PDB-5suh: The structure of double ringed trimeric shell protein MSM0271 fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5suh

タイトル

The structure of double ringed trimeric shell protein MSM0271 from the RMM microcompartment

要素

MSM0271 protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Bacterial microcompartment / shell / BMC-FP

機能・相同性

Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain / Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain profile. / BMC (bacterial microcompartment) domain / bacterial microcompartment / CcmK-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / BMC circularly permuted domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Mallette, E. / Kimber, M.S.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: A Complete Structural Inventory of the Mycobacterial Microcompartment Shell Proteins Constrains Models of Global Architecture and Transport.
著者: Mallette, E. / Kimber, M.S.

履歴

登録	2016年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年2月8日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5suh.cif.gz	245.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5suh.ent.gz	200.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5suh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/5suh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/su/5suh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5l37C 5l38C 5l39C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5lsr-1 1k1e-4 4ht7-2 4ht7-1 7cmn-1 3fch-1 5lt5-1 5v76-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1)

登録構造単位

A: MSM0271 protein

B: MSM0271 protein

C: MSM0271 protein

78.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MSM0271 protein

B: MSM0271 protein

C: MSM0271 protein

A: MSM0271 protein

B: MSM0271 protein

C: MSM0271 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
156 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	139.890, 139.890, 150.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質	MSM0271 protein 分子量: 26019.549 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_0271, MSMEI_0264 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QP48
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

MSM0271 protein

分子量: 26019.549 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_0271, MSMEI_0264 / プラスミド: pET28a / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QP48

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.71 % / 解説: hexagonal prisms
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 10 mg/mL protein, 0.8 M Na/K tartrate, 0.1 M Tris, 0.5% (w/v) PEG 2000MME

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→47.2 Å / Num. obs: 24387 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / B_iso Wilson estimate: 69.4 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_sym value: 0.133 / Net I/σ(I): 19.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 11.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / CC_1/2: 0.752 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: MSM0275

解像度: 2.7→47.139 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 22.9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2243	1219	5 %
R_work	0.1729	-	-
obs	0.1755	24385	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.139 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4685	0	0	26	4711

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4756
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.278	6471
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.995	1753
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	770
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	854

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.8081	0.3385	133	0.2492	2514	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8081-2.9359	0.2994	132	0.2357	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9359-3.0907	0.3001	132	0.2135	2514	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0907-3.2843	0.2334	134	0.2087	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2843-3.5378	0.2753	134	0.1906	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5378-3.8936	0.2444	135	0.1703	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8936-4.4567	0.2303	136	0.1509	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4567-5.6135	0.1589	138	0.1374	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6135-47.146	0.2061	145	0.1732	2773	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2121	-0.6041	1.0757	1.5195	-0.5861	0.7806	0.1302	0.1351	0.1617	-0.2634	-0.1707	-0.0615	-0.0085	-0.113	0.044	0.4887	0.1047	0.0508	0.5287	-0.0173	0.386	-26.2158	-62.2425	-13.0682
2	1.5891	0.0318	0.1552	1.8892	-0.2974	0.9488	-0.0317	0.1022	0.6417	0.1549	0.0505	-0.1341	-0.2744	0.2031	-0.0356	0.502	-0.0075	0.0251	0.595	0.0281	0.7477	0.6622	-43.8532	-4.5234
3	2.0546	0.1228	0.7275	1.6511	-0.0463	0.6703	0.155	0.5095	0.84	-0.1773	-0.155	-0.2136	-0.3037	0.0852	0.0351	0.779	0.0588	0.139	0.7101	0.2136	0.7688	-24.2874	-29.8807	-22.2467

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A'
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B'
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C'

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)