PDB-5sg5: CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH C...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5sg5

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN PHOSPHODIESTERASE 10 IN COMPLEX WITH C1(c4c(N=C(N1)CN(C(Nc2ccc(cc2)C)=O)Cc3ccc(cc3)OC)cccc4)=O, micromolar IC50=0.032264

要素

cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / PHOSPHODIESTERASE / PDE10 / HYDROLASE / SCHIZOPHRENIA / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

3',5'-cGMP-stimulated cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / negative regulation of cGMP-mediated signaling / cGMP catabolic process / cGMP effects / cAMP catabolic process / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / cGMP binding / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Joseph, C. / Benz, J. / Flohr, A. / Brunner, M. / Rudolph, M.G.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of a human phosphodiesterase 10 complex
著者: Flohr, A. / Schlatter, D. / Kuhn, B. / Rudolph, M.G.

履歴

登録	2022年2月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年4月3日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5sg5.cif.gz	271.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5sg5.ent.gz	218.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5sg5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5sg5_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5sg5_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	5sg5_validation.xml.gz	55.2 KB	表示
CIF形式データ	5sg5_validation.cif.gz	71.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/5sg5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/5sg5	HTTPS FTP

-
グループ登録

ID	G_1002229 (175エントリ) 5sfz 5sg0 5sg1 5sg2 5sg3 5sg4 5sg5 5sg6 5sg7 5sg8
タイトル	To be published
タイプ	undefined
解説	A set of PDE10 crystal structures

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (14) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

160 kDa, 4 ポリマー
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1

A: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, elutes as a monomer
39.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	135.423, 135.423, 235.489
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

#1: タンパク質	cAMP and cAMP-inhibited cGMP 3',5'-cyclic phosphodiesterase 10A 分子量: 39413.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE10A / プラスミド: PET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: UniProt: Q9Y233, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-IVP / N-[(4-methoxyphenyl)methyl]-N'-(4-methylphenyl)-N-[(4-oxo-3,4-dihydroquinazolin-2-yl)methyl]urea 分子量: 428.483 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₄N₄O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.34 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 5-20 mg/mL protein in 25mM HEPES/NaOH pH7.5, 150mM NaCl, 50mM BME mixed 1:1 with reservoir 0.1M HEPES/NaOH pH7.5, 30% PEG550MME, 50mM MgCl2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年10月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.17→43.56 Å / Num. obs: 84947 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.187 % / B_iso Wilson estimate: 52.241 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.086 / R_rim(I) all: 0.096 / Χ²: 0.856 / Net I/σ(I): 12.75 / Num. measured all: 440621 / Scaling rejects: 332

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.17-2.23	5.004	1.476	1.21	31432	6301	6282	0.432	1.651	99.7
2.23-2.29	4.798	1.745	1.25	28496	6122	5939	0.481	1.964	97
2.29-2.35	5.342	0.876	2.11	32001	5995	5990	0.659	0.972	99.9
2.35-2.43	5.406	0.679	2.65	31417	5810	5811	0.787	0.752	100
2.43-2.51	5.348	0.582	3.11	30045	5619	5618	0.831	0.646	100
2.51-2.59	5.261	0.426	4.22	28564	5430	5429	0.894	0.473	100
2.59-2.69	5.027	0.337	5.22	26408	5253	5253	0.923	0.376	100
2.69-2.8	5.036	0.264	6.43	25380	5040	5040	0.95	0.295	100
2.8-2.93	5.427	0.202	8.46	26267	4843	4840	0.977	0.224	99.9
2.93-3.07	5.403	0.155	10.73	25111	4648	4648	0.985	0.172	100
3.07-3.23	5.363	0.116	14.07	23617	4407	4404	0.991	0.129	99.9
3.23-3.43	5.177	0.084	18.55	21535	4160	4160	0.994	0.094	100
3.43-3.67	4.793	0.064	22.81	18752	3914	3912	0.996	0.072	99.9
3.67-3.96	5.244	0.051	28.43	19041	3631	3631	0.997	0.057	100
3.96-4.34	5.346	0.042	33.38	17838	3339	3337	0.998	0.047	99.9
4.34-4.85	5.19	0.038	36.49	15768	3043	3038	0.998	0.042	99.8
4.85-5.6	4.806	0.038	35.01	12798	2663	2663	0.998	0.042	100
5.6-6.86	5.447	0.037	37.18	12343	2266	2266	0.998	0.041	100
6.86-9.7	5.08	0.029	42.21	8840	1743	1740	0.999	0.032	99.8
9.7-43.56	5.252	0.026	46.52	4968	955	946	0.999	0.029	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.8.0258	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: inhouse model

解像度: 2.17→43.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 7.6 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: urea-type ligand preorganized by intramolecular H-bond; no interaction of 4-oxo group; some close contacts, vary between protomers; ligand is pseudo-symmetric, but only this pose keeps urea planar;

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2285	3966	5 %	RANDOM
R_work	0.1852	-	-	-
obs	0.1873	75405	93.18 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 124.08 Å² / B_iso mean: 49.915 Å² / B_iso min: 25.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.27 Å²	-0.13 Å²	0 Å²
2-	-	-0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.17→43.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10152	0	136	309	10597
B_iso mean	-	-	64.86	45.8	-
残基数	-	-	-	-	1251

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	10580
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9584
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.452	1.659	14325
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.292	1.569	22283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.852	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.302	22.419	554
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.531	15	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.051	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11649
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2215
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.394	5.145	5008
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.392	5.144	5006
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.723	7.709	6255

LS精密化シェル

解像度: 2.17→2.226 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.361	303	-
R_work	0.351	5236	-
all	-	5539	-
obs	-	-	88.14 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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