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- PDB-5sur: X-ray crystallographic structure of a covalent trimer derived fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5sur
タイトルX-ray crystallographic structure of a covalent trimer derived from A-beta 17_36. Synchrotron data set. (ORN)CVF(MEA)CED(ORN)AIIGL(ORN)V.
要素16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL
キーワードDE NOVO PROTEIN / amyloid / oligomer / Alzheimer's / trimer / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性HEXANE-1,6-DIOL
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Kreutzer, A.G. / Yoo, S. / Nowick, J.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM097562 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2017
タイトル: Stabilization, Assembly, and Toxicity of Trimers Derived from A beta.
著者: Kreutzer, A.G. / Yoo, S. / Spencer, R.K. / Nowick, J.S.
履歴
登録2016年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Advisory / Author supporting evidence
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_validate_polymer_linkage
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.52024年3月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL
B: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL
C: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL
D: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,73012
ポリマ－7,1414
非ポリマー5908
水63135
1
B: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL
C: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL
D: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL
ヘテロ分子
x 6
A: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,38272
ポリマ－42,84424
非ポリマー3,53748
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/21
crystal symmetry operation11_454-x+y-1,y,-z-1/21
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/21
crystal symmetry operation4_454-x-1,-y,z-1/21
crystal symmetry operation5_554y,-x+y,z-1/21
crystal symmetry operation6_564x-y,x+1,z-1/21
crystal symmetry operation7_565y,x+1,-z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation9_455-x-1,-x+y,-z1
Buried area22960 Å2
ΔGint-337 kcal/mol
Surface area19730 Å2
手法PISA
2
B: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL
C: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL
D: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL
ヘテロ分子

B: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL
C: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL
D: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL
ヘテロ分子

B: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL
C: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL
D: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL
ヘテロ分子

A: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL
ヘテロ分子

A: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL
ヘテロ分子

A: 16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,19136
ポリマ－21,42212
非ポリマー1,76924
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
crystal symmetry operation7_565y,x+1,-z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation9_455-x-1,-x+y,-z1
Buried area10340 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area11010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.401, 57.401, 94.140
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
16mer A-beta peptide: ORN-CYS-VAL-PHE-MEA-CYS-GLU-ASP-ORN-ALA-ILE-ILE-GLY-LEU-ORN-VAL


分子量: 1785.179 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: 16mer peptide derived from A-beta 17-36 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.76 %
結晶化温度: 296.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris buffer at pH 7.83, 0.2 M MgCl2, 3.32 M 1,6-hexanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月17日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal monochromator, non fixed exit slit
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.801→27.45 Å / Num. obs: 8947 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01053 / Rsym value: 0.0149 / Net I/σ(I): 23.12
反射 シェル解像度: 1.801→1.866 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.6542 / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / CC1/2: 0.532 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155: 000精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5SUS

5sus


解像度: 1.801→27.45 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 1554 9.9 %
Rwork0.2107 --
obs0.2144 15703 97.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→27.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数492 0 36 35 563
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007528
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.997684
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d30.826340
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06680
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00480
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8015-1.85960.35681410.35611254X-RAY DIFFRACTION96
1.8596-1.92610.29941470.3061292X-RAY DIFFRACTION98
1.9261-2.00320.29661410.3161283X-RAY DIFFRACTION98
2.0032-2.09430.33991400.2791287X-RAY DIFFRACTION98
2.0943-2.20470.25921440.26651338X-RAY DIFFRACTION100
2.2047-2.34280.28651410.2441286X-RAY DIFFRACTION99
2.3428-2.52370.29491360.2371305X-RAY DIFFRACTION98
2.5237-2.77760.31291400.23211271X-RAY DIFFRACTION98
2.7776-3.17920.25591380.20191305X-RAY DIFFRACTION97
3.1792-4.00450.20911460.19231270X-RAY DIFFRACTION98
4.0045-34.18520.22261400.17941258X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.31181.54484.22074.06114.81847.28190.2131-0.03330.1271-0.1579-0.26530.1440.4432-0.43050.03850.405-0.05160.0180.28910.01090.3671-31.0532-8.7532-5.0118
25.61355.12254.84597.24594.83794.2451-0.53580.049-0.4843-0.40970.2957-0.1048-0.13030.11110.29770.4182-0.0069-0.03280.38770.0590.3702-24.57443.3315-6.5812
35.72145.457-4.57845.2642-4.62797.736-0.1197-0.496-0.81871.1446-0.4169-0.64530.2680.27890.46610.65490.0811-0.02660.50790.09540.4532-23.510510.1568-18.2675
48.79370.19671.56658.2389-1.37052.10370.6304-0.1987-0.3701-0.53630.0113-0.63110.77520.7281-0.56520.46080.0407-0.06480.4210.00060.3291-14.914113.3726-6.8227
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 15 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 15 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 15 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 1 through 15 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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