PDB-5suy: Domain-swapped dimer of human Dishevelled2 DEP domain: monoclinic...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5suy

タイトル

Domain-swapped dimer of human Dishevelled2 DEP domain: monoclinic crystal form crystallised from dimeric fraction

要素

Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Dishevelled / DEP domain / WNT signalling

機能・相同性

機能・相同性情報

Negative regulation of TCF-dependent signaling by DVL-interacting proteins / convergent extension involved in neural plate elongation / segment specification / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / positive regulation of neuron projection arborization / non-canonical Wnt signaling pathway / cochlea morphogenesis / clathrin-coated endocytic vesicle / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / frizzled binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Renko, M. / Gammons, M.V. / Bienz, M.

引用

ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: Wnt Signalosome Assembly by DEP Domain Swapping of Dishevelled.
著者: Gammons, M.V. / Renko, M. / Johnson, C.M. / Rutherford, T.J. / Bienz, M.

履歴

登録	2016年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年10月19日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5suy.ent.gz	130.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5suy_validation.pdf.gz	449.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5suy_full_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示
XML形式データ	5suy_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	5suy_validation.cif.gz	22.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/5suy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/5suy	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5lnpC 5suzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lnp-d 3p31-d 4po4-d 5hpt-3 2oct-1 6twy-1 5u06-d 5xw3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (8)
#88 - 2007年4月
クラスリン (Clathrin)
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類似性 (3)
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類似性 (1)
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類似性 (2)
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核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

B: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

C: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

D: Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2

ヘテロ分子

43.7 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.671, 60.174, 66.128
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.62, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Segment polarity protein dishevelled homolog DVL-2 / Dishevelled-2 / DSH homolog 2 分子量: 10846.361 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 416-510 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DVL2 / プラスミド: pETM-41 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O14641
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES 0.1 M NaCl 0.1 M Li2SO4 22-26% PEG400 / PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.92819 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.202
1	1	-H, -K, H+L	2	0.798

反射

解像度: 1.88→41.98 Å / Num. obs: 34407 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 13.1

反射シェル

解像度: 1.88→1.96 Å / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.963 / Mean I/σ(I) obs: 1.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: unpublished model

