PDB-5sj2: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sj2

タイトル

Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 2,3-dichloro-N-(2-phenyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl)pyridine-4-carboxamide

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Groebke-Zbinden, K. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sj2.cif.gz	277.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sj2.ent.gz	223.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sj2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5sj2_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sj2_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5sj2_validation.xml.gz	52.4 KB	表示
CIF形式データ	5sj2_validation.cif.gz	73.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/5sj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/5sj2	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.700, 135.700, 235.820
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-JWR / 2,3-dichloro-N-[(4S)-2-phenyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl]pyridine-4-carboxamide 分子量: 384.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₁Cl₂N₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.59 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.99→43.77 Å / Num. obs: 111016 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.177 % / B_iso Wilson estimate: 43.417 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.067 / R_rim(I) all: 0.075 / Χ²: 0.866 / Net I/σ(I): 15.12 / Num. measured all: 574782 / Scaling rejects: 87

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.99-2.04	5.157	1.195	1.38	42511	8248	8243	0.556	1.332	99.9
2.04-2.1	4.925	0.93	1.76	39462	8019	8013	0.646	1.042	99.9
2.1-2.16	5.066	0.724	2.31	39303	7759	7758	0.757	0.808	100
2.16-2.22	5.374	0.482	3.45	40908	7618	7612	0.874	0.534	99.9
2.22-2.3	5.339	0.41	4.04	38795	7268	7266	0.902	0.454	100
2.3-2.38	5.296	0.309	5.28	37733	7127	7125	0.944	0.343	100
2.38-2.47	5.189	0.249	6.41	35713	6884	6882	0.962	0.277	100
2.47-2.57	4.976	0.201	7.78	32469	6528	6525	0.973	0.225	100
2.57-2.68	5.206	0.151	10.32	32753	6291	6291	0.983	0.168	100
2.68-2.81	5.389	0.122	12.62	32521	6036	6035	0.989	0.135	100
2.81-2.97	5.351	0.095	15.76	30728	5745	5743	0.994	0.106	100
2.97-3.15	5.246	0.075	19.7	28461	5426	5425	0.996	0.084	100
3.15-3.36	4.903	0.059	24.76	25191	5139	5138	0.997	0.066	100
3.36-3.63	5.227	0.044	33.32	24663	4718	4718	0.998	0.048	100
3.63-3.98	5.264	0.037	39.32	23070	4384	4383	0.999	0.041	100
3.98-4.45	5.102	0.032	43.6	20067	3939	3933	0.999	0.035	99.8
4.45-5.14	4.714	0.029	45.23	16428	3488	3485	0.999	0.033	99.9
5.14-6.29	5.403	0.027	46.77	15824	2929	2929	0.999	0.03	100
6.29-8.9	5.093	0.023	49.9	11577	2275	2273	0.999	0.025	99.9
8.9-43.77	5.331	0.018	58.68	6605	1250	1239	1	0.02	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 1.99→43.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 4.537 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: partial radiolysis of chlorine atoms;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2182	5332	5 %	RANDOM
R_work	0.1759	-	-	-
obs	0.1779	101678	96.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.52 Å² / B_iso mean: 38.622 Å² / B_iso min: 21.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.17 Å²	-0.09 Å²	0 Å²
2-	-	-0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.99→43.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	112	616	10880
B_iso mean	-	-	57.58	41.31	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	10564
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9634
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.708	1.656	14311
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.44	1.574	22389
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.716	5	1259
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.542	22.419	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.616	15	1858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.594	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	11643
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.362	3.879	5012
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.357	3.877	5010
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.24	5.798	6261

LS精密化シェル

解像度: 1.99→2.042 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	367	-
R_work	0.329	6928	-
all	-	7295	-
obs	-	-	88.88 %

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