PDB-5sia: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH n...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sia

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH n3c2cc(NC(Nc1cc(ccc1)OC)=O)ccc2nc(c3C)C, micromolar IC50=1.295

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Brunner, M. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sia.cif.gz	268.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sia.ent.gz	217 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sia.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5sia_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sia_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5sia_validation.xml.gz	54.5 KB	表示
CIF形式データ	5sia_validation.cif.gz	70.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/5sia ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/5sia	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.242, 135.242, 235.107
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-JNL / N-(2,3-dimethylquinoxalin-6-yl)-N'-(3-methoxyphenyl)urea 分子量: 322.361 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₈N₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.14 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.27→43.5 Å / Num. obs: 74097 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.147 % / B_iso Wilson estimate: 53.738 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.1 / R_rim(I) all: 0.111 / Χ²: 0.858 / Net I/σ(I): 11.55 / Num. measured all: 381414 / Scaling rejects: 31

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.27-2.33	4.91	1.364	1.39	27032	5519	5506	0.48	1.529	99.8
2.33-2.39	5.061	1.044	1.74	27141	5365	5363	0.594	1.166	100
2.39-2.46	5.364	0.814	2.23	27968	5216	5214	0.726	0.902	100
2.46-2.54	5.321	0.752	2.64	26761	5031	5029	0.738	0.834	100
2.54-2.62	5.344	0.523	3.54	26005	4866	4866	0.856	0.58	100
2.62-2.71	5.157	0.453	4.19	24424	4739	4736	0.87	0.504	99.9
2.71-2.82	5.049	0.363	4.97	23114	4579	4578	0.912	0.406	100
2.82-2.93	5.049	0.292	6.13	22073	4374	4372	0.946	0.326	100
2.93-3.06	5.392	0.22	8.14	22817	4232	4232	0.971	0.243	100
3.06-3.21	5.381	0.166	10.36	21622	4020	4018	0.982	0.184	100
3.21-3.38	5.288	0.125	13.57	20243	3829	3828	0.988	0.139	100
3.38-3.59	5.037	0.093	17.5	18102	3595	3594	0.991	0.104	100
3.59-3.84	4.758	0.075	20.43	16250	3417	3415	0.993	0.084	99.9
3.84-4.14	5.108	0.059	25.49	16141	3162	3160	0.996	0.066	99.9
4.14-4.54	5.24	0.048	29.02	15354	2930	2930	0.997	0.054	100
4.54-5.08	5.051	0.045	30.85	13279	2631	2629	0.997	0.05	99.9
5.08-5.86	4.707	0.045	28.83	11028	2345	2343	0.997	0.051	99.9
5.86-7.18	5.331	0.042	31.77	10343	1942	1940	0.998	0.047	99.9
7.18-10.15	4.953	0.033	37.42	7549	1526	1524	0.998	0.037	99.9
10.15-43.5	5.083	0.033	40.88	4168	832	820	0.999	0.036	98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.27→43.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 8.455 / SU ML: 0.192 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.284 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: methoxy-phenyl not visible in electron density;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2396	3551	5 %	RANDOM
R_work	0.1883	-	-	-
obs	0.1909	67848	96.29 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 125.78 Å² / B_iso mean: 47.879 Å² / B_iso min: 23.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	-0.13 Å²	0 Å²
2-	-	-0.26 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.85 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.27→43.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	104	286	10542
B_iso mean	-	-	69.28	42.64	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	10544
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.017	9656
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.489	1.655	14277
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.359	1.578	22427
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.106	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.745	22.419	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.865	15	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.181	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	11601
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2243
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.57	4.908	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.567	4.906	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.062	7.352	6255

LS精密化シェル

解像度: 2.27→2.329 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.379	240	-
R_work	0.363	4585	-
all	-	4825	-
obs	-	-	87.57 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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