PDB-5sgd: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH n...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sgd

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH n1(c(c(COC)cn1)C(=O)Nc3cc2nc(nn2cc3)c4ccccc4)C, micromolar IC50=0.01444

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.54 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Groebke-Zbinden, K. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sgd.cif.gz	267.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sgd.ent.gz	216.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sgd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5sgd_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sgd_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5sgd_validation.xml.gz	55.3 KB	表示
CIF形式データ	5sgd_validation.cif.gz	71.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/5sgd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/5sgd	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

159 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.391, 135.391, 236.173
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-IWN / 4-(methoxymethyl)-1-methyl-N-[(4S)-2-phenyl[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyridin-7-yl]-1H-pyrazole-5-carboxamide 分子量: 362.385 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₈N₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.45 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.99991 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.99991 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.54→43.56 Å / Num. obs: 53206 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.184 % / B_iso Wilson estimate: 67.009 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.086 / R_rim(I) all: 0.096 / Χ²: 0.852 / Net I/σ(I): 13.99 / Num. measured all: 275800 / Scaling rejects: 82

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.54-2.61	5.358	1.269	1.27	21121	3943	3942	0.528	1.407	100
2.61-2.68	5.241	1.077	1.52	19816	3783	3781	0.6	1.197	99.9
2.68-2.76	5.175	0.936	1.73	19532	3778	3774	0.698	1.042	99.9
2.76-2.84	4.933	0.733	2.17	18002	3651	3649	0.774	0.821	99.9
2.84-2.93	5.105	0.547	2.91	17888	3506	3504	0.859	0.61	99.9
2.93-3.04	5.358	0.433	3.69	18057	3371	3370	0.913	0.48	100
3.04-3.15	5.397	0.324	4.93	17847	3309	3307	0.944	0.359	99.9
3.15-3.28	5.276	0.257	6.49	16551	3140	3137	0.959	0.286	99.9
3.28-3.43	5.264	0.175	9.17	15839	3011	3009	0.982	0.195	99.9
3.43-3.59	5.037	0.127	12.56	14692	2919	2917	0.99	0.142	99.9
3.59-3.79	4.927	0.093	16.67	13490	2741	2738	0.994	0.104	99.9
3.79-4.02	5.045	0.073	21.25	13142	2607	2605	0.996	0.081	99.9
4.02-4.29	5.387	0.052	27.81	13167	2444	2444	0.998	0.057	100
4.29-4.64	5.296	0.044	32.42	12170	2298	2298	0.999	0.049	100
4.64-5.08	5.091	0.041	34.42	10564	2075	2075	0.998	0.046	100
5.08-5.68	4.795	0.041	32.98	9116	1902	1901	0.998	0.046	99.9
5.68-6.56	5.24	0.039	34.99	8699	1661	1660	0.999	0.043	99.9
6.56-8.03	5.35	0.028	45.2	7560	1416	1413	0.999	0.031	99.8
8.03-11.36	4.897	0.02	55.18	5357	1095	1094	0.999	0.023	99.9
11.36-43.56	5.425	0.019	60.71	3190	598	588	1	0.021	98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.54→43.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 12.747 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.573 / ESU R Free: 0.315 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2571	2515	5 %	RANDOM
R_work	0.1667	-	-	-
obs	0.1711	48197	95.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 153.49 Å² / B_iso mean: 60.489 Å² / B_iso min: 29.97 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.87 Å²	-0.44 Å²	0 Å²
2-	-	-0.87 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.83 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.54→43.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10156	0	116	177	10449
B_iso mean	-	-	69.1	51.5	-
残基数	-	-	-	-	1252

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	10546
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9635
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.181	1.656	14280
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.472	1.578	22384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.65	5	1252
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.444	22.509	550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.321	15	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.755	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	11606
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2244
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.943	6.292	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.935	6.291	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.83	9.421	6254

LS精密化シェル

解像度: 2.54→2.606 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.443	182	-
R_work	0.309	3382	-
all	-	3564	-
obs	-	-	90.66 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-グループ登録

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
グループ登録

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)