PDB-5shx: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5shx

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH c1(nc2c(nc1C)cccc2)N3CCCC3, micromolar IC50=9.069546

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Canesso, R. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5shx.cif.gz	274.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5shx.ent.gz	220.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5shx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5shx_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5shx_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	5shx_validation.xml.gz	58.3 KB	表示
CIF形式データ	5shx_validation.cif.gz	76.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/5shx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/5shx	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.190, 135.190, 235.666
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-JJF / 2-methyl-3-(pyrrolidin-1-yl)quinoxaline 分子量: 213.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₅N₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.21 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年4月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.16→43.49 Å / Num. obs: 83547 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 5.669 % / B_iso Wilson estimate: 45.81 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.105 / R_rim(I) all: 0.117 / Χ²: 0.834 / Net I/σ(I): 13.33 / Num. measured all: 473590 / Scaling rejects: 9612

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.16-2.22	5.623	1.525	1.22	36172	6431	6433	0.451	1.683	100
2.22-2.28	4.599	0.904	2.48	17826	6177	3876	0.921	1.034	62.7
2.28-2.34	5.83	1.032	1.9	35187	6040	6035	0.613	1.137	99.9
2.34-2.41	6.004	0.754	2.5	35210	5864	5864	0.771	0.827	100
2.41-2.49	5.938	0.732	2.93	33745	5686	5683	0.792	0.804	99.9
2.49-2.58	5.799	0.56	3.71	31899	5502	5501	0.838	0.617	100
2.58-2.68	5.31	0.468	4.6	27939	5289	5262	0.884	0.522	99.5
2.68-2.79	5.435	0.383	5.27	27782	5119	5112	0.908	0.426	99.9
2.79-2.91	5.95	0.24	7.58	29338	4932	4931	0.969	0.264	100
2.91-3.05	6.018	0.183	9.75	27843	4627	4627	0.982	0.201	100
3.05-3.22	5.968	0.132	13.05	26636	4464	4463	0.99	0.145	100
3.22-3.42	5.788	0.1	17.08	24201	4188	4181	0.994	0.11	99.8
3.42-3.65	4.966	0.08	21.59	19442	4002	3915	0.994	0.09	97.8
3.65-3.94	5.03	0.062	27.25	17796	3690	3538	0.994	0.069	95.9
3.94-4.32	6.024	0.04	36.03	20217	3365	3356	0.999	0.043	99.7
4.32-4.83	5.884	0.035	40.93	18100	3077	3076	0.999	0.038	100
4.83-5.58	5.415	0.034	39.23	14583	2693	2693	0.999	0.037	100
5.58-6.83	6.143	0.035	40.04	13957	2272	2272	0.999	0.039	100
6.83-9.66	5.755	0.024	50.7	10233	1778	1778	0.999	0.027	100
9.66-43.49	5.767	0.024	58.37	5484	962	951	0.999	0.026	98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.16→43.49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 8.799 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.328 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: weak density for pyrrol

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2441	3462	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1953	-	-	-
obs	0.1978	64952	79.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.8 Å² / B_iso mean: 42.367 Å² / B_iso min: 19.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.11 Å²	-0.05 Å²	0 Å²
2-	-	-0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.16→43.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	72	519	10743
B_iso mean	-	-	34.14	42.76	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	10512
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.461	1.65	14233
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.352	1.569	22283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.991	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.288	22.419	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.355	15	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.017	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1352
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11549
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.975	4.376	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.971	4.375	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.328	6.558	6255

LS精密化シェル

解像度: 2.16→2.216 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.382	299	-
R_work	0.328	5373	-
all	-	5672	-
obs	-	-	88.46 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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