PDB-5siv: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5siv

タイトル

Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with N-(thiophen-2-ylmethyl)quinoxaline-6-carboxamide

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Brunner, M. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5siv.cif.gz	273.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5siv.ent.gz	220.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5siv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5siv_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5siv_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5siv_validation.xml.gz	50.3 KB	表示
CIF形式データ	5siv_validation.cif.gz	70.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/5siv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/5siv	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	134.665, 134.665, 233.615
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-JTL / N-[(thiophen-2-yl)methyl]quinoxaline-6-carboxamide 分子量: 269.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₁N₃OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.43 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→41.27 Å / Num. obs: 78676 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.808 % / B_iso Wilson estimate: 46.344 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.094 / R_rim(I) all: 0.117 / Χ²: 0.901 / Net I/σ(I): 7.52 / Num. measured all: 220922 / Scaling rejects: 201

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.2-2.26	2.303	0.33	3.02	11537	5864	5010	0.599	0.42	85.4
2.26-2.32	2.735	1.391	0.92	15560	5796	5690	0.426	1.745	98.2
2.32-2.39	2.779	0.699	1.73	15603	5638	5615	0.589	0.874	99.6
2.39-2.46	2.815	0.515	2.29	15368	5469	5460	0.675	0.643	99.8
2.46-2.54	2.854	0.414	2.83	15063	5286	5277	0.742	0.515	99.8
2.54-2.63	2.878	0.319	3.66	14762	5135	5130	0.818	0.396	99.9
2.63-2.73	2.888	0.273	4.24	14133	4900	4894	0.869	0.338	99.9
2.73-2.84	2.908	0.222	5.09	13845	4772	4761	0.915	0.275	99.8
2.84-2.97	2.902	0.173	6.27	13289	4591	4580	0.945	0.214	99.8
2.97-3.11	2.886	0.142	7.44	12507	4349	4333	0.961	0.175	99.6
3.11-3.28	2.878	0.114	9.17	11908	4150	4137	0.973	0.141	99.7
3.28-3.48	2.847	0.086	11.3	10985	3897	3859	0.985	0.107	99
3.48-3.72	2.827	0.074	13.33	10218	3669	3615	0.986	0.092	98.5
3.72-4.02	2.824	0.066	14.5	9515	3433	3369	0.989	0.081	98.1
4.02-4.4	2.793	0.056	16.64	8696	3190	3114	0.991	0.069	97.6
4.4-4.92	2.794	0.051	17.68	7682	2817	2749	0.992	0.063	97.6
4.92-5.68	2.826	0.05	17.42	6983	2508	2471	0.993	0.062	98.5
5.68-6.96	2.878	0.049	17.23	6148	2147	2136	0.994	0.06	99.5
6.96-9.84	2.908	0.038	20.05	4652	1621	1600	0.997	0.047	98.7
9.84-41.27	2.817	0.042	20.77	2468	914	876	0.994	0.052	95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.2→41.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 8.045 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.298 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: thiophenyl moiety ill-defined by electron density;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2556	3588	5 %	RANDOM
R_work	0.196	-	-	-
obs	0.1989	68447	89.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.72 Å² / B_iso mean: 40.438 Å² / B_iso min: 16.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.01 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→41.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	84	508	10744
B_iso mean	-	-	58.65	40.51	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	10488
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9536
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.463	1.651	14193
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.298	1.568	22175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.151	5	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.679	22.601	546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.833	15	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.728	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	11537
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.662	4.155	5000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.656	4.154	4998
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.866	6.23	6243

LS精密化シェル

解像度: 2.196→2.253 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.5	226	-
R_work	0.477	4243	-
all	-	4469	-
obs	-	-	74.98 %

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