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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5suh | ||||||
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タイトル | The structure of double ringed trimeric shell protein MSM0271 from the RMM microcompartment | ||||||
要素 | MSM0271 protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Bacterial microcompartment / shell / BMC-FP | ||||||
機能・相同性 | BMC (bacterial microcompartment) domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Mallette, E. / Kimber, M.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017 タイトル: A Complete Structural Inventory of the Mycobacterial Microcompartment Shell Proteins Constrains Models of Global Architecture and Transport. 著者: Mallette, E. / Kimber, M.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5suh.cif.gz | 245.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5suh.ent.gz | 200.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5suh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/5suh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/5suh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26019.549 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_0271, MSMEI_0264 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QP48 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.71 % / 解説: hexagonal prisms |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 10 mg/mL protein, 0.8 M Na/K tartrate, 0.1 M Tris, 0.5% (w/v) PEG 2000MME |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→47.2 Å / Num. obs: 24387 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 69.4 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rsym value: 0.133 / Net I/σ(I): 19.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 11.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / CC1/2: 0.752 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: MSM0275 解像度: 2.7→47.139 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.9
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.139 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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