PDB-5sjq: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 6...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sjq

タイトル

Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 6-chloro-2,3-dimethylquinoxaline

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Kumagai, Y. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sjq.cif.gz	271.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sjq.ent.gz	218.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sjq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5sjq_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sjq_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5sjq_validation.xml.gz	48.6 KB	表示
CIF形式データ	5sjq_validation.cif.gz	67.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/5sjq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/5sjq	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.356, 135.356, 234.938
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-K6F / 6-chloro-2,3-dimethylquinoxaline / 2,3-ジメチル-6-クロロキノキサリン分子量: 192.645 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₉ClN₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.18 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.12→43.54 Å / Num. obs: 91015 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.191 % / B_iso Wilson estimate: 48.93 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.09 / R_rim(I) all: 0.1 / Χ²: 0.829 / Net I/σ(I): 13.15 / Num. measured all: 472490 / Scaling rejects: 66

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.12-2.18	4.961	1.598	1.16	33246	6709	6701	0.394	1.789	99.9
2.18-2.23	5.012	1.237	1.52	33032	6595	6590	0.539	1.382	99.9
2.23-2.3	5.271	1.018	1.95	33813	6422	6415	0.647	1.131	99.9
2.3-2.37	5.369	0.742	2.58	33221	6191	6188	0.772	0.823	100
2.37-2.45	5.327	0.597	3.17	31881	5988	5985	0.832	0.663	99.9
2.45-2.53	5.238	0.506	3.76	30557	5837	5834	0.873	0.563	99.9
2.53-2.63	5.032	0.361	5.01	28171	5599	5598	0.926	0.404	100
2.63-2.74	5.007	0.295	6.23	27071	5407	5407	0.946	0.33	100
2.74-2.86	5.399	0.232	7.83	27819	5153	5153	0.97	0.257	100
2.86-3	5.376	0.171	10.11	26643	4960	4956	0.984	0.19	99.9
3-3.16	5.331	0.129	13.01	25212	4735	4729	0.99	0.143	99.9
3.16-3.35	5.161	0.093	17.3	23033	4464	4463	0.994	0.104	100
3.35-3.58	4.848	0.064	23.23	20077	4142	4141	0.997	0.072	100
3.58-3.87	5.384	0.051	29.75	20997	3900	3900	0.998	0.057	100
3.87-4.24	5.346	0.041	35.56	19175	3588	3587	0.998	0.045	100
4.24-4.74	5.19	0.035	39.26	16748	3227	3227	0.999	0.039	100
4.74-5.47	4.821	0.034	39.14	13783	2859	2859	0.999	0.039	100
5.47-6.7	5.498	0.035	39.72	13289	2417	2417	0.999	0.039	100
6.7-9.48	5.102	0.025	47.67	9403	1845	1843	0.999	0.028	99.9
9.48-43.54	5.205	0.023	55.18	5319	1032	1022	0.999	0.025	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.12→43.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 6.485 / SU ML: 0.153 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ligand not fully occupied but placement confident; ser677 pushed away by chlorine;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.223	4371	5 %	RANDOM
R_work	0.185	-	-	-
obs	0.1869	83028	95.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 117.87 Å² / B_iso mean: 44.155 Å² / B_iso min: 23.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	-0.13 Å²	0 Å²
2-	-	-0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.12→43.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	60	420	10632
B_iso mean	-	-	49.27	43.2	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	10496
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	9620
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.389	1.648	14213
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.344	1.573	22355
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.66	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.372	22.419	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.228	15	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.175	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11553
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.796	4.536	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.789	4.535	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.98	6.796	6255

LS精密化シェル

解像度: 2.12→2.175 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.371	288	-
R_work	0.362	5597	-
all	-	5885	-
obs	-	-	87.91 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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