PDB-5sjl: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 6...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sjl

タイトル

Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 6-cyclopropyl-N-[4-[(2-hydroxy-2-methylpropyl)carbamoyl]pyridin-3-yl]-3-(pyrimidin-5-ylamino)pyridine-2-carboxamide

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.64 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Groebke-Zbinden, K. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sjl.cif.gz	270.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sjl.ent.gz	218.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sjl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/5sjl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/5sjl	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
40 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.938, 135.938, 235.673
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-K49 / 6-cyclopropyl-N-{4-[(2-hydroxy-2-methylpropyl)carbamoyl]pyridin-3-yl}-3-[(pyrimidin-5-yl)amino]pyridine-2-carboxamide 分子量: 447.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₅N₇O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.73 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9999 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.7
1	1	K, H, -L	2	0.3

反射

解像度: 2.64→43.76 Å / Num. obs: 47480 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.721 % / B_iso Wilson estimate: 58.086 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.147 / R_rim(I) all: 0.171 / Χ²: 0.848 / Net I/σ(I): 8.32 / Num. measured all: 176681 / Scaling rejects: 18

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.64-2.71	3.245	1.179	1.35	11396	3597	3512	0.326	1.406	97.6
2.71-2.78	3.361	1.053	1.57	11247	3391	3346	0.372	1.246	98.7
2.78-2.86	3.472	0.944	1.87	11513	3346	3316	0.442	1.113	99.1
2.86-2.95	3.62	0.757	2.46	11572	3222	3197	0.552	0.887	99.2
2.95-3.05	3.676	0.615	3.12	11521	3146	3134	0.62	0.718	99.6
3.05-3.16	3.763	0.503	3.85	11536	3071	3066	0.72	0.587	99.8
3.16-3.27	3.805	0.383	4.92	11119	2930	2922	0.805	0.446	99.7
3.27-3.41	3.893	0.276	6.53	11008	2831	2828	0.893	0.321	99.9
3.41-3.56	3.891	0.201	8.37	10468	2697	2690	0.931	0.234	99.7
3.56-3.73	3.911	0.163	9.92	10187	2610	2605	0.955	0.189	99.8
3.73-3.94	3.886	0.131	11.31	9521	2451	2450	0.97	0.152	100
3.94-4.17	3.893	0.104	13.48	9172	2357	2356	0.981	0.121	100
4.17-4.46	3.873	0.09	14.66	8419	2175	2174	0.986	0.104	100
4.46-4.82	3.882	0.075	16.33	7981	2057	2056	0.989	0.087	100
4.82-5.28	3.87	0.075	16.58	7268	1878	1878	0.987	0.087	100
5.28-5.9	3.891	0.077	15.96	6596	1695	1695	0.99	0.089	100
5.9-6.82	3.856	0.076	16.28	5784	1500	1500	0.989	0.088	100
6.82-8.35	3.814	0.053	20.16	4809	1261	1261	0.994	0.061	100
8.35-11.81	3.723	0.044	23.35	3596	968	966	0.995	0.051	99.8
11.81-43.76	3.727	0.04	23.82	1968	538	528	0.996	0.047	98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.64→43.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 7.182 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.283 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: orientation of 2-hydroxy-2-methyl-propyl group ambiguous;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2438	2431	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2022	-	-	-
obs	0.2043	45091	99.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.33 Å² / B_iso mean: 41.02 Å² / B_iso min: 20 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	5.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-10.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.64→43.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	140	375	10667
B_iso mean	-	-	43.65	36.67	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	10584
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.436	1.66	14337
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.249	1.569	22283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.271	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.805	22.419	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.305	15	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.777	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	1356
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11637
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.728	4.342	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.725	4.341	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.986	6.513	6255

LS精密化シェル

解像度: 2.64→2.708 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.927	202	-
R_work	0.663	3300	-
all	-	3502	-
obs	-	-	97.85 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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