PDB-5shm: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with N...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5shm

タイトル

Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with N-[(3R)-1-(5-chloropyridin-2-yl)pyrrolidin-3-yl]-6-cyclopropyl-3-methoxypyrazine-2-carboxamide

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Koerner, M. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5shm.cif.gz	270 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5shm.ent.gz	218.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5shm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5shm_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5shm_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5shm_validation.xml.gz	48.5 KB	表示
CIF形式データ	5shm_validation.cif.gz	66.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/5shm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/5shm	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.246, 135.246, 235.217
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-JHX / N-[(3R)-1-(5-chloropyridin-2-yl)pyrrolidin-3-yl]-6-cyclopropyl-3-methoxypyrazine-2-carboxamide 分子量: 373.837 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₀ClN₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.26→43.65 Å / Num. obs: 75096 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.11 % / B_iso Wilson estimate: 53.434 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.113 / R_rim(I) all: 0.128 / R_sym value: 0.113 / Χ²: 0.846 / Net I/σ(I): 8.13 / Num. measured all: 386235 / Scaling rejects: 5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.26-2.32	5.018	1.48	1.1	27857	5555	5551	0.356	1.654	99.9
2.32-2.38	5.038	1.238	1.33	27164	5392	5392	0.469	1.383	100
2.38-2.45	5.27	0.961	1.74	27893	5294	5293	0.608	1.068	100
2.45-2.53	5.376	0.825	2.06	27428	5104	5102	0.659	0.914	100
2.53-2.61	5.343	0.62	2.77	26663	4990	4990	0.772	0.688	100
2.61-2.7	5.256	0.486	3.49	25276	4809	4809	0.845	0.54	100
2.7-2.8	5.114	0.413	4.03	23559	4607	4607	0.873	0.46	100
2.8-2.92	5.017	0.327	5.01	22463	4477	4477	0.93	0.366	100
2.92-3.05	5.329	0.248	6.69	22620	4245	4245	0.956	0.275	100
3.05-3.2	5.381	0.189	8.8	21953	4082	4080	0.975	0.21	100
3.2-3.37	5.322	0.145	11.39	20792	3907	3907	0.984	0.161	100
3.37-3.57	5.143	0.102	15.3	18943	3685	3683	0.99	0.114	99.9
3.57-3.82	4.811	0.082	17.89	16540	3441	3438	0.993	0.093	99.9
3.82-4.13	5.112	0.067	22.02	16303	3192	3189	0.995	0.075	99.9
4.13-4.52	5.089	0.059	24.38	15027	2953	2953	0.996	0.066	100
4.52-5.05	4.93	0.054	25.68	13197	2679	2677	0.996	0.06	99.9
5.05-5.84	4.611	0.056	24.22	10887	2366	2361	0.995	0.063	99.8
5.84-7.15	5.206	0.052	26.38	10292	1981	1977	0.996	0.058	99.8
7.15-10.11	4.797	0.039	30.21	7287	1531	1519	0.998	0.044	99.2
10.11-43.65	4.905	0.038	32.61	4091	847	834	0.998	0.043	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.26→43.65 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / SU B: 8.255 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.273 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 5-chloro-pyridin-2-yl)-pyrrolidin-3-yl moiety not well defined by electron density; two conformations modeled for molecule C;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2364	3631	5 %	RANDOM
R_work	0.1863	-	-	-
obs	0.1887	69183	96.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 135.47 Å² / B_iso mean: 48.224 Å² / B_iso min: 24.81 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	-0.07 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.14 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.45 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.26→43.65 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	138	297	10587
B_iso mean	-	-	67.09	42.21	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	10585
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9684
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.48	1.66	14338
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.281	1.584	22518
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.867	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.378	22.419	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.485	15	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.911	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1363
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11611
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.495	4.957	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.49	4.955	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.926	7.424	6255

LS精密化シェル

解像度: 2.26→2.319 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.387	246	-
R_work	0.347	4727	-
all	-	4973	-
obs	-	-	89.99 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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