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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ssx | ||||||
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タイトル | Crystal Structure human formylglycine generating enzyme E130D mutant | ||||||
要素 | Formylglycine-generating enzyme | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / FORMYLGLYCINE / MULTIPLE SULFATASE DEFICIENCY / COPPER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 The activation of arylsulfatases / formylglycine-generating enzyme / formylglycine-generating oxidase activity / protein oxidation / glycosphingolipid catabolic process / Glycosphingolipid catabolism / cupric ion binding / post-translational protein modification / oxidoreductase activity / endoplasmic reticulum lumen ...The activation of arylsulfatases / formylglycine-generating enzyme / formylglycine-generating oxidase activity / protein oxidation / glycosphingolipid catabolic process / Glycosphingolipid catabolism / cupric ion binding / post-translational protein modification / oxidoreductase activity / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.02 Å | ||||||
データ登録者 | Radhakrishnan, K. / Schlotawa, L. / Rudolph, M.G. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal Structure of human formylglycine generating enzyme E130D mutant 著者: Kowal, J. / Schlotawa, L. / Niemann, H. / Rudolph, M.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ssx.cif.gz | 193.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ssx.ent.gz | 154.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ssx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ssx_validation.pdf.gz | 754.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5ssx_full_validation.pdf.gz | 756.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5ssx_validation.xml.gz | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ssx_validation.cif.gz | 26.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/5ssx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/5ssx | HTTPS FTP |
-グループ登録
ID | G_1002243 (3エントリ) |
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タイトル | A set of FGE crystal structures |
タイプ | undefined |
解説 | A set of FGE crystal structures |
-関連構造データ
関連構造データ | 1z70S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36114.902 Da / 分子数: 1 / 変異: E130D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUMF1, PSEC0152, UNQ3037/PRO9852 / プラスミド: pAcGP67B-His7 / 細胞株 (発現宿主): Hi5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8NBK3, formylglycine-generating enzyme | ||
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#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||
#3: 化合物 | ChemComp-CU1 / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.52 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 9.6 mg/mL protein in 20mM Tris/HCl pH8.0 mixed 1:1 with reservoir 0.1M Tris/HCl pH 8.5, 20-25% PEG4000, 0.2-0.3M CaCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99998 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月11日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.99998 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.02→40.95 Å / Num. obs: 142078 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5.487 % / Biso Wilson estimate: 8.85 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.074 / Net I/σ(I): 14.49 / Num. measured all: 779553 / Scaling rejects: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1z70 解像度: 1.02→40.95 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 12.55 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 82.35 Å2 / Biso mean: 14.0685 Å2 / Biso min: 5.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.02→40.95 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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