PDB-5sh6: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sh6

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH c12c(cccc1)nc(n2C)CCN4CCOc3ccccc3C4=O, micromolar IC50=2.844764

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / regulation of cAMP/PKA signal transduction / cAMP catabolic process / cGMP effects / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / regulation of adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cGMP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Koerner, M. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sh6.cif.gz	278.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sh6.ent.gz	223.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sh6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5sh6_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sh6_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5sh6_validation.xml.gz	60.6 KB	表示
CIF形式データ	5sh6_validation.cif.gz	80 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/5sh6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/5sh6	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.064, 135.064, 233.963
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-J7M / 4-[2-(1-methyl-1H-benzimidazol-2-yl)ethyl]-3,4-dihydro-1,4-benzoxazepin-5(2H)-one 分子量: 321.373 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₉N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 630 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.78 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.98→43.44 Å / Num. obs: 110802 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.2 % / B_iso Wilson estimate: 42.114 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.071 / R_rim(I) all: 0.081 / R_sym value: 0.071 / Χ²: 0.868 / Net I/σ(I): 11.94 / Num. measured all: 573839 / Scaling rejects: 65

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.98-2.03	5.162	1.182	1.35	42404	8219	8214	0.529	1.316	99.9
2.03-2.09	4.923	0.922	1.72	39216	7971	7966	0.637	1.034	99.9
2.09-2.15	5.067	0.729	2.21	39230	7750	7742	0.743	0.814	99.9
2.15-2.21	5.369	0.493	3.33	40829	7611	7605	0.866	0.546	99.9
2.21-2.29	5.338	0.412	3.95	38687	7252	7248	0.894	0.457	99.9
2.29-2.37	5.287	0.311	5.08	37763	7144	7143	0.94	0.345	100
2.37-2.46	5.195	0.255	6.12	35715	6880	6875	0.96	0.284	99.9
2.46-2.56	4.974	0.205	7.43	32143	6463	6462	0.969	0.23	100
2.56-2.67	5.227	0.157	9.74	33039	6321	6321	0.982	0.175	100
2.67-2.8	5.389	0.128	11.95	32411	6014	6014	0.989	0.142	100
2.8-2.95	5.346	0.099	14.9	30703	5744	5743	0.994	0.11	100
2.95-3.13	5.25	0.08	18.44	28463	5422	5422	0.995	0.089	100
3.13-3.35	4.919	0.062	23.14	25042	5091	5091	0.997	0.069	100
3.35-3.61	5.237	0.047	30.93	24828	4741	4741	0.998	0.052	100
3.61-3.96	5.278	0.04	36.21	22991	4356	4356	0.998	0.044	100
3.96-4.43	5.093	0.035	39.84	20016	3933	3930	0.999	0.039	99.9
4.43-5.11	4.703	0.032	40.96	16391	3486	3485	0.999	0.036	100
5.11-6.26	5.417	0.03	42.46	15898	2935	2935	0.999	0.034	100
6.26-8.85	5.091	0.026	45.31	11475	2257	2254	0.999	0.029	99.9
8.85-43.44	5.327	0.02	53.41	6595	1248	1238	0.999	0.023	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 1.98→43.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 4.552 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2174	5323	5 %	RANDOM
R_work	0.1749	-	-	-
obs	0.177	101522	96.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.6 Å² / B_iso mean: 37.774 Å² / B_iso min: 20.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.22 Å²	-0.11 Å²	0 Å²
2-	-	-0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.98→43.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	104	630	10886
B_iso mean	-	-	63.87	40.79	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	10548
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9660
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.716	1.655	14285
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.677	1.579	22451
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.671	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.052	22.419	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.382	15	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.642	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	11621
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.204	3.784	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.201	3.782	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.06	5.658	6255

LS精密化シェル

解像度: 1.98→2.031 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	360	-
R_work	0.336	6968	-
all	-	7328	-
obs	-	-	89.17 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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