+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ssy | ||||||
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Title | Crystal Structure of human formylglycine generating enzyme | ||||||
Components | Formylglycine-generating enzyme | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / FORMYLGLYCINE / MULTIPLE SULFATASE DEFICIENCY / COPPER | ||||||
Function / homology | Function and homology information The activation of arylsulfatases / formylglycine-generating enzyme / formylglycine-generating oxidase activity / protein oxidation / glycosphingolipid catabolic process / Glycosphingolipid catabolism / cupric ion binding / post-translational protein modification / oxidoreductase activity / endoplasmic reticulum lumen ...The activation of arylsulfatases / formylglycine-generating enzyme / formylglycine-generating oxidase activity / protein oxidation / glycosphingolipid catabolic process / Glycosphingolipid catabolism / cupric ion binding / post-translational protein modification / oxidoreductase activity / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.29 Å | ||||||
Authors | Radhakrishnan, K. / Schlotawa, L. / Rudolph, M.G. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: To be published Title: Crystal Structure of human formylglycine generating enzyme in complex with N-acetyl-cysteine methylester Authors: Kowal, J. / Schlotawa, L. / Rudolph, M.G. / Niemann, H. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ssy.cif.gz | 138.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ssy.ent.gz | 105.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ssy.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ssy_validation.pdf.gz | 996.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5ssy_full_validation.pdf.gz | 996.3 KB | Display | |
Data in XML | 5ssy_validation.xml.gz | 16 KB | Display | |
Data in CIF | 5ssy_validation.cif.gz | 24.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/5ssy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/5ssy | HTTPS FTP |
-Group deposition
ID | G_1002243 (3 entries) |
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Title | A set of FGE crystal structures |
Type | undefined |
Description | A set of FGE crystal structures |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein / Sugars , 2 types, 2 molecules A
#1: Protein | Mass: 36128.930 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: SUMF1, PSEC0152, UNQ3037/PRO9852 / Plasmid: pAcGP67B-His7 / Cell line (production host): Hi5 / Production host: Trichoplusia ni (cabbage looper) References: UniProt: Q8NBK3, formylglycine-generating enzyme |
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#3: Sugar | ChemComp-NAG / |
-Non-polymers , 4 types, 361 molecules
#2: Chemical | ChemComp-CU1 / | ||||
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#4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-UG6 / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 9.6 mg/mL protein in 20mM Tris/HCl pH8.0 mixed 1:1 with reservoir 0.1M Tris/HCl pH 8.5, 20-25% PEG4000, 0.2-0.3M CaCl2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X10SA / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 19, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.2→54.86 Å / Num. obs: 87450 / % possible obs: 93.8 % / Redundancy: 5.247 % / Biso Wilson estimate: 10.48 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 1.024 / Net I/σ(I): 9.13 / Num. measured all: 458831 / Scaling rejects: 4407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: inhouse model Resolution: 1.29→54.86 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / Phase error: 24.76 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 86.31 Å2 / Biso mean: 15.3565 Å2 / Biso min: 5.16 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.29→54.86 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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