PDB-5shq: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5shq

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH c12c(ncnc1[nH]cc2)N3CCCC3, micromolar IC50=>10

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Brunner, M. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5shq.cif.gz	274.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5shq.ent.gz	220.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5shq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5shq_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5shq_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	5shq_validation.xml.gz	58.9 KB	表示
CIF形式データ	5shq_validation.cif.gz	76.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/5shq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/5shq	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.136, 135.136, 234.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-JIJ / 4-(pyrrolidin-1-yl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine 分子量: 188.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.86 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.08→34.89 Å / Num. obs: 94768 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2.905 % / B_iso Wilson estimate: 45.927 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.064 / R_rim(I) all: 0.078 / Χ²: 0.877 / Net I/σ(I): 12.05 / Num. measured all: 275255 / Scaling rejects: 35

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.08-2.13	2.83	0.926	1.32	19693	6988	6958	0.426	1.133	99.6
2.13-2.19	2.86	0.683	1.86	19711	6919	6893	0.605	0.833	99.6
2.19-2.26	2.864	0.603	2.14	19197	6723	6702	0.667	0.735	99.7
2.26-2.33	2.886	0.472	2.72	18844	6553	6530	0.774	0.574	99.6
2.33-2.4	2.893	0.379	3.35	18279	6338	6319	0.837	0.462	99.7
2.4-2.49	2.905	0.31	4.09	17649	6094	6075	0.887	0.377	99.7
2.49-2.58	2.908	0.235	5.26	16920	5845	5818	0.931	0.286	99.5
2.58-2.69	2.922	0.178	6.76	16748	5749	5731	0.956	0.217	99.7
2.69-2.8	2.929	0.149	8.06	15715	5390	5365	0.969	0.18	99.5
2.8-2.94	2.927	0.117	9.96	15283	5248	5221	0.982	0.142	99.5
2.94-3.1	2.93	0.09	12.61	14295	4918	4879	0.988	0.109	99.2
3.1-3.29	2.943	0.064	16.39	13757	4715	4674	0.993	0.078	99.1
3.29-3.52	2.939	0.045	22.02	12789	4387	4351	0.997	0.055	99.2
3.52-3.8	2.936	0.036	26.63	11835	4083	4031	0.997	0.043	98.7
3.8-4.16	2.933	0.029	31.16	10956	3791	3736	0.998	0.036	98.5
4.16-4.65	2.943	0.027	34.43	9734	3362	3308	0.998	0.033	98.4
4.65-5.37	2.953	0.026	36.25	8732	3027	2957	0.998	0.031	97.7
5.37-6.58	2.955	0.026	35.39	7299	2540	2470	0.998	0.032	97.2
6.58-9.3	2.939	0.022	40.28	5510	1943	1875	0.999	0.027	96.5
9.3-34.92	2.639	0.02	40.84	2309	1087	875	0.999	0.026	80.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.08→34.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 5.636 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.209 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: pyrrol not well defined by electron density;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2215	4369	5 %	RANDOM
R_work	0.1821	-	-	-
obs	0.184	82968	91.26 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.32 Å² / B_iso mean: 42.18 Å² / B_iso min: 20.89 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.48 Å²	-0.24 Å²	0 Å²
2-	-	-0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.08→34.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	64	555	10771
B_iso mean	-	-	53.14	44.17	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.013	10468
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9536
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.354	1.649	14169
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.277	1.568	22175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.672	5	1247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.276	22.601	546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.636	15	1844
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.451	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11489
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.436	4.328	5000
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.433	4.327	4998
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.548	6.483	6243

LS精密化シェル

解像度: 2.08→2.134 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.385	275	-
R_work	0.344	5229	-
all	-	5504	-
obs	-	-	78.94 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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