PDB-5shd: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 6...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5shd

タイトル

Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 6-cyclopropyl-N-[4-(methylcarbamoyl)pyridin-3-yl]-3-(pyrimidin-5-ylamino)pyridine-2-carboxamide

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor /

PHOSPHODIESTERASE (ホスホジエステラーゼ) /

PDE10 /

HYDROLASE (加水分解酵素) /

SCHIZOPHRENIA (統合失調症) / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity /

3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process /

cGMP binding /

3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity /

3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity /

3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Groebke-Zbinden, K. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5shd.cif.gz	268.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5shd.ent.gz	217.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5shd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/5shd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/5shd	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

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39.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.486, 135.486, 234.991
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-JCP / 6-cyclopropyl-N-[4-(methylcarbamoyl)pyridin-3-yl]-3-[(pyrimidin-5-yl)amino]pyridine-2-carboxamide 分子量: 389.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₉N₇O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.28 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→43.58 Å / Num. obs: 49373 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.925 % / B_iso Wilson estimate: 59.517 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.116 / R_rim(I) all: 0.135 / Χ²: 0.843 / Net I/σ(I): 10.28 / Num. measured all: 193787 / Scaling rejects: 36

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.6-2.67	3.913	1.362	0.98	14336	3673	3664	0.358	1.581	99.8
2.67-2.74	3.9	1.127	1.18	13790	3542	3536	0.414	1.309	99.8
2.74-2.82	3.913	0.944	1.43	13706	3509	3503	0.506	1.097	99.8
2.82-2.91	3.921	0.76	1.79	13148	3365	3353	0.638	0.882	99.6
2.91-3	3.912	0.57	2.36	12702	3251	3247	0.739	0.661	99.9
3-3.11	3.914	0.438	3.1	12223	3130	3123	0.831	0.508	99.8
3.11-3.22	3.923	0.321	4.27	12121	3095	3090	0.903	0.372	99.8
3.22-3.36	3.927	0.244	5.6	11545	2943	2940	0.94	0.282	99.9
3.36-3.51	3.915	0.159	8.32	10939	2800	2794	0.972	0.185	99.8
3.51-3.68	3.94	0.13	10.25	10547	2682	2677	0.98	0.151	99.8
3.68-3.88	3.924	0.099	12.79	10046	2562	2560	0.988	0.115	99.9
3.88-4.11	3.943	0.075	16.26	9460	2405	2399	0.993	0.087	99.8
4.11-4.39	3.94	0.063	19.06	8956	2275	2273	0.995	0.073	99.9
4.39-4.75	3.94	0.053	22.17	8321	2114	2112	0.997	0.061	99.9
4.75-5.2	3.944	0.051	22.92	7667	1947	1944	0.996	0.059	99.8
5.2-5.81	3.961	0.053	21.8	6956	1761	1756	0.997	0.062	99.7
5.81-6.71	3.958	0.053	21.98	6147	1554	1553	0.996	0.062	99.9
6.71-8.22	3.941	0.034	31.5	5068	1290	1286	0.998	0.039	99.7
8.22-11.63	3.934	0.025	44.72	4032	1028	1025	0.999	0.029	99.7
11.63-43.58	3.861	0.025	48.15	2077	557	538	0.998	0.03	96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.6→43.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 15.235 / SU ML: 0.295 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.985 / ESU R Free: 0.347 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: ligand in fourth molecule not well defined;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.266	2325	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1786	-	-	-
obs	0.1828	45078	95.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 137.66 Å² / B_iso mean: 55.583 Å² / B_iso min: 18.51 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.59 Å²	-0.29 Å²	0 Å²
2-	-	-0.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.6→43.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10166	0	124	252	10542
B_iso mean	-	-	55.67	41.29	-
残基数	-	-	-	-	1253

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	10544
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9545
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.793	1.657	14272
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.341	1.568	22196
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.191	5	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.456	22.614	547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.508	15	1846
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.662	15	56
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	11603
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.928	5.836	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.925	5.836	5007
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.972	8.746	6253

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.426	150	-
R_work	0.346	3105	-
all	-	3255	-
obs	-	-	89.08 %

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