07470.01110.1429-0.0806-0.051-0.04420.02470.00760.01740.04940.06360.1209-24.969350.91136.6858
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1041 - 1291
2X-RAY DIFFRACTION2B1041 - 1291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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