PDB-5ska: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 7...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ska

タイトル

Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 7-[(4-ethoxy-5-methylpyridin-2-yl)methylsulfanyl]-6H-imidazo[4,5-g][1,3]benzothiazole

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Krasso, A. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ska.cif.gz	276.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ska.ent.gz	222.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ska.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ska_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ska_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5ska_validation.xml.gz	50.9 KB	表示
CIF形式データ	5ska_validation.cif.gz	71.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/5ska ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/5ska	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.148, 135.148, 235.062
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-KDC / 7-{[(4-ethoxy-5-methylpyridin-2-yl)methyl]sulfanyl}-8H-imidazo[4,5-g][1,3]benzothiazole 分子量: 356.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₁₆N₄OS₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.06 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.21→43.62 Å / Num. obs: 80114 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.126 % / B_iso Wilson estimate: 40.157 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.142 / R_rim(I) all: 0.158 / Χ²: 0.859 / Net I/σ(I): 10.15 / Num. measured all: 410669 / Scaling rejects: 9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.21-2.27	5.079	1.435	1.1	30020	5911	5911	0.351	1.602	100
2.27-2.33	4.902	1.121	1.39	28351	5786	5783	0.483	1.257	99.9
2.33-2.4	5.011	0.897	1.75	28109	5610	5609	0.596	1.002	100
2.4-2.47	5.338	0.726	2.23	29131	5460	5457	0.711	0.805	99.9
2.47-2.55	5.37	0.587	2.81	28515	5312	5310	0.777	0.651	100
2.55-2.64	5.343	0.448	3.67	27312	5112	5112	0.845	0.497	100
2.64-2.74	5.257	0.362	4.55	25731	4896	4895	0.89	0.402	100
2.74-2.85	5.002	0.293	5.42	23993	4798	4797	0.93	0.327	100
2.85-2.98	5.176	0.229	7.08	23647	4573	4569	0.957	0.255	99.9
2.98-3.13	5.397	0.177	9.12	23491	4355	4353	0.976	0.196	100
3.13-3.29	5.321	0.133	12.13	22072	4149	4148	0.985	0.147	100
3.29-3.49	5.175	0.095	16.04	20173	3898	3898	0.991	0.105	100
3.49-3.74	4.8	0.077	18.98	17619	3671	3671	0.993	0.086	100
3.74-4.03	4.999	0.064	22.44	17102	3422	3421	0.994	0.071	100
4.03-4.42	5.138	0.055	25.56	16348	3183	3182	0.996	0.061	100
4.42-4.94	4.983	0.05	27.31	14058	2822	2821	0.996	0.055	100
4.94-5.71	4.665	0.05	26.11	11755	2522	2520	0.996	0.057	99.9
5.71-6.99	5.109	0.05	27.51	10939	2142	2141	0.996	0.056	100
6.99-9.88	4.903	0.039	31.22	7913	1620	1614	0.997	0.044	99.6
9.88-43.62	4.867	0.037	33.17	4390	914	902	0.998	0.042	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.21→43.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 7.838 / SU ML: 0.181 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.26 / ESU R Free: 0.211 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: pyridin-moiety not as well defined as tricyclic part;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2418	3883	5 %	RANDOM
R_work	0.1913	-	-	-
obs	0.1938	73946	97.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.05 Å² / B_iso mean: 37.704 Å² / B_iso min: 13.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0.03 Å²	-0 Å²
2-	-	0.06 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.21→43.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	104	570	10826
B_iso mean	-	-	48.91	38.49	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	10548
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.437	1.655	14285
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.29	1.569	22283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.902	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.429	22.419	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.595	15	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.228	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11589
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.567	3.875	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.565	3.874	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.84	5.803	6255

LS精密化シェル

解像度: 2.21→2.267 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.416	253	-
R_work	0.359	5097	-
all	-	5350	-
obs	-	-	90.63 %

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