+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5sdr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PanDDA analysis group deposition -- Crystal Structure of Porphyromonas gingivalis in complex with Z1273312153 | ||||||
![]() | Asp/Glu-specific dipeptidyl-peptidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer / peptidase / Porphyromonas gingivalis | ||||||
機能・相同性 | ![]() developmental cell growth / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチジルペプチターゼ・トリペプチジルペプチターゼ / serine-type aminopeptidase activity / dipeptidyl-peptidase activity / peptide catabolic process / peptide binding / cell surface / proteolysis 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tham, C.T. / Coker, J.A. / Krojer, T. / Foster, W.R. / Koekemoer, L. / Douangamath, A. / Talon, R. / Fearon, D. / von Delft, F. / Yue, W.W. ...Tham, C.T. / Coker, J.A. / Krojer, T. / Foster, W.R. / Koekemoer, L. / Douangamath, A. / Talon, R. / Fearon, D. / von Delft, F. / Yue, W.W. / Bountra, C. / Bezerra, G.A. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: PanDDA analysis group deposition 著者: Tham, C.T. / Coker, J.A. / Krojer, T. / Foster, W.R. / Koekemoer, L. / Douangamath, A. / Talon, R. / Fearon, D. / von Delft, F. / Yue, W.W. / Bountra, C. / Bezerra, G.A. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 544.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 461.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 994.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1000.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 48.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 68.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-グループ登録
ID | G_1002227 (16エントリ) |
---|---|
タイトル | PanDDA analysis group deposition |
タイプ | changed state |
解説 | Porphyromonas gingivalisX DPP11 screened against the DSi-Poised Fragment Library by X-ray Crystallography at the XChem facility of Diamond Light Source beamline I04-1 |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5jwfS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 80753.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: dpp11, PGN_0607 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: B2RID1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; ジペプチジルペプチターゼ・トリペプチジルペプチターゼ #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.7 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.4 詳細: Morpheus Buffer system 1, 0.06M Divalents, 30% v/v Precipitant Mix 3 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月1日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.91589 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.077→91.763 Å / Num. obs: 73739 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 41.59 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 482462 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
|
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
---|
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5JWF 解像度: 2.077→91.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU R Cruickshank DPI: 0.307 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.301 / SU Rfree Blow DPI: 0.213 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.217
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.43 Å2 / Biso mean: 44.07 Å2 / Biso min: 20.69 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.33 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.077→91.76 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.08→2.19 Å / Total num. of bins used: 51
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|