PDB-5ssz: Crystal Structure of wild-type human formylglycine generating enz...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ssz

タイトル

Crystal Structure of wild-type human formylglycine generating enzyme bound to Cu(I)

要素

Formylglycine-generating enzyme

キーワード

OXIDOREDUCTASE / FORMYLGLYCINE / MULTIPLE SULFATASE DEFICIENCY / COPPER

機能・相同性

機能・相同性情報

The activation of arylsulfatases / formylglycine-generating enzyme / formylglycine-generating oxidase activity / protein oxidation / glycosphingolipid catabolic process / Glycosphingolipid catabolism / cupric ion binding / post-translational protein modification / oxidoreductase activity / endoplasmic reticulum lumen ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.02 Å

データ登録者

Radhakrishnan, K. / Schlotawa, L. / Rudolph, M.G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of wild-type human formylglycine generating enzyme bound to Cu(I)
著者: Radhakrishnan, K. / Schlotawa, L. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年8月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年8月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_deposit_group / Item: _pdbx_deposit_group.group_title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ssz.cif.gz	148.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ssz.ent.gz	113.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ssz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ssz_validation.pdf.gz	452.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ssz_full_validation.pdf.gz	452.8 KB	表示
XML形式データ	5ssz_validation.xml.gz	16.2 KB	表示
CIF形式データ	5ssz_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/5ssz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/5ssz	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002243 (3エントリ) 5ssx 5ssy 5ssz
タイトル	A set of FGE crystal structures
タイプ	undefined
解説	A set of FGE crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Formylglycine-generating enzyme

ヘテロ分子

36.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.513, 62.024, 110.021
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質

Formylglycine-generating enzyme / FGE / C-alpha-formylglycine-generating enzyme 1 / Sulfatase-modifying factor 1

分子量: 36128.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUMF1, PSEC0152, UNQ3037/PRO9852 / プラスミド: pAcGP67B-His7 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8NBK3, formylglycine-generating enzyme

#2: 化合物

ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION

分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 9.6 mg/mL protein in 20mM Tris/HCl pH8.0 mixed 1:1 with reservoir 0.1M Tris/HCl pH 8.5, 20-25% PEG4000, 0.2-0.3M CaCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.99976 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99976 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1→55.01 Å / Num. obs: 143525 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 5.868 % / B_iso Wilson estimate: 8.37 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.037 / R_rim(I) all: 0.04 / Χ²: 1.083 / Net I/σ(I): 21.76 / Num. measured all: 842259 / Scaling rejects: 28

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1-1.03	1.654	0.331	1.47	5343	11763	3230	0.787	0.438	27.5
1.03-1.06	1.891	0.267	2.11	12179	11439	6441	0.873	0.342	56.3
1.06-1.09	2.31	0.223	3.01	20232	11160	8760	0.924	0.274	78.5
1.09-1.12	3.156	0.206	4.8	31341	10822	9931	0.941	0.243	91.8
1.12-1.16	5.086	0.154	8.19	52959	10498	10412	0.982	0.172	99.2
1.16-1.2	6.632	0.133	11.24	67047	10160	10110	0.99	0.145	99.5
1.2-1.24	6.553	0.118	12.5	64711	9887	9875	0.992	0.129	99.9
1.24-1.29	6.627	0.103	14.5	62410	9418	9417	0.994	0.112	100
1.29-1.35	7.085	0.088	17.78	64493	9106	9103	0.996	0.095	100
1.35-1.42	6.956	0.076	20.7	60346	8678	8675	0.996	0.082	100
1.42-1.49	6.839	0.066	24.39	56635	8284	8281	0.997	0.071	100
1.49-1.58	7.261	0.056	29.9	57021	7855	7853	0.998	0.061	100
1.58-1.69	7.138	0.049	33.99	52789	7397	7395	0.998	0.053	100
1.69-1.83	6.658	0.043	37.07	45983	6910	6906	0.999	0.047	99.9
1.83-2	7.281	0.038	43.15	46419	6376	6375	0.999	0.041	100
2-2.24	7.045	0.035	46.2	40675	5776	5774	0.999	0.037	100
2.24-2.59	6.438	0.032	46	33093	5148	5140	0.999	0.035	99.8
2.59-3.17	7.2	0.029	51.53	31545	4382	4381	0.999	0.032	100
3.17-4.48	6.767	0.027	51.56	23366	3455	3453	0.999	0.029	99.9
4.48-55.01	6.792	0.026	51.69	13672	2019	2013	0.999	0.028	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 1.02→55.01 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 11.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1417	13236	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1307	248714	-	-
obs	0.1313	261950	88.88 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 52.45 Å² / B_iso mean: 12.4298 Å² / B_iso min: 5.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.02→55.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2204	0	17	430	2651
B_iso mean	-	-	18.86	20.35	-
残基数	-	-	-	-	278

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.02-1.03	0.271	129	0.3016	2296	2425	25
1.03-1.04	0.2875	188	0.2658	3271	3459	35
1.04-1.05	0.2693	251	0.2489	4304	4555	46
1.05-1.07	0.2405	296	0.2199	5240	5536	56
1.07-1.08	0.2385	280	0.203	6120	6400	66
1.08-1.1	0.2256	309	0.2178	6732	7041	72
1.1-1.11	0.1657	414	0.1485	7682	8096	82
1.11-1.13	0.1429	489	0.1277	8554	9043	92
1.13-1.15	0.1238	500	0.1095	9153	9653	98
1.15-1.17	0.1112	478	0.0993	9253	9731	99
1.17-1.19	0.1199	560	0.1019	9197	9757	99
1.19-1.21	0.1195	477	0.102	9297	9774	100
1.21-1.23	0.1261	520	0.105	9172	9692	99
1.23-1.26	0.1192	504	0.109	9310	9814	100
1.26-1.28	0.1194	516	0.1075	9333	9849	100
1.28-1.31	0.1265	494	0.1073	9285	9779	100
1.31-1.35	0.1222	494	0.102	9316	9810	100
1.35-1.38	0.1213	513	0.1022	9286	9799	100
1.38-1.42	0.1206	496	0.1003	9315	9811	100
1.42-1.47	0.1145	478	0.0999	9312	9790	100
1.47-1.52	0.1124	491	0.102	9343	9834	100
1.52-1.58	0.1232	449	0.1025	9365	9814	100
1.58-1.65	0.1215	535	0.1062	9266	9801	100
1.65-1.74	0.1267	465	0.1177	9365	9830	100
1.74-1.85	0.1415	502	0.1248	9311	9813	100
1.85-1.99	0.1468	510	0.1294	9324	9834	100
1.99-2.19	0.1332	494	0.1331	9306	9800	100
2.19-2.51	0.151	472	0.1482	9309	9781	100
2.51-3.16	0.1639	462	0.1621	9360	9822	100
3.16-55.01	0.157	470	0.1455	9337	9807	100

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