PDB-5sk2: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sk2

タイトル

Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 2-(4-fluorophenyl)-4-(2-isoquinolin-3-yloxyethyl)-5-methyl-1,3-oxazole

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.14 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Groebke-Zbinden, K. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sk2.cif.gz	272.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sk2.ent.gz	220 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sk2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/5sk2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/5sk2	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

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39.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

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39.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.335, 135.335, 235.407
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-KB6 / 3-{2-[2-(4-fluorophenyl)-5-methyl-1,3-oxazol-4-yl]ethoxy}isoquinoline 分子量: 348.370 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₁₇FN₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.26 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年10月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.14→43.53 Å / Num. obs: 88623 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.139 % / B_iso Wilson estimate: 49.239 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_rim(I) all: 0.109 / Χ²: 0.869 / Net I/σ(I): 11.16 / Num. measured all: 455471 / Scaling rejects: 18

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.14-2.2	5.304	1.309	1.28	34776	6559	6556	0.426	1.453	100
2.2-2.26	5.24	1.126	1.49	33872	6466	6464	0.507	1.253	100
2.26-2.32	5.025	0.897	1.85	30961	6163	6161	0.607	1.003	100
2.32-2.39	5.063	0.708	2.36	30556	6037	6035	0.722	0.791	100
2.39-2.47	5.381	0.575	2.96	31564	5866	5866	0.816	0.638	100
2.47-2.56	5.4	0.456	3.75	30528	5654	5653	0.864	0.506	100
2.56-2.65	5.33	0.351	4.85	29154	5470	5470	0.907	0.39	100
2.65-2.76	5.215	0.282	5.93	27593	5291	5291	0.937	0.313	100
2.76-2.89	5.01	0.23	7.16	25119	5015	5014	0.959	0.257	100
2.89-3.03	5.222	0.176	9.4	25098	4807	4806	0.976	0.195	100
3.03-3.19	5.33	0.134	12.13	24439	4586	4585	0.986	0.149	100
3.19-3.38	5.229	0.1	16.02	22650	4332	4332	0.992	0.112	100
3.38-3.62	4.985	0.072	20.85	20250	4067	4062	0.994	0.081	99.9
3.62-3.91	4.718	0.058	24.48	17840	3791	3781	0.996	0.065	99.7
3.91-4.28	5.095	0.048	29.27	17824	3499	3498	0.997	0.053	100
4.28-4.79	4.957	0.043	31.66	15618	3155	3151	0.997	0.048	99.9
4.79-5.53	4.59	0.042	30.94	12796	2799	2788	0.997	0.047	99.6
5.53-6.77	4.935	0.043	31	11470	2329	2324	0.997	0.048	99.8
6.77-9.57	4.839	0.032	36.55	8719	1812	1802	0.998	0.036	99.4
9.57-43.53	4.72	0.029	39.55	4644	1001	984	0.999	0.033	98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.14→43.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 6.757 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: O-alkylated isomer present. Potential to form 7-membered Ring or intramolecular H-bond to reduce ligand entropy. Not many interactions of 4-Fluoro-phenyl or oxazol with protein.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2291	4312	5 %	RANDOM
R_work	0.1786	-	-	-
obs	0.1811	81672	96.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.82 Å² / B_iso mean: 43.428 Å² / B_iso min: 22.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	-0.13 Å²	0 Å²
2-	-	-0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.14→43.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	112	405	10669
B_iso mean	-	-	58.54	41.97	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	10556
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.702	1.656	14293
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.407	1.569	22283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.005	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.049	22.419	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.006	15	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.191	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	11609
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.693	4.426	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.689	4.425	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.885	6.625	6255

LS精密化シェル

解像度: 2.14→2.195 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	316	-
R_work	0.346	5635	-
all	-	5951	-
obs	-	-	90.99 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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