PDB-5shb: Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 3...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5shb

タイトル

Crystal Structure of human phosphodiesterase 10 in complex with 3-[2-(3-bromophenyl)pyrazol-3-yl]-1-pyridin-4-ylpyridazin-4-one

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor /

PHOSPHODIESTERASE (ホスホジエステラーゼ) /

PDE10 /

HYDROLASE (加水分解酵素) /

SCHIZOPHRENIA (統合失調症) / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity /

3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process /

cGMP binding /

3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity /

3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity /

3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Koerner, M. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5shb.cif.gz	280.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5shb.ent.gz	226 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5shb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/5shb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/5shb	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

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39.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

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39.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.358, 135.358, 235.610
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-JCJ / 3-[1-(3-bromophenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-1-(pyridin-4-yl)pyridazin-4(1H)-one 分子量: 394.225 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₁₂BrN₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 751 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.32 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月25日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→43.72 Å / Num. obs: 115608 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.854 % / B_iso Wilson estimate: 38.847 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_rim(I) all: 0.073 / Χ²: 0.893 / Net I/σ(I): 13.89 / Num. measured all: 445565 / Scaling rejects: 67

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.95-2	3.573	0.907	1.41	27851	8667	7794	0.547	1.058	89.9
2-2.06	3.881	0.657	2.09	32479	8497	8369	0.687	0.761	98.5
2.06-2.12	3.878	0.53	2.59	31407	8203	8098	0.774	0.614	98.7
2.12-2.18	3.886	0.387	3.5	30624	7976	7881	0.868	0.448	98.8
2.18-2.25	3.873	0.314	4.39	29822	7783	7699	0.908	0.364	98.9
2.25-2.33	3.888	0.251	5.41	28839	7487	7418	0.943	0.291	99.1
2.33-2.42	3.897	0.202	6.57	27805	7194	7135	0.961	0.234	99.2
2.42-2.52	3.899	0.168	7.85	27093	6999	6948	0.972	0.194	99.3
2.52-2.63	3.898	0.126	10.25	25785	6654	6615	0.983	0.146	99.4
2.63-2.76	3.898	0.103	12.32	24792	6392	6361	0.988	0.12	99.5
2.76-2.91	3.899	0.085	14.63	23420	6038	6006	0.993	0.098	99.5
2.91-3.08	3.894	0.069	18.05	22383	5768	5748	0.995	0.079	99.7
3.08-3.3	3.883	0.054	22.77	20794	5376	5355	0.996	0.062	99.6
3.3-3.56	3.844	0.04	29.07	19297	5034	5020	0.998	0.047	99.7
3.56-3.9	3.801	0.035	33.65	17391	4589	4575	0.998	0.041	99.7
3.9-4.36	3.804	0.03	37.79	15850	4173	4167	0.999	0.035	99.9
4.36-5.03	3.815	0.027	40.93	14098	3700	3695	0.999	0.032	99.9
5.03-6.17	3.865	0.027	39.86	11989	3104	3102	0.999	0.031	99.9
6.17-8.72	3.881	0.021	43.19	9260	2390	2386	0.999	0.024	99.8
8.72-43.72	3.71	0.017	47.24	4586	1314	1236	0.999	0.02	94.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 1.95→43.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 4.087 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ligand well defined, bromine atom with some negative difference density: may be partially radiolyzed by xrays;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2149	5592	5 %	RANDOM
R_work	0.1805	-	-	-
obs	0.1822	106296	95.35 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 92.71 Å² / B_iso mean: 34.323 Å² / B_iso min: 17.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	-0.04 Å²	0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→43.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	108	751	11011
B_iso mean	-	-	33.62	39.86	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	10590
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9623
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.254	1.656	14350
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.283	1.569	22382
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.307	5	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.973	22.33	558
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.91	15	1867
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.136	15	62
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1355
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11686
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2232
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.752	3.512	5022
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.75	3.511	5020
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.564	5.257	6276

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.382	361	-
R_work	0.325	6586	-
all	-	6947	-
obs	-	-	80.32 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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