PDB-5sie: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sie

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH c12c(c(ccc1O)Cl)[nH]c3c2CN(C3=O)C, micromolar IC50=3.77279

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Boehringer, M. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sie.cif.gz	272 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sie.ent.gz	218.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sie.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5sie_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sie_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	5sie_validation.xml.gz	55.8 KB	表示
CIF形式データ	5sie_validation.cif.gz	72.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/5sie ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/5sie	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.080, 135.080, 235.206
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-JOF / 5-chloro-8-hydroxy-2-methyl-1,4-dihydropyrrolo[3,4-b]indol-3(2H)-one 分子量: 236.654 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₉ClN₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 394 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.04 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年4月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.12→43.64 Å / Num. obs: 90677 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.785 % / B_iso Wilson estimate: 48.269 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_rim(I) all: 0.081 / Χ²: 0.863 / Net I/σ(I): 15.39 / Num. measured all: 524529 / Scaling rejects: 128

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.12-2.18	5.79	1.134	1.61	38891	6726	6717	0.561	1.246	99.9
2.18-2.23	5.546	0.931	1.98	36191	6538	6526	0.68	1.028	99.8
2.23-2.3	5.47	0.823	2.43	34906	6429	6381	0.729	0.911	99.3
2.3-2.37	6.014	0.543	3.43	36936	6145	6142	0.853	0.594	100
2.37-2.45	5.997	0.433	4.25	35870	5989	5981	0.907	0.474	99.9
2.45-2.53	5.94	0.356	5.12	34514	5812	5810	0.931	0.391	100
2.53-2.63	5.837	0.264	6.73	32772	5616	5615	0.957	0.29	100
2.63-2.74	5.517	0.211	8.24	29439	5340	5336	0.969	0.234	99.9
2.74-2.86	5.787	0.168	10.13	30029	5191	5189	0.983	0.185	100
2.86-3	6.065	0.126	13.12	29753	4910	4906	0.99	0.138	99.9
3-3.16	6.009	0.099	16.46	28241	4706	4700	0.994	0.108	99.9
3.16-3.35	5.924	0.074	21.5	26269	4436	4434	0.996	0.081	100
3.35-3.58	5.507	0.053	27.93	22852	4151	4150	0.998	0.059	100
3.58-3.87	5.794	0.044	34.09	22486	3883	3881	0.998	0.048	99.9
3.87-4.24	5.956	0.036	40.19	21353	3588	3585	0.999	0.039	99.9
4.24-4.74	5.805	0.033	43.62	18582	3203	3201	0.999	0.036	99.9
4.74-5.47	5.345	0.031	43.22	15293	2863	2861	0.999	0.035	99.9
5.47-6.7	5.96	0.033	43.61	14369	2412	2411	0.999	0.036	100
6.7-9.48	5.62	0.028	50.42	10307	1840	1834	0.999	0.03	99.7
9.48-43.64	5.384	0.028	54.58	5476	1028	1017	0.999	0.031	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.12→43.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 5.84 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ligand density not well defined; had to swap terminal carboxamide of Gln729 to accomodate ligand H-bonding;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2204	4363	5 %	RANDOM
R_work	0.1855	-	-	-
obs	0.1873	83120	96.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 118.28 Å² / B_iso mean: 44.854 Å² / B_iso min: 22.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.24 Å²	-0.12 Å²	0 Å²
2-	-	-0.24 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.12→43.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	72	394	10618
B_iso mean	-	-	49.93	43.09	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	10512
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.362	1.652	14245
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.288	1.569	22283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.688	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.191	22.419	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.874	15	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.771	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11569
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.75	4.606	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.745	4.604	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.98	6.897	6255

LS精密化シェル

解像度: 2.12→2.175 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.38	297	-
R_work	0.331	5829	-
all	-	6126	-
obs	-	-	91.39 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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