PDB-5sj1: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 7...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sj1

タイトル

Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 7-[(3,5-dimethyl-4-propan-2-yloxypyridin-2-yl)methylsulfinyl]-6H-imidazo[4,5-g][1,3]benzothiazole

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Krasso, A. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sj1.cif.gz	276.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sj1.ent.gz	223 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sj1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5sj1_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sj1_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	5sj1_validation.xml.gz	52.3 KB	表示
CIF形式データ	5sj1_validation.cif.gz	72.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/5sj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/5sj1	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.040, 135.040, 235.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-JWJ / 7-[(3,5-dimethyl-4-propan-2-yloxy-pyridin-2-yl)methyl-oxidanyl-$l^{3}-sulfanyl]-8~{H}-imidazo[4,5-g][1,3]benzothiazole 分子量: 400.518 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₀N₄O₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 580 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.16→43.44 Å / Num. obs: 85722 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.182 % / B_iso Wilson estimate: 39.104 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.142 / R_rim(I) all: 0.158 / Χ²: 0.847 / Net I/σ(I): 11.06 / Num. measured all: 444217 / Scaling rejects: 19

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.16-2.22	5.283	1.459	1.14	33597	6362	6359	0.373	1.622	100
2.22-2.28	5.202	1.302	1.31	32052	6163	6161	0.438	1.45	100
2.28-2.34	4.955	0.976	1.71	29686	5992	5991	0.573	1.093	100
2.34-2.41	5.144	0.8	2.11	30126	5859	5856	0.696	0.892	99.9
2.41-2.49	5.413	0.656	2.65	30767	5685	5684	0.773	0.726	100
2.49-2.58	5.377	0.501	3.48	29378	5464	5464	0.844	0.555	100
2.58-2.68	5.327	0.387	4.47	28133	5282	5281	0.901	0.429	100
2.68-2.79	5.194	0.314	5.35	26277	5061	5059	0.922	0.35	100
2.79-2.91	5.021	0.241	6.75	24713	4924	4922	0.961	0.269	100
2.91-3.05	5.348	0.185	8.97	24797	4637	4637	0.975	0.205	100
3.05-3.22	5.39	0.137	11.93	23852	4425	4425	0.987	0.151	100
3.22-3.42	5.29	0.098	15.93	22074	4173	4173	0.992	0.109	100
3.42-3.65	4.994	0.071	20.43	19893	3984	3983	0.995	0.079	100
3.65-3.94	4.909	0.057	24.65	17993	3666	3665	0.996	0.064	100
3.94-4.32	5.251	0.048	29.3	17581	3351	3348	0.998	0.053	99.9
4.32-4.83	5.1	0.042	32.4	15637	3068	3066	0.998	0.047	99.9
4.83-5.58	4.76	0.042	31.21	12704	2671	2669	0.998	0.047	99.9
5.58-6.83	5.109	0.042	32.12	11583	2268	2267	0.998	0.047	100
6.83-9.66	4.973	0.032	38.09	8793	1774	1768	0.999	0.036	99.7
9.66-43.44	4.853	0.029	41.33	4581	957	944	0.999	0.033	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.16→43.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 7.125 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: R-enantiomer;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2364	4135	5 %	RANDOM
R_work	0.1915	-	-	-
obs	0.1937	78790	96.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 119.7 Å² / B_iso mean: 35.098 Å² / B_iso min: 11.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.12 Å²	-0.06 Å²	0 Å²
2-	-	-0.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.16→43.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	116	580	10848
B_iso mean	-	-	47.42	36.49	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	10560
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.438	1.658	14309
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.293	1.569	22283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.833	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.915	22.419	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.29	15	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.691	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	1356
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11593
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.316	3.579	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.31	3.577	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.526	5.358	6255

LS精密化シェル

解像度: 2.16→2.216 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	312	-
R_work	0.355	5435	-
all	-	5747	-
obs	-	-	90.66 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-グループ登録

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)