PDB-5skv: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 6...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5skv

タイトル

Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 6-cyclopropyl-N-[3-[(2-hydroxy-2-methylpropyl)carbamoyl]-1-methylpyrazol-4-yl]-3-(pyrimidin-5-ylamino)pyridine-2-carboxamide

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Groebke-Zbinden, K. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5skv.cif.gz	271.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5skv.ent.gz	219.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5skv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5skv_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5skv_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5skv_validation.xml.gz	51.2 KB	表示
CIF形式データ	5skv_validation.cif.gz	70.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/5skv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/5skv	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
40 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.283, 135.283, 234.745
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-KJC / 6-cyclopropyl-N-{3-[(2-hydroxy-2-methylpropyl)carbamoyl]-1-methyl-1H-pyrazol-4-yl}-3-[(pyrimidin-5-yl)amino]pyridine-2-carboxamide 分子量: 450.494 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₆N₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.09 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9999 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.561
1	1	K, H, -L	2	0.439

反射

解像度: 2.6→43.51 Å / Num. obs: 25709 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.474 % / B_iso Wilson estimate: 50.81 Å² / CC_1/2: 0.983 / R_merge(I) obs: 0.268 / R_rim(I) all: 0.288 / Χ²: 0.79 / Net I/σ(I): 6.59 / Num. measured all: 192154

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.6-2.67	7.551	1.509	1.55	14090	1866	1866	0.404	1.621	100
2.67-2.74	7.541	1.375	1.79	13800	1830	1830	0.462	1.477	100
2.74-2.82	7.548	1.125	2.15	13722	1818	1818	0.532	1.208	100
2.82-2.91	7.536	0.963	2.63	12992	1724	1724	0.648	1.033	100
2.91-3	7.553	0.823	3.19	12569	1664	1664	0.729	0.881	100
3-3.11	7.554	0.722	3.88	12223	1618	1618	0.773	0.772	100
3.11-3.22	7.549	0.576	4.77	11889	1575	1575	0.841	0.616	100
3.22-3.36	7.534	0.46	5.8	11475	1523	1523	0.874	0.492	100
3.36-3.51	7.549	0.35	7.27	11044	1463	1463	0.93	0.374	100
3.51-3.68	7.517	0.28	8.26	10344	1376	1376	0.942	0.3	100
3.68-3.88	7.539	0.231	9.26	10042	1332	1332	0.955	0.247	100
3.88-4.11	7.474	0.191	10.29	9417	1260	1260	0.969	0.205	100
4.11-4.39	7.431	0.168	10.99	8776	1181	1181	0.975	0.181	100
4.39-4.75	7.413	0.155	11.67	8177	1103	1103	0.971	0.167	100
4.75-5.2	7.419	0.154	11.88	7694	1037	1037	0.971	0.166	100
5.2-5.81	7.367	0.157	11.43	6851	930	930	0.976	0.169	100
5.81-6.71	7.32	0.158	11.5	6017	822	822	0.978	0.17	100
6.71-8.22	7.205	0.127	12.94	5029	698	698	0.983	0.137	100
8.22-11.63	6.988	0.119	13.92	3941	564	564	0.984	0.128	100
11.63-43.51	6.345	0.105	13.38	2062	333	325	0.99	0.114	97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.6→43.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 5.766 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	2376	4.8 %	RANDOM
R_work	0.1989	-	-	-
obs	0.2015	46887	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 83.58 Å² / B_iso mean: 38.674 Å² / B_iso min: 22.13 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-6.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→43.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	140	475	10767
B_iso mean	-	-	40.03	36.94	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	10548
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9536
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.366	1.66	14289
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.21	1.568	22175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.321	5	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.302	22.601	546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.674	15	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.133	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	1352
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11597
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.124	4.152	5000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.124	4.151	4998
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.111	6.228	6243

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.616	190	-
R_work	0.619	3407	-
all	-	3597	-
obs	-	-	99.75 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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