PDB-5sgj: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sgj

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH c4c(nc(C(Nc1c(cc2c(c1)nc([nH]2)c3ccccc3)C(NC)=O)=O)c(c4)C)C, micromolar IC50=0.007516

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.66 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sgj.cif.gz	269.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sgj.ent.gz	218.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sgj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5sgj_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sgj_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5sgj_validation.xml.gz	57 KB	表示
CIF形式データ	5sgj_validation.cif.gz	73.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/5sgj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/5sgj	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.562, 135.562, 235.734
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-IXI / 5-[(3,6-dimethylpyridine-2-carbonyl)amino]-N-methyl-2-phenyl-1H-benzimidazole-6-carboxamide 分子量: 399.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₁N₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年2月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.66→43.75 Å / Num. obs: 45964 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.506 % / B_iso Wilson estimate: 51.42 Å² / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.143 / R_rim(I) all: 0.17 / Χ²: 0.836 / Net I/σ(I): 7.77 / Num. measured all: 161172 / Scaling rejects: 53

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.66-2.73	3.534	1.076	1.35	11950	3410	3381	0.341	1.28	99.1
2.73-2.8	3.59	0.87	1.59	12015	3372	3347	0.478	1.033	99.3
2.8-2.89	3.535	0.726	1.92	11369	3250	3216	0.562	0.866	99
2.89-2.97	3.467	0.592	2.31	10829	3142	3123	0.654	0.709	99.4
2.97-3.07	3.421	0.514	2.7	10451	3094	3055	0.727	0.616	98.7
3.07-3.18	3.267	0.417	3.27	9511	2954	2911	0.795	0.5	98.5
3.18-3.3	3.359	0.325	4.4	9430	2862	2807	0.872	0.387	98.1
3.3-3.43	3.652	0.235	6.1	10036	2757	2748	0.933	0.277	99.7
3.43-3.59	3.579	0.187	7.46	9369	2638	2618	0.944	0.222	99.2
3.59-3.76	3.566	0.151	8.99	8772	2506	2460	0.965	0.179	98.2
3.76-3.97	3.48	0.126	10.11	8213	2403	2360	0.974	0.149	98.2
3.97-4.21	3.394	0.091	12.36	7583	2247	2234	0.986	0.107	99.4
4.21-4.5	3.544	0.077	13.86	7574	2155	2137	0.991	0.09	99.2
4.5-4.86	3.682	0.068	15.9	7295	1984	1981	0.992	0.08	99.8
4.86-5.32	3.639	0.068	15.49	6648	1833	1827	0.991	0.08	99.7
5.32-5.95	3.431	0.07	14.18	5569	1625	1623	0.991	0.083	99.9
5.95-6.87	3.431	0.07	14.62	5026	1471	1465	0.991	0.082	99.6
6.87-8.41	3.689	0.054	19.77	4527	1228	1227	0.995	0.063	99.9
8.41-11.9	3.379	0.038	23.93	3159	943	935	0.997	0.045	99.2
11.9-43.75	3.627	0.041	26.11	1846	527	509	0.996	0.048	96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.66→43.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 16.293 / SU ML: 0.307 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.362 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: have a look at all four copies of the ligand.;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26	2232	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1816	-	-	-
obs	0.1855	41966	95.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 129.9 Å² / B_iso mean: 45.452 Å² / B_iso min: 14.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.33 Å²	-0.17 Å²	0 Å²
2-	-	-0.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.66→43.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	128	305	10585
B_iso mean	-	-	57.46	35.87	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	10554
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9560
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.862	1.658	14295
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.353	1.569	22229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.858	5	1251
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.223	22.509	550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.444	15	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.734	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	11619
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.978	4.695	5004
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.968	4.694	5002
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.756	7.04	6249

LS精密化シェル

解像度: 2.66→2.729 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.444	182	-
R_work	0.351	2838	-
all	-	3020	-
obs	-	-	88.67 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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