解像度: 1.88→41.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 4.965 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.027 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21702	1809	5.3 %	RANDOM
R_work	0.18468	-	-	-
obs	0.18641	32604	98.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.046 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.38 Å²	-0 Å²	0.85 Å²
2-	-	11.53 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.88→41.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2996	0	15	117	3128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	3104
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2933
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.591	1.945	4204
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.002	3	6735
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.258	5	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.246	22.374	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.748	15	521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.038	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	460
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3451
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	749
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.482	2.398	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.482	2.397	1513
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.269	3.582	1887
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.268	3.583	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.933	2.755	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.914	2.733	1578
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.053	3.98	2297
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.766	19.618	3373
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.768	19.555	3358
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.881→1.93 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	126	-
R_work	0.233	2086	-
obs	-	-	86.41 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4432	0.3335	1.7237	0.5703	-0.168	1.5619	0.0186	-0.0336	-0.0543	0.0602	-0.0536	0.041	-0.0992	0.0654	0.0351	0.0671	-0.0037	0.002	0.0154	-0.0004	0.0438	-14.0228	8.9213	-26.4713
2	1.7854	0.8632	-2.9388	2.0742	-4.7609	11.5819	-0.0253	0.1219	0.2338	0.1108	0.0634	-0.0583	-0.2025	-0.2245	-0.0381	0.0252	0.0055	-0.0099	0.0364	0.0177	0.0506	-2.4027	5.6856	-2.4522
3	2.5351	2.0336	1.3308	2.4438	1.23	1.9445	-0.0495	0.1651	0.2372	-0.031	0.0348	0.0934	-0.2228	0.0424	0.0147	0.0809	-0.0212	0.0028	0.0407	0.0432	0.0569	13.933	13.6484	12.6656
4	0.8214	0.7933	0.2577	2.0342	0.7525	2.6966	-0.0132	0.1842	-0.0886	-0.0505	0.0897	-0.0862	0.1065	0.2237	-0.0766	0.0477	0.0163	0.0242	0.0767	-0.0014	0.0564	12.8593	3.2391	7.7716
5	0.524	0.1921	1.1683	0.4131	0.7516	2.936	0.0076	0.0587	-0.0025	-0.0555	-0.0737	0.039	-0.0744	0.0435	0.0661	0.0739	0.017	-0.0002	0.0401	0.0031	0.0727	10.958	8.6688	20.034
6	2.487	-0.5563	2.6319	0.2125	-0.3546	3.4128	-0.0637	0.029	0.086	-0.0227	-0.0243	-0.0177	-0.1718	-0.0036	0.088	0.0595	-0.0108	0.0057	0.0204	0.0122	0.0477	-8.1378	9.8007	-13.8011
7	3.3807	-2.3273	1.7743	2.8476	-0.8323	1.9472	-0.0715	-0.5159	-0.0677	0.1121	0.1441	0.0103	-0.0187	-0.308	-0.0726	0.0204	0.0043	0.0175	0.1165	0.0193	0.0394	-19.7008	6.4865	-15.9332
8	3.9738	0.7459	0.9109	2.0799	-1.1304	2.6424	-0.1001	-0.4412	-0.1739	-0.0405	0.1132	-0.0206	-0.0254	-0.0362	-0.0131	0.0124	0.0064	0.0036	0.0947	0.0299	0.03	-12.851	4.0207	-13.9109
9	2.7942	-1.0717	-1.6192	0.9789	-0.1022	1.8712	0.0014	0.1053	0.1007	-0.078	0.0236	-0.0555	0.1278	-0.1445	-0.0251	0.0879	-0.0075	0.0316	0.0322	0.0022	0.0152	-13.8921	21.0329	28.4746
10	1.149	0.9319	-1.7154	0.9845	-0.2375	8.4626	-0.0053	0.005	-0.0564	0.0689	0.0821	-0.0738	0.453	0.4074	-0.0769	0.0946	0.0524	-0.02	0.0434	-0.0032	0.0264	-0.1189	21.1439	11.4423
11	2.4281	-0.6056	-1.6319	0.5419	0.2606	2.1692	-0.1476	-0.2627	-0.0221	0.0243	-0.0021	-0.0234	0.2036	0.2133	0.1497	0.0787	0.0297	0.029	0.0465	0.0183	0.0317	15.4027	20.114	-10.0812
12	1.37	-0.0796	-0.6785	1.0038	0.6309	3.3967	0.002	-0.1267	0.0753	0.1321	0.0605	0.0508	-0.1213	0.1102	-0.0625	0.0511	0.0109	0.0226	0.016	-0.0013	0.0185	12.4255	25.0519	-7.6389
13	3.2422	0.4152	-2.387	0.6669	0.082	2.1513	-0.0225	0.0541	0.0672	-0.0252	-0.0278	0.031	0.1351	-0.059	0.0503	0.1226	0.0116	0.0674	0.0244	-0.0008	0.0522	14.4778	20.5522	-20.6685
14	0.1099	0.0397	-1.1159	2.044	1.4422	13.1008	-0.0471	-0.0104	0.0091	0.0869	0.2074	-0.0082	0.5878	0.2912	-0.1603	0.0379	0.0355	-0.017	0.0651	-0.0082	0.0388	1.0039	20.8605	-1.2834
15	1.4422	0.4975	-1.2498	0.6131	-0.5351	2.5328	-0.1489	0.2478	0.0019	0.0152	0.0223	0.0412	0.312	-0.2427	0.1267	0.0988	-0.0389	0.0239	0.0593	-0.0119	0.0179	-14.5211	19.7599	18.0201
16	2.4818	0.2539	0.1454	1.2603	0.0492	2.9322	-0.0575	0.1806	0.1499	-0.0257	-0.0475	0.0515	-0.0273	-0.1005	0.105	0.0457	0.0047	0.0157	0.0423	0.0163	0.0256	-10.0595	27.8162	13.5588

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	415 - 441
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	442 - 449
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	450 - 475
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	476 - 509
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	415 - 441
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	442 - 466
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	467 - 494
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	495 - 508
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	415 - 437
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	438 - 446
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	447 - 494
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	495 - 509
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	416 - 439
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	440 - 446
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	447 - 487
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	488 - 509

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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