PDB-5sjd: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sjd

タイトル

Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 1-[2-(3,5-dimethylpyrazol-1-yl)ethyl]-3-(2-phenylpyrazol-3-yl)urea

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Koerner, M. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sjd.cif.gz	274.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sjd.ent.gz	221.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sjd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5sjd_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sjd_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5sjd_validation.xml.gz	50.9 KB	表示
CIF形式データ	5sjd_validation.cif.gz	70.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/5sjd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/5sjd	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.859, 135.859, 235.544
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-K18 / N-[2-(3,5-dimethyl-1H-pyrazol-1-yl)ethyl]-N'-(1-phenyl-1H-pyrazol-5-yl)urea 分子量: 324.380 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₀N₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.65 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9999 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.16→43.73 Å / Num. obs: 86934 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.177 % / B_iso Wilson estimate: 44.456 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_rim(I) all: 0.11 / Χ²: 0.862 / Net I/σ(I): 12.95 / Num. measured all: 450015 / Scaling rejects: 11

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.16-2.22	5.126	1.134	1.49	32948	6428	6428	0.535	1.265	100
2.22-2.28	5.131	1	1.72	32076	6253	6252	0.575	1.116	100
2.28-2.34	5.161	0.782	2.21	31657	6134	6134	0.701	0.872	100
2.34-2.41	5.18	0.64	2.66	30710	5929	5928	0.783	0.713	100
2.41-2.49	5.178	0.529	3.19	29363	5671	5671	0.841	0.589	100
2.49-2.58	5.199	0.407	4.12	29251	5626	5626	0.892	0.454	100
2.58-2.68	5.195	0.318	5.28	27525	5298	5298	0.929	0.354	100
2.68-2.79	5.204	0.258	6.47	27069	5202	5202	0.951	0.287	100
2.79-2.91	5.223	0.206	7.94	25620	4905	4905	0.973	0.229	100
2.91-3.05	5.212	0.16	10.2	24662	4732	4732	0.981	0.178	100
3.05-3.22	5.223	0.116	13.55	23542	4507	4507	0.99	0.129	100
3.22-3.42	5.217	0.086	18.05	22192	4254	4254	0.994	0.095	100
3.42-3.65	5.191	0.063	23.75	20645	3977	3977	0.997	0.07	100
3.65-3.94	5.167	0.051	28.34	19268	3729	3729	0.998	0.057	100
3.94-4.32	5.157	0.042	33.16	17659	3424	3424	0.998	0.047	100
4.32-4.83	5.151	0.037	37.56	16044	3115	3115	0.999	0.041	100
4.83-5.58	5.167	0.037	37.27	13951	2700	2700	0.999	0.041	100
5.58-6.83	5.196	0.036	35.67	11976	2305	2305	0.999	0.04	100
6.83-9.66	5.121	0.025	46.93	9171	1791	1791	0.999	0.028	100
9.66-43.73	4.902	0.022	53.22	4686	969	956	0.999	0.025	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

